Войти
 | |
|---|---|
| Содержимое | |
| Описание | База данных биохимических реакций и их кинетические свойства |
| Типы данных. захваченные | Количественная информация о динамике реакции |
| Организмы | все |
| Контакты | |
| Исследовательский центр | Heidelberger Institut für Theoretische Studien |
| Лаборатория | Научные базы данных и визуализация |
| Дата выпуска | 2006 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://sabio.h-its.org |
| Веб-сервис URL | http://sabio.h-its.org/layouts/content/webservices.gsp |
| Разное | |
| Лицензия | http://sabio.h-its.org/layouts/content/ termscondition.gsp |
| Политика курирования | Кураторская база данных |
SABIO-RK (Sсистема для A анализа биологических химических путей - R eaction K inetics) представляет собой доступную в Интернете базу данных, хранящую информацию о биохимических реакциях и их кинетических свойствах.
SABIO-RK содержит ориентированное на реакцию представление количественной информации о динамике реакции на основе данной выбранной публикации. Он включает в себя все доступные кинетические параметры вместе с соответствующими им уравнениями скорости, а также кинетический закон и типы параметров, а также экспериментальные и окружающие условия, при которых были определены кинетические данные. Кроме того, SABIO-RK содержит информацию об основных биохимических реакциях и путях, включая их участников реакции, клеточное расположение и подробную информацию о ферментах катализировать реакции.
Сохраненные данные в САБИО-РК комплексно в основном извлекается вручную из литературы. Сюда входят реакции, их участники (субстраты, продукты), модификаторы (ингибиторы, активаторы, кофакторы ), катализатор детали (например, классификация ферментов EC, состав белкового комплекса, информация о мутанте дикого типа / ), кинетические параметры вместе с соответствующим уравнением скорости, биологические источники (организм, ткань, местоположение клетки), условия окружающей среды (pH, температура, буфер) и справочные данные. Данные адаптированы, нормализованы и аннотированы для контролируемых словарей, онтологий и внешних источников данных, включая KEGG, UniProt, ChEBI, PubChem, NCBI, Reactome, BRENDA, MetaCyc, BioModels и PubMed.. По состоянию на сентябрь 2019 года в САБИО-РК содержится более 60 000 отобранных отдельных записей, извлеченных из более чем 6 000 публикаций.. Некоторые инструменты, базы данных и рабочие процессы в Системной биологии используют данные биохимических реакций SABIO-RK путем интеграции в их структуру, включая SYCAMORE, MeMo-RK, CellDesigner, PeroxisomeDB, Taverna рабочие процессы или инструменты, такие как программное обеспечение KineticsWizard для сбора и анализа данных. Кроме того, SABIO-RK является частью реестра MIRIAM, набора руководящих указаний по аннотации и настройке вычислительных моделей
Использование SABIO -RK бесплатно. Коммерческим пользователям нужна лицензия. SABIO-RK предлагает несколько способов доступа к данным:
Наборы данных результатов можно экспортировать в различных форматах, включая SBML, BioPAX / SBPAX и формат таблицы.
.
