Всемирный банк данных по белкам

Банк данных по белкам

Содержание
Описание	Структура белка Рентгеновская кристаллография Определение структуры ЯМР
Доступ
Формат данных	mmCIF, PDB
Веб-сайт	www.wwpdb.org www.pdbe.org www.rcsb.org / pdb www. bmrb.wisc.edu www.pdbj.org

Всемирный банк данных по белкам, wwPDB, является организацией, которая поддерживает архив структура макромолекул. Ее миссия - поддерживать единый банк данных о белках архив макромолекулярных структурных данных, который является бесплатным и общедоступным для мирового сообщества.

Организация состоит из четырех членов:

• Научно-исследовательское сотрудничество для структурной биоинформатической базы данных белков (RCSB PDB)
• Банк данных по белкам в Европе (PDBe)
• Банк данных по белкам Япония (PDBj)
• Банк данных по биологическому магнитному резонансу (BMRB)

wwPDB была основана в 2003 году RCSB PDB (США), PDBe (Европа) и PDBj (Япония). В 2006 году BMRB (США) присоединился к wwPDB.

Сайт каждого члена может принимать структурные данные и обрабатывать их. Обработанные данные отправляются «хранителю архива». RCSB PDB в настоящее время действует как «хранитель архива». Это гарантирует, что существует только одна версия данных, идентичная для всех пользователей. Затем измененная база данных становится доступной для других участников wwPDB, каждый из которых делает файлы итоговой структуры общедоступными через свои веб-сайты. (Доступ к данным с самого веб-сайта wwPDB осуществляется только через ссылки на веб-сайты участников.) Сайты-участники - это больше, чем просто зеркала хранителя архива, потому что участники предлагают на своих веб-сайтах различные инструменты для анализа структур в базе данных.

Достижения (взято из годовых отчетов wwPDB )

• 2008 г. Теперь wwPDB требует, чтобы помимо координат атомов, амплитуды и интенсивности структурных факторов (для осаждения кристаллической структуры) и ограничений ЯМР (для структуры ЯМР) депонирования) должны быть депонированы в качестве предварительного условия для получения PDB ID.
• 2007 Выпущено исправленное PDB. Исправление включало изменение номенклатуры в соответствии со стандартами IUPAC.

См. также

• Protein Data Bank

Ссылки

1. ^Worldwide Protein Data Bank. URL: http://www.wwpdb.org. Дата обращения: 22 апреля 2009 г.
2. ^Берман Х, Хенрик К., Накамура Х (декабрь 2003). «Объявление всемирного банка данных по белкам». Nat. Struct. Biol. 10 (12): 980. doi : 10.1038 / nsb1203-980. PMID 14634627.
3. ^H., Berman; Henrick, K.; Nakamura, H.; Markley, JL (январь 2007 г.). "Всемирный банк данных по белкам (wwPDB) : обеспечение единого унифицированного архива данных PDB » (PDF). Nucleic Acids Res. 3 5 (Проблема с базой данных): D301 – D303. doi : 10.1093 / nar / gkl971. PMC 1669775. PMID 17142228. Получено 1/3/2008. Проверьте значения даты в: | accessdate =()
4. ^H., Berman; et al. (Январь 2008 г.). "Исправление архива банка данных по белкам ". Nucleic Acids Res. 36 (выпуск базы данных): D426 – D433. doi : 10.1093 / nar / gkm937. PMC 2238854. PMID 18073189. Получено 1/3/2008. Проверить значения даты в: | accessdate =()

Внешние ссылки

• Официальный веб-сайт
• Членские организации
  • RCSB PDB, Исследовательское сотрудничество в области структурной биоинформатики банка данных белка (США)
  • PDBe, Банк данных по белкам в Европе
  • PDBj, Банк данных по белкам Японии
  • BMRB, Банк данных по биологическому магнитному резонансу (США)