MetaCyc

редактировать
MetaCyc
Database.png
Содержание
Описание База данных метаболических путей и ферментов
Контакт
Исследовательский центр SRI International
Авторы Р. Каспи, Х. Ферстер, Калифорния Фулчер, Л.А. Мюллер, Питер Карп
Первичное цитирование Caspi et al. (2014)
Дата выпуска 1997 г.
Доступ
Веб-сайт metacyc.org

MetaCyc база данных является одним из крупнейших метаболических путей и ферментов база данных, доступных в настоящее время. Данные в базе данных собраны вручную из научной литературы и охватывают все области жизни. MetaCyc содержит обширную информацию о химических соединениях, реакциях, метаболических путях и ферментах. Данные были собраны из более чем 58 000 публикаций.

MetaCyc был разработан для нескольких типов использования. Его часто используют как обширную онлайн-энциклопедию метаболизма. Кроме того, MetaCyc используется в качестве эталонного набора данных для компьютерного прогнозирования метаболической сети организмов на основе их секвенированных геномов; он использовался для прогнозирования путей распространения для тысяч организмов, в том числе в коллекции базы данных BioCyc. MetaCyc также используется в исследованиях метаболической инженерии и метаболомики.

MetaCyc включает мини-обзоры путей и ферментов, которые предоставляют справочную информацию, а также соответствующие ссылки на литературу. Он также предоставляет обширные данные об отдельных ферментах с описанием их субъединичной структуры, кофакторов, активаторов и ингибиторов, субстратной специфичности и, при наличии, кинетических констант. Данные MetaCyc о метаболитах включают химические структуры, прогнозируемую стандартную энергию образования и ссылки на внешние базы данных. Реакции в MetaCyc представлены на визуальном дисплее, который включает в себя структуры всех компонентов. Реакции сбалансированы и включают числа ЕС, направление реакции, предсказанные сопоставления атомов, которые описывают соответствие между атомами в соединениях-реагентах и ​​соединениях-продуктах, а также вычисленную свободную энергию Гиббса.

Все объекты в MetaCyc кликабельны и обеспечивают легкий доступ к связанным объектам. Например, на странице L-лизина перечислены все реакции, в которых участвует L-лизин, а также ферменты, которые их катализируют, и пути, в которых происходят эти реакции.

Рекомендации

Последняя правка сделана 2024-01-02 08:22:16
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте