Молекулярное моделирование на GPU - это метод использования графического процессора (GPU) для молекулярного моделирования.
В 2007 году NVIDIA представила видеокарты, которые можно было использовать не только для отображения графики, но и для научных расчетов. Эти карты включают в себя множество арифметических устройств (по состоянию на 2016 год до 3584 в Tesla P100), работающих параллельно. Задолго до этого события вычислительная мощность видеокарт использовалась исключительно для ускорения графических вычислений. Новым было то, что NVIDIA позволила разрабатывать параллельные программы в высокоуровневом интерфейсе прикладного программирования (API) под названием CUDA. Эта технология существенно упростила программирование, позволив писать программы на C / C ++. Совсем недавно OpenCL позволяет кроссплатформенное ускорение графического процессора.
Расчеты квантовой химии и моделирование молекулярной механики ( молекулярное моделирование в терминах классической механики ) являются одними из полезных применений этой технологии. Видеокарты могут ускорять вычисления в десятки раз, поэтому ПК с такой картой имеет мощность, аналогичную кластеру рабочих станций на базе обычных процессоров.