Структурный мотив

редактировать

Для использования в других целях, см Мотив (значения).

В цепочечной биологической молекуле, такой как белок или нуклеиновая кислота, структурный мотив представляет собой обычную трехмерную структуру, которая появляется во множестве различных, эволюционно не связанных между собой молекул. Структурный мотив не обязательно должен быть связан с мотивом последовательности ; он может быть представлен разными и совершенно неродственными последовательностями в разных белках или РНК.

СОДЕРЖАНИЕ

1 В нуклеиновых кислотах
2 В белках
3 См. Также
4 ссылки
5 Дальнейшее чтение

В нуклеиновых кислотах

См. Также: База данных не B

В зависимости от последовательности и других условий нуклеиновые кислоты могут образовывать множество структурных мотивов, которые, как считается, имеют биологическое значение.

Стебель-петля: Спаривание внутримолекулярных оснований «стебель-петля» - это паттерн, который может встречаться в одноцепочечной ДНК или, чаще, в РНК. Структура также известна как шпилька или петля шпильки. Это происходит, когда две области одной и той же цепи, обычно комплементарные по нуклеотидной последовательности при чтении в противоположных направлениях, пара оснований образуют двойную спираль, которая заканчивается непарной петлей. Полученная структура является ключевым строительным блоком многих вторичных структур РНК.

Крестообразная ДНК: Крестообразная ДНК - это форма не-B-ДНК, которая требует по крайней мере 6- нуклеотидной последовательности инвертированных повторов для образования структуры, состоящей из стержня, точки ветвления и петли в форме крестовины, стабилизированной отрицательной суперспирализацией ДНК. Были описаны два класса крестообразной ДНК; в сложенном и разложенном виде.

G-квадруплекс: Вторичные структуры G-квадруплекса (G4) образуются в нуклеиновых кислотах последовательностями, богатыми гуанином. Они имеют спиралевидную форму и содержат тетрады гуанина, которые могут образовывать одну, две или четыре нити.

D-петля: Цикл перемещения или D-петля является ДНК - структурой, в которой две нити молекулы двухцепочечной ДНК разделены для протяжения и держали друг от друга на третьей нити ДНК. Р-петля похожа на D-петлю, но в этом случае третья цепь представляет собой РНК, а не ДНК. Третья цепь имеет последовательность оснований, которая комплементарна одной из основных цепей и спаривается с ней, таким образом вытесняя другую комплементарную главную цепь в этой области. Таким образом, внутри этой области структура представляет собой форму трехцепочечной ДНК. На схеме в статье, вводящей термин, проиллюстрирована D-петля с формой, напоминающей заглавную букву «D», где смещенная нить образует петлю буквы «D».

В белках

В белках структурный мотив описывает связь между вторичными структурными элементами. Индивидуальный мотив обычно состоит всего из нескольких элементов, например, из мотива «спираль-поворот-спираль» всего три. Обратите внимание, что хотя пространственная последовательность элементов может быть идентична во всех экземплярах мотива, они могут кодироваться в любом порядке в пределах основного гена. Помимо вторичных структурных элементов, структурные мотивы белков часто включают петли переменной длины и неопределенной структуры. Структурные мотивы также могут проявляться в виде тандемных повторов.

Бета шпилька: Чрезвычайно часто. Две антипараллельные бета-нити, соединенные плотным поворотом нескольких аминокислот между собой.
Греческий ключ: Четыре бета-нити, три соединены шпильками, четвертая загнута сверху.
Омега петля: Петля, в которой остатки, составляющие начало и конец петли, очень близко друг к другу.
Спираль-петля-спираль: Состоит из альфа-спиралей, связанных цепочкой аминокислот. Этот мотив присутствует в факторах транскрипции.
Цинковый палец: Две бета-нити с концом альфа-спирали, загнутым для связывания иона цинка. Важен в ДНК-связывающих белках.
Спираль-поворот-спираль: Две α-спирали, соединенные короткой цепочкой аминокислот, обнаружены во многих белках, регулирующих экспрессию генов.
Гнездо: Чрезвычайно часто. Три последовательных аминокислотных остатка образуют анион-связывающую вогнутость.
Ниша: Чрезвычайно часто. Три или четыре последовательных аминокислотных остатка образуют катион-связывающий элемент.

Смотрите также

использованная литература

дальнейшее чтение

Чанг Ю.С., Гельфанд Т.И., Кистер А.Е., Гельфанд И.М. (2007). «Новая классификация супервторичных структур сэндвич-подобных белков раскрывает строгие закономерности сборки цепей». Белки. 68 (4): 915–921. DOI : 10.1002 / prot.21473. PMID 17557333. S2CID 29904865.