IRX1

гомеодоменный белок IRX-1 класса ирокезов, также известный как ирокез Гомеобоксный белок 1 представляет собой белок, который у человека кодируется геном IRX1 . Все члены семейства белков Iroquois (IRO) имеют две общие высококонсервативные особенности, кодирующие как гомеодомен , так и характерный мотив последовательности IRO . Известно, что члены этого семейства играют многочисленные роли в формировании паттерна раннего эмбриона. Также было показано, что IRX1 действует как ген-супрессор опухоли при нескольких формах рака.

• 1 Роль в развитии
• 2 Ген
  • 2.1 Обзор
  • 2.2 Окрестности гена
  • 2.3 Экспрессия
• 3 Белок
  • 3.1 Свойства и характеристики
  • 3.2 Взаимодействие с белками
• 4 Сохранение
  • 4.1 Ортологи
  • 4.2 Паралоги
• 5 Ссылки
• 6 Дополнительная литература

IRX1 является членом семейства генов гомеобокса ирокезов. Члены этого семейства играют множество ролей во время формирования паттерна у эмбрионов многих видов позвоночных и беспозвоночных. Считается, что гены IRO функционируют на ранних этапах развития, чтобы определять большие территории, и снова в более позднем развитии для дальнейшей спецификации формирования паттерна. Экспериментальные данные предполагают, что роль IRX1 у позвоночных может включать развитие и формирование паттерна легких, конечностей, сердца, глаз и нервной системы.

Обзор

IRX1 расположен на прямая цепь ДНК (см. Смысл (молекулярная биология) ) хромосомы 5, от положения 3596054 до 3601403 в положении 5p15.3. Продукт гена человека представляет собой мРНК из 1858 пар оснований с 4 предсказанными экзонами у человека. Анализ промотора выполняли с использованием El Dorado на странице программного обеспечения Genomatix. Предсказанная область промотора охватывает 1040 пар оснований от положения 3595468 до 3595468 на прямой цепи хромосомы 5.

Окрестности гена

IRX1 относительно изолированы, и другие гены, кодирующие белок, не обнаружены в положении 3177835. - 5070004.

Экспрессия

Microarray и SEQ РНК предполагают, что IRX1 повсеместно экспрессируется на низких уровнях во взрослых тканях, причем самые высокие относительные уровни экспрессии наблюдаются в сердце, жировая ткань, почки и ткани груди. От умеренных до высоких уровней также показаны легкие, простата и желудок. Анализ промотора с помощью программы El Dorado от Genomatix предсказал, что экспрессия IRX1 регулируется факторами, которые включают E2F регуляторы клеточного цикла, NRF1 и ZF5 и брачуры. Данные экспрессии в мозге человека, мыши и развивающейся мыши доступны в Allen Brain Atlas.

Свойства и характеристики

Зрелый белок IRX1 имеет 480 аминокислот. кислотных остатков с молекулярной массой 49 600 дальтон и изоэлектрической точкой 5,7. Поиск BLAST показал, что IRX1 содержит два высококонсервативных домена: гомеодомен и характерный мотив IRO с неизвестной функцией. Гомеодомен принадлежит к классу гомеодоменов TALE (удлинение петли из трех аминокислот) и характеризуется добавлением трех дополнительных аминокислот между первой и второй спиралями трех альфа-спиралей, составляющих домен. Присутствие этого хорошо охарактеризованного гомеодомена убедительно свидетельствует о том, что IRX1 действует как фактор транскрипции. Это дополнительно подтверждается предсказанной локализацией IRX1 в ядре. Мотив IRO представляет собой область ниже гомеодомена, которая обнаруживается только у членов гомеодоменных белков класса Iroquois, хотя его функция плохо изучена. Однако его сходство с внутренней областью белка рецептора Notch предполагает, что он может участвовать во взаимодействии белок-белок. В дополнение к этим двум характерным доменам IRX1 содержит третий домен из суперсемейства HARE-HTH, слитый с С-концевым концом гомеодомена. Этот домен принимает «крылатую» спираль-поворот-спираль складку, которая, как предполагается, связывает ДНК, и, как полагают, играет роль в привлечении эффекторной активности ДНК. Прогнозируется несколько форм посттрансляционной модификации, включая SUMOylation, C-маннозилирование и фосфорилирование, с использованием биоинформатики инструменты из ExPASy. Биоинформатический анализ IRX1 с помощью инструмента NetPhos предсказал 71 потенциальный сайт фосфорилирования по всему белку.

Взаимодействие с белками

Потенциальные партнеры, взаимодействующие с белками для IRX1, были обнаружены с помощью вычислительных инструментов. В базе данных STRING перечислены девять предполагаемых партнеров по взаимодействию, подтвержденных данными интеллектуального анализа текста, хотя более тщательный анализ результатов показывает, что большинство из этих предсказанных взаимодействий мало поддерживаются. Однако возможно, что один из этих белков, CDKN1A, участвует в предсказанной регуляции IRX1 регуляторами клеточного цикла E2F.

Ортологи

IRX1 обладает высокой степенью сохранности у позвоночных и беспозвоночных видов. Весь белок более полно консервативен у видов позвоночных, в то время как только гомеодомен и мотив IRO консервативны в более отдаленных гомологах. Гомологичные последовательности были обнаружены у видов, столь же отдаленно связанных с людьми, чем у свиного круглого червя Ascaris suum из семейства Ascarididae, используя BLAST и инструмент ALIGN с помощью San Diego Super Computer Biology Workbench. Ниже приводится таблица, описывающая эволюционное сохранение IRX1.

Паралоги

IRX1 является одним из шести членов гомеодоменных белков класса ирокезов, обнаруженных у людей: IRX2, IRX3, IRX4, IRX5 и IRX6. IRX1, IRX2 и IRX4 обнаружены на хромосоме 5 человека, и их ориентация соответствует ориентации IRX3, IRX5 и IRX6, обнаруженных на хромосоме 16 человека. Считается, что геномная организация генов IRO в консервативных генных кластерах обеспечивает совместную регуляцию и энхансер во время развития.

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США, которая находится в общественном достоянии.

Обратная связь: support@alphapedia.ru

Соглашение

О проекте