Войти
 | |
|---|---|
| Содержимое | |
| Описание | Репозиторий для хранения, обмена и извлечения вычислительных моделей, представляющих биологический интерес. |
| Типы данных. захваченные | вычислительные модели |
| Организмы | все |
| Связаться | |
| Исследовательский центр | EMBL-EBI, BI, Caltech |
| Основное упоминание | PMID 20587024 |
| Дата выпуска | 2005 |
| Доступ | |
| Стандарты | MIRIAM |
| Формат данных | SBML, BioPAX, SciLab, Octave, XP P, VCML, RDF / XML |
| Веб-сайт | Основной экземпляр EBI, Зеркало Caltech |
| URL-адрес загрузки | EBI FTP |
| Веб-сервис URL | SOAP |
| Инструменты | |
| Интернет | Отображение модели, несколько стратегий просмотра, расширенный поиск, массовая загрузка, модель месяца |
| Разное | |
| Лицензия | CC0 Public Domain Dedication |
| Версия | 28 (сентябрь 2014 г.) |
| Политика курирования | да (вручную) |
| Добавляемые в закладки. объекты | да |
Биомодели это бесплатный открытый репозиторий для хранения, обмена и извлечения количественных моделей, представляющих биологический интерес, созданных в 2006 году. Все модели в курируемом разделе базы данных биомоделей были описаны в рецензируемых научная литература.
Модели, хранящиеся в курируемой ветке BioModels, соответствуют MIRIAM, стандарту редактирования и аннотации моделей. Кураторы смоделировали модели, чтобы убедиться, что при запуске моделирования они дают те же результаты, что описаны в публикации. Компоненты модели снабжены аннотациями, поэтому пользователи могут легко идентифицировать каждый элемент модели и получать дополнительную информацию из других ресурсов.
Разработчики моделей могут отправлять модели в SBML и CellML. Впоследствии модели можно загрузить в SBML, VCML, XPP, SciLab, Octave, BioPAX. и RDF / XML. Сети реакции моделей представлены в некоторых графических форматах, таких как PNG, SVG и графический Java апплет, в котором некоторые сети были представлены следующими графическими обозначениями системной биологии. Краткое описание каждой модели доступно для чтения человеком в PDF.
Конвейер базы данных биомоделей биомодели состоят из нескольких ответвлений. Кураторская ветка содержит хорошо отобранные и аннотированные модели. Не курируемая ветка предоставляет модели, которые еще не курируются, не курируются (пространственные модели, стационарные модели и т. Д.) Или слишком велики для курирования. Не курируемые модели позже могут быть перемещены в курируемую ветку. В репозитории также хранятся модели, автоматически созданные из баз данных путей.
Все модели находятся в свободном доступе на условиях Creative Commons CC0 Public Domain Dedication, и к ним можно легко получить доступ через веб-сайт или веб-службы. Также можно загрузить архивы всех моделей с FTP-сервера EBI..
Компания BioModels объявила о своем 31-м выпуске 26 июня 2017 года. Сейчас она публично предоставляет 144 710 моделей. Это соответствует 1640 моделям, опубликованным в литературе, и 143 070 моделям, автоматически созданным из ресурсов путей.
Размещение моделей в биомоделях поддерживается многими научными журналами, включая Molecular Systems Biology, все журналы Public Library of Science, все журналы BioMed Central и все журналы, публикуемые Королевским химическим обществом.
BioModels разрабатывается командой BioModels.net в EMBL - EBI, Великобритания, лаборатория Le Novère в Институте Бабрахама, Великобритания, и команда SBML в Калифорнийском технологическом институте, США.
Компания BioModels Development воспользовалась средствами Европейской лаборатории молекулярной биологии, Исследовательского совета биотехнологии и биологических наук, Инициативы инновационных лекарств, Седьмая рамочная программа (FP7), Национальный институт общих медицинских наук, DARPA и Национальный центр исследовательских ресурсов.
.
