Войти
| Агнопротеин | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Ядерный магнитный резонанс структура спирали -содержащая гидрофобная область вируса JC агнопротеин. | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Polyoma_agno | ||||||||
| Pfam | PF01736 | ||||||||
| InterPro | IPR002643 | ||||||||
| суперсемейство OPM | 405 | ||||||||
| белок OPM | 2mj2 | ||||||||
| |||||||||
Агнопротеин представляет собой белок, экспрессируемый некоторыми членами семейства полиомавирусов из гена называется агногеном . Полиомавирусы, в которых он встречается, включают два полиомавируса человека, ассоциированных с заболеванием, вирус BK и вирус JC, а также обезьяний полиомавирус SV40.
Агнопротеин обычно довольно короткий: примеры из вируса BK, вируса JC и SV40 составляют 62, 71 и 66 аминокислоты остатки длинные соответственно. Среди других известных полиомавирусов геномов с предсказанным агногеном, длина полученного предсказанного белка значительно варьируется, от 30 до 154 остатков. Он содержит высоко гидрофобную центральную аминокислотную последовательность, «двудольную» последовательность ядерной локализации на N-конце и высокоосновную аминокислоты на обоих концах. Сравнение последовательностей различных вирусных агнопротеинов предполагает сохранение последовательности по направлению к N-концу с большей вариабельностью по направлению к C-концу. Формирование амфипатических альфа-спиралей в лабораторных условиях было продемонстрировано для части последовательности, которая, как считается, играет роль в опосредовании димеризации и олигомеризации белка. Все агнопротеины BK, JC и SV40 были экспериментально продемонстрированы как фосфорилированные in vivo, что, по-видимому, улучшает как стабильность белка, так и распространение вируса, но никакие другие посттрансляционные модификации не имеют
Карта генома вируса JC, указывающая положение агногена (желтый) в поздней области относительно другие кодирующие гены и в некодирующую контрольную область (NCCR). Агнопротеин экспрессируется из области кольцевого вирусного генома, называемой агногеном, открытой рамка считывания, содержащаяся в области генома полиомавируса, которая кодирует белки вирусного капсида и известна как «поздняя область», поскольку она экспрессируется на поздних стадиях цикла вирусной инфекции и репликации. Агноген и его белковый продукт получили свое название (от греческого agnosis, «без знания»), потому что присутствие открытой рамки считывания и соответствующей РНК было обнаружено до подтверждения существования белкового продукта. 51>
Агнопротеин постоянно обнаруживается в цитоплазме инфицированных клеток с особенно высокими концентрациями в перинуклеарном пространстве. Он также обнаруживается в ядре клетки ; в случае вируса JC агнопротеин, локализованный в ядре, составляет 15-20% от общего экспрессируемого агнопротеина.
Агнопротеин является регуляторным белком, необходимым для эффективной пролиферации вирусов, в которых он присутствует, хотя многие полиомавирусы не имеют этого гена. Его функции плохо описаны даже у хорошо изученных вирусов. Нулевые мутантные вирусы без агнопротеина обычно либо неспособны к пролиферации, либо сильно повреждены; некоторые такие мутанты могут продуцировать вирионы, но они могут не выходить из клетки-хозяина или не иметь надлежащим образом упакованного генетического материала. Нулевые мутанты по агнопротеину могут успешно пролиферировать, если агнопротеин присутствует в транс. Хотя этот белок не обнаружен в зрелых вирионах, есть некоторые свидетельства того, что он может секретироваться из инфицированных клеток даже до выхода вируса и поглощаться соседними неинфицированными клетками.
Агнопротеин был связан с рядом процессов в жизненном цикле вируса, включая транскрипцию, репликацию и инкапсидацию вирусного генома. Также было высказано предположение, что агнопротеин действует как виропорин - то есть вирусный белок, который изменяет проницаемость мембраны, чтобы облегчить выход вирусных частиц из клетки. Кроме того, наблюдались эффекты на поведение самой клетки-хозяина, в том числе нарушение прохождения клеточного цикла и дефицит репарации ДНК.
, поскольку она очень основного предполагалось, что агнопротеин является ДНК-связывающим белком, но не было показано, что он связывает ДНК. Сообщалось о большом количестве белок-белковых взаимодействий между агнопротеином и другими белками как вирусного происхождения, так и происхождения клеток-хозяев. Агнопротеин взаимодействует с вирусными белками антигеном малой опухоли и антигеном большой опухоли, а также с капсидным белком VP1. Белки клетки-хозяина, которые, как сообщается, являются партнерами по связыванию агнопротеина по меньшей мере одного вида вируса, включают p53, Ku70, PP2A, YB-1, FEZ1, HP1α, α-SNAP, PCNA и AP-3.
В некоторых случаях агноген сам по себе имеет функциональное значение, даже если он не может экспрессировать агнопротеин. Делеция нуклеотидов в этой области была связана с вариантом вируса JC, способным инфицировать типы клеток, которые обычно не являются мишенями этого вируса. Этот вариант был связан с заболеванием, недавно описанным в отчетах о случаях, которое называется отличным от прогрессирующей мультифокальной лейкоэнцефалопатии (PML), которая долгое время ассоциировалась с JC у лиц с ослабленным иммунитетом
.Хотя агнопротеин имеет решающее значение для пролиферации полиомавирусов, в которых он встречается, его распределение среди полиомавирусов, геномы которых были секвенированы, неоднородно. Он был хорошо изучен на трех вирусах, которые инфицируют хозяев-млекопитающих, включая два вируса человека - вирус BK и вирус JC - и обезьяний вирус SV40 ; примеры BK, JC и SV40 на сегодняшний день являются наиболее изученными и имеют довольно высокую степень сохранения последовательности . Дополнительные предсказанные агногены были идентифицированы из секвенированных геномов других полиомавирусов, и предсказанные белковые продукты значительно различаются по длине и имеют низкую идентичность последовательностей в целом.
Распределение агнопротеина среди полиомавирусов вызвало предположение, что существует мало эволюционное давление отбора в пользу его наличия. Среди секвенированных геномов вируса ВК агнопротеин является наиболее вариабельным вирусным белком в аминокислотной последовательности. Различия в тканевом тропизме и в жизненном цикле вируса, особенно в выходе вируса из клетки-хозяина, также были предложены в качестве объяснения присутствия или отсутствия агнопротеина в различных полиомавирусах человека.
Ген встречается в птичьих полиомавирусах в аналогичном геномном положении и первоначально был аннотирован как агноген, но он не имеет поддающегося обнаружению сходства последовательностей с примерами млекопитающих. Белковый продукт этого гена был обнаружен в капсидах зрелых вирионов, что привело к его реклассификации как VP4, чтобы отразить его особую роль как структурного белка. Однако его до сих пор часто называют «птичьим агнопротеином 1a».
