Ислам был официальной религией Османской империи. Наивысшее положение в исламе, халифат, занял султан после поражения мамлюков, который был учрежден как Османский халифат. Султан должен был быть набожным мусульманином и получил буквальную власть халифа. Кроме того, суннитские священнослужители имели огромное влияние на правительство, и их власть играла центральную роль в регулировании экономики. Несмотря на все это, султан также имел право на указ, вводящий в действие кодекс, который на турецком языке называется Канун (закон). Кроме того, существовала высшая духовная должность, именуемая шейхульислам («шейх ислама» на арабском языке). Меньшинства, в особенности христиане и евреи, а также некоторые другие, были обязаны платить джизья, подушный налог, установленный традиционным исламом.
С момента основания Османской империи османы последовал ханафитскому мазхабу (школа исламского права). Однако в медресе (исламских школах) более распространено было ашари. Обе школы исламского богословия Матуриди и Ашари использовали Ильм аль-Калам для понимания Корана и хадиса (высказывания и действия Мухаммеда и Рашидун ), чтобы применить исламские принципы к фетвам (постановлениям ислама). Это контрастирует со школой исламского богословия Атари, которая буквально воспринимает Коран и хадисы.
Османы часто носили маленькие талисманы, такие как ожерелья, чтобы защитить себя от зла. Величайшее из этих зол, для которого большая часть этого чара была Дурным глазом. Дурной глаз не был особым злом, но чаще всего его приписывали ревности.
Из-за своих неортодоксальных верований и обычаев алевиты подвергались историческим и недавним притеснениям. Они выступили на стороне Персидской империи против Османской империи, и сорок тысяч алевитов были убиты в 1514 году османами. Кызылбаши Анатолии оказались на «изнанке» османско-сефевидской границы после 1555 года мира Амасьи. Они стали подданными османского двора, который относился к ним с подозрением. В тот смутный период при Сулеймане Великолепном алевиты подвергались преследованиям и убийствам.