STRING

редактировать

СТРОКА
домашняя страница STRING
Содержимое
ОписаниеИнструмент поиска взаимодействующих генов / белков
Контакт
Центр исследований Академический Консорциум
Первичное цитированиеPMID 30476243
Доступ
Веб-сайтВеб-сайт STRING
URL-адрес загрузкиURL-адрес
Веб- сервис URLrest
Разное
Версия11.0 (январь 2019 г.)

В молекулярной биологии STRING (инструмент поиска для поиска взаимодействующих генов)) / Proteins) - это биологическая база данных и веб-ресурс известных и прогнозируемых белок-белковых взаимодействий.

База данных STRING содержит информацию из источников, включая эк спериментальные да нные, ра счетные прогнозы методы и публичный текстовый столбец действия. Он находится в свободном доступе и регулярно обновляется. Ресурс также для улучшения качества обслуживания предлагаемых пользователей, с использованием ряда системной классификации, таких как GO, Pfam и KEGG. Последняя версия 10.5 содержит информацию о 9,6 миллионах белков более чем 2000 организмов. STRING был разработан консорциумом академических институтов, включая CPR, EMBL, KU, SIB, TUD и UZH.

Содержание

  • 1 Использование
  • 2 Возможности
  • 3 Источники данных
    • 3.1 Импортированные данные
    • 3.2 Анализ текста
    • 3.3 Прогнозируемые данные
  • 4 Ссылки
  • 5 Внешние ссылки

Использование

Сети межбелкового взаимодействия важных ингредиентов для понимания различных процессов на системном уровне. Такие сети, установка, установка, помощь, интуитивно понятная платформа, аннотирование структурных, функциональных и эволюционных свойств. Изучение предсказанных сетей может предложить новые направления для будущих экспериментальных исследований и обеспечить межвидовые взаимодействия для эффективного картирования.

Сеть белок-белковых взаимодействий, визуализированная с помощью STRING. В этом представлении информации цвета краев представляет собой достоверность функциональной ассоциации

Характеристики

Данные взвешиваются и интегрируются, оценка достоверности рассчитывается для всех взаимодействий с белками. Результаты различных расчетных прогнозов можно просмотреть с разных назначенных точек зрения. Существует два режима STRING: белковый и COG -режим. Прогнозируемые модели распространения на белки других организмов , для которых было описано с помощью заключения ортологии. Доступен веб-интерфейс для доступа к данным и быстрого обзора белков и их взаимодействий. Доступен плагин для cytoscape для использования данных STRING. Другой воспользуйтесь доступом к данным STRING - использование интерфейса прикладного программирования (API) путем создания URL-адреса, содержащего запрос.

Источники данных

Как и многие другие базы данных, в которых хранятся сведения о белковых ассоциациях, импортирует данные экспериментально белок-белок с помощью литературы. Кроме того, STRING также рассчитит рассчитанные с помощью вычислений взаимодействие: (i) интеллектуального анализа текста научных текстов, (ii) взаимодействий, вычисленных на основе того и алгоритма, и (iii) взаимодействий, переданных от модельных организмов на Основа ортологии.

Все предсказанные или импортированные результаты сравниваются с общим эталоном функционального партнерства, как аннотировано KEGG (Киотская энциклопедия генов и геномов).

Импортированные данные

STRING импортирует информацию об ассоциации белков из базового физического опыта и баз данных курируемых знаний о биологических путях (, HPRD, BIND, DIP, BioGRID, KEGG, Reactome, EcoCyc, База данных взаимодействия NCI-Nature Путь, GO ). Ссылки на исходные данные экспериментальных репозиториев и ресурсы базы данных.

Анализ текста

Большой объем научных текстов (SGD, OMIM, FlyBase, PubMed ) анализируются для поиска статистически значимых совпадений названий генов.

Прогнозируемые данные

  • Окрестности: сходный геномный контекст у разных видов предполагает сходную функцию белков.
  • События слияния-деления: белки, слитые в некоторых геномах, с большой вероятностью будут функционально связаны (как в других геномах, где гены не слиты).
  • Возникновение: белки, которые имеют функции функции или встречаются в одном и том же метаболическом пути, должны экспрессироваться вместе и иметь схожий филогенетический профиль.
  • Коэкспрессия: прогнозируемая ассоциация между генами, основанная на наблюдаемых моделях совместно экспрессии генов.

Ссылки

Внешние ссылки

  • сайт STRING
  • сайт STITCH, соответствующая база данных о взаимодействии белки с небольшими молекулами
Последняя правка сделана 2021-06-06 05:07:26
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте