Содержимое | |
---|---|
Описание | Инструмент поиска взаимодействующих генов / белков |
Контакт | |
Центр исследований | Академический Консорциум |
Первичное цитирование | PMID 30476243 |
Доступ | |
Веб-сайт | Веб-сайт STRING |
URL-адрес загрузки | URL-адрес |
Веб- сервис URL | rest |
Разное | |
Версия | 11.0 (январь 2019 г.) |
В молекулярной биологии STRING (инструмент поиска для поиска взаимодействующих генов)) / Proteins) - это биологическая база данных и веб-ресурс известных и прогнозируемых белок-белковых взаимодействий.
База данных STRING содержит информацию из источников, включая эк спериментальные да нные, ра счетные прогнозы методы и публичный текстовый столбец действия. Он находится в свободном доступе и регулярно обновляется. Ресурс также для улучшения качества обслуживания предлагаемых пользователей, с использованием ряда системной классификации, таких как GO, Pfam и KEGG. Последняя версия 10.5 содержит информацию о 9,6 миллионах белков более чем 2000 организмов. STRING был разработан консорциумом академических институтов, включая CPR, EMBL, KU, SIB, TUD и UZH.
Сети межбелкового взаимодействия важных ингредиентов для понимания различных процессов на системном уровне. Такие сети, установка, установка, помощь, интуитивно понятная платформа, аннотирование структурных, функциональных и эволюционных свойств. Изучение предсказанных сетей может предложить новые направления для будущих экспериментальных исследований и обеспечить межвидовые взаимодействия для эффективного картирования.
Сеть белок-белковых взаимодействий, визуализированная с помощью STRING. В этом представлении информации цвета краев представляет собой достоверность функциональной ассоциацииДанные взвешиваются и интегрируются, оценка достоверности рассчитывается для всех взаимодействий с белками. Результаты различных расчетных прогнозов можно просмотреть с разных назначенных точек зрения. Существует два режима STRING: белковый и COG -режим. Прогнозируемые модели распространения на белки других организмов , для которых было описано с помощью заключения ортологии. Доступен веб-интерфейс для доступа к данным и быстрого обзора белков и их взаимодействий. Доступен плагин для cytoscape для использования данных STRING. Другой воспользуйтесь доступом к данным STRING - использование интерфейса прикладного программирования (API) путем создания URL-адреса, содержащего запрос.
Как и многие другие базы данных, в которых хранятся сведения о белковых ассоциациях, импортирует данные экспериментально белок-белок с помощью литературы. Кроме того, STRING также рассчитит рассчитанные с помощью вычислений взаимодействие: (i) интеллектуального анализа текста научных текстов, (ii) взаимодействий, вычисленных на основе того и алгоритма, и (iii) взаимодействий, переданных от модельных организмов на Основа ортологии.
Все предсказанные или импортированные результаты сравниваются с общим эталоном функционального партнерства, как аннотировано KEGG (Киотская энциклопедия генов и геномов).
STRING импортирует информацию об ассоциации белков из базового физического опыта и баз данных курируемых знаний о биологических путях (, HPRD, BIND, DIP, BioGRID, KEGG, Reactome, EcoCyc, База данных взаимодействия NCI-Nature Путь, GO ). Ссылки на исходные данные экспериментальных репозиториев и ресурсы базы данных.
Большой объем научных текстов (SGD, OMIM, FlyBase, PubMed ) анализируются для поиска статистически значимых совпадений названий генов.