Войти
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Единый ресурс данных для CryoEM. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Европейский институт биоинформатики (сайт в Великобритании) И Университет Рутгерса (сайт в США) |
| Лаборатория | PDBe RCSB PDB |
| Первичное цитирование | Lawson al. (2011) |
| Дата выпуска | 2002 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | emdatabank.org |
Банк данных EM или Electron Банк данных микроскопии (EMDB ) собирает трехмерные ЭМ-карты и связанные с ними экспериментальные данные, полученные с помощью электронной микроскопии биологических образцов. Он был основан в 2002 году в группе MSD / PDBe Европейского института биоинформатики (EBI), где расположен европейский сайт консорциума EMDataBank.org. По состоянию на 2015 г. ресурс содержал более 2600 записей со средним разрешением 15 Å.
Размещение данных первоначально осуществлялось через интерфейс осаждения EMdep, но с 2016 г. размещение данных было включено в wwPDB Интерфейс OneDep
В рамках унифицированного ресурса данных NIH для CryoEM Research Collaboration for Structural Biology (RCSB) также действует как депонирование, обработка и распространение данных. центр данных EMDB, а Национальный центр макромолекулярной визуализации (NCMI) является партнером по сотрудничеству в предоставлении услуг и инструментов, касающихся EMDB.
Банк данных EM также предоставляет инструмент поиска EMsearch, и данные также можно запрашивать в RCSB, EMBL-EBI и PDBj [1].
EMDB - это архив трехмерных карт плотности всех типов биологических ансамблей, включая рибосомы, шапероны, полимеразы, многофункциональные ферменты и вирусы. Viper EMDB по адресу Scripps - это отдельная база данных для трехмерных ЭМ карт вирусов.
Для сравнения и оценки методов нового поколения структур с более высоким разрешением (лучше 5Å) в EMDB были проведены первые испытания CryoEM Map Challenge и CryoEM Model Challenge, о которых сообщается в специальном выпуске Journal of Structural Biology. [2]
