Стандартный генетический код традиционно представлен в виде таблицы кодонов РНК, потому что, когда белки производятся в клетке с помощью рибосом, это мРНК, который направляет синтез белка. Последовательность мРНК определяется последовательностью геномной ДНК. В этом контексте стандартный генетический код называется таблицей трансляции 1. Однако с появлением вычислительной биологии и геномики теперь обнаружено большинство генов. на уровне ДНК, поэтому таблица кодонов ДНК становится все более полезной. Кодоны ДНК в таких таблицах расположены на смысловой цепи ДНК и расположены в направлении 5 '→ 3'. В генетических кодах существуют симметричные и асимметричные характеристики.
В ДНК 64 различных кодона и таблицы ниже; все, кроме трех, указывают аминокислоту. Эти три других кодона, называемые стоп-кодонами, имеют определенные названия: UAG - янтарный, UGA - опаловый (иногда также называемый умброй) и UAA - охра. Эти последовательности, также называемые «терминирующими» или «бессмысленными» кодонами, сигнализируют о высвобождении растущего полипептида из рибосомы. Еще три кодона, которые определяют аминокислоту, называются стартовыми кодонами. Наиболее распространенным стартовым кодоном является AUG, который читается как метионин. Альтернативные стартовые кодоны в зависимости от организма включают «GUG» или «UUG»; эти кодоны обычно представляют собой валин и лейцин соответственно, но в качестве стартовых кодонов они переводятся как метионин или формилметионин. Эти стартовые кодоны вместе с последовательностями, такими как фактор инициации, инициируют трансляцию.
Первая таблица, стандартная таблица, может использоваться для трансляции триплетов нуклеотидов в соответствующую аминокислоту или соответствующий сигнал, если это стартовый или стоп-кодон. Вторая таблица, уместно названная обратной, делает противоположное: ее можно использовать для вывода возможного триплетного кода, если известен порядок аминокислот.
1-е. основание | 2-е основание | 3-е. основание | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
T | C | A | G | ||||||
T | TTT | (Phe / F) Фенилаланин | TCT | (Ser / S) серин | TAT | (Tyr / Y) Тирозин | TGT | (Cys / C) Цистеин | T |
TTC | TCC | TAC | TGC | C | |||||
TTA | (Leu / L) Leucine | TCA | TAA | Stop (охра) | TGA | Stop (Opal) | A | ||
TTG | TCG | TAG | Stop (желтый) | TGG | (Trp / W) Триптофан | G | |||
C | CTT | CCT | (Pro / P) Proline | CAT | (His / H) Гистидин | CGT | (Arg / R) Аргинин | T | |
CTC | CCC | CAC | CGC | C | |||||
CTA | CCA | CAA | (Gln / Q) глутам ine | CGA | A | ||||
CTG | CCG | CAG | CGG | G | |||||
A | ATT | (Ile / I) Изолейцин | ACT | (Thr / T) Треонин | AAT | (Asn / N) Аспарагин | AGT | (Ser / S) Серин | T |
ATC | ACC | AAC | AGC | C | |||||
ATA | ACA | AAA | (Lys / K) Лизин | AGA | (Arg / R) Аргинин | A | |||
ATG | (Met / M) Метионин | ACG | AAG | AGG | G | ||||
G | GTT | (Val / V) Валин | GCT | ( Ala / A) Аланин | GAT | (Asp / D) Аспарагиновая кислота | GGT | (Gly / G) Глицин | T |
GTC | GCC | GAC | GGC | C | |||||
GTA | GCA | GAA | (Glu / E) Глутаминовая кислота | GGA | A | ||||
GTG | GCG | GAG | GGG | G |
Аминокислота биохимические свойства | Неполярный | Полярный | Основной | Кислотный | Окончание: стоп-кодон |
Аминокислотные | Кодоны ДНК | Сжатые | Аминокислотные | Кодоны ДНК | Сжатые | |
---|---|---|---|---|---|---|
Ala, A | GCT, GCC, GCA, GCG | GCN | Ile, I | ATT, ATC, ATA | ATH | |
Arg, R | CGT, CGC, CGA, CGG; AGA, AGG | CGN, AGR; или. CGY, MGR | Leu, L | CTT, CTC, CTA, CTG; TTA, TTG | CTN, TTR; или. CTY, YTR | |
Asn, N | AAT, AAC | AAY | Lys, K | AAA, AAG | AAR | |
Asp, D | GAT, GAC | GAY | Met, M | ATG | ||
Asn или Asp, B | AAT, AAC; GAT, GAC | RAY | Phe, F | TTT, TTC | TTY | |
Cys, C | TGT, TGC | TGY | Pro, P | CCT, CCC, CCA, CCG | CCN | |
Gln, Q | CAA, CAG | CAR | Ser, S | TCT, TCC, TCA, TCG; AGT, AGC | TCN, AGY | |
Glu, E | GAA, GAG | GAR | Thr, T | ACT, ACC, ACA, ACG | ACN | |
Gln или Glu, Z | CAA, CAG; GAA, GAG | SAR | Trp, W | TGG | ||
Gly, G | GGT, GGC, GGA, GGG | GGN | Tyr, Y | TAT, TAC | TAY | |
His, H | CAT, CAC | CAY | Val, V | GTT, GTC, GTA, GTG | GTN | |
START | ATG | STOP | TAA, TGA, TAG | TRA, TAR |