Войти
 | |
|---|---|
| Контент | |
| Описание | Reactome: база данных реакций, пути и биологические процессы. |
| Контакт | |
| Первичное цитирование | PMID 29145629 |
| Доступ | |
| Формат данных | BioPAX. SBML |
| Веб-сайт | https : //reactome.org |
| URL-адрес загрузки | https://reactome.org/download-data |
| Веб-сервис URL-адрес | https://reactome.org/ContentService/ |
Reactome - это бесплатная онлайн-база данных биологических путей. Существует несколько реактомов, которые концентрируются на конкретных организмах, самый крупный из них сосредоточен на биологии человека, следующее описание сосредоточено на человеческом реактоме. Он создан опытными биологами в сотрудничестве с редакцией Reactome, которая является биологами с докторской степенью. Контент ссылается на многие базы данных биоинформатики. Смысл Reactome состоит в том, чтобы визуально представить биологические пути с полной механистической детализацией, делая исходные данные доступными в доступном для вычислений формате.
Веб-сайт можно использовать для просмотра путей и отправки данных в набор инструментов анализа данных. Базовые данные полностью загружаются в ряде стандартных форматов, включая PDF, SBML и BioPAX. В путевых диаграммах используется стиль, основанный на графической нотации системной биологии (SBGN ).
Основным элементом модели данных Reactome является реакция. Сущности (нуклеиновые кислоты, белки, комплексы и небольшие молекулы), участвующие в реакциях, образуют сеть биологических взаимодействий и группируются по путям. Примеры биологических путей в Reactome включают передачу сигналов, врожденную и приобретенную иммунную функцию, регуляцию транскрипции, трансляцию, апоптоз и классический промежуточный метаболизм.
Пути, представленные в Reactome, являются видоспецифичными, причем каждый этап пути подтвержден литературными ссылками, которые содержат экспериментальную проверку представленного процесса. Если экспериментальной проверки с использованием человеческих реагентов не существует, пути могут содержать шаги, вручную выведенные из нечеловеческих экспериментальных деталей, но только если экспертный биолог, названный как Автор пути, и второй биолог, названный как рецензент, согласятся, что это верный вывод сделать. Человеческие пути используются для компьютерной генерации на основе ортологии путей, производных от других организмов.
В Reactome биологические процессы человека аннотируются путем разбиения их на серии молекулярных событий. Подобно реакциям классической химии, каждое событие Reactome имеет входные физические объекты (субстраты), которые взаимодействуют, возможно, при помощи ферментов или других молекулярных катализаторов, чтобы генерировать выходные физические объекты (продукты).
Реакции включают классические химические взаимопревращения промежуточного метаболизма, события связывания, образования комплексов, события переноса, которые направляют молекулы между клеточными компартментами, и такие события, как активация белка путем расщепления одной или нескольких его пептидных связей.. Отдельные события можно сгруппировать в пути.
Физические объекты могут быть небольшими молекулами, такими как глюкоза или АТФ, или большими молекулами, такими как ДНК, РНК и белки, прямо или косвенно кодируемыми в геноме человека. Физические объекты имеют перекрестные ссылки на соответствующие внешние базы данных, такие как UniProt для белков и ChEBI для малых молекул. Локализация молекул в субклеточных компартментах - ключевая особенность регуляции биологических процессов человека, поэтому молекулы в базе данных Reactome связаны с определенными местоположениями. Таким образом, в Reactome экземпляры одного и того же химического объекта в разных местах (например, внеклеточная глюкоза и цитозольная глюкоза) рассматриваются как отдельные химические объекты.
Управляемые словари Онтологии гена используются для описания внутриклеточного расположения молекул и реакций, молекулярных функций и более крупных биологических процессов, частью которых является конкретная реакция.
База данных содержит тщательно отобранные аннотации, охватывающие разнообразный набор тем из молекулярной и клеточной биологии. Подробную информацию о текущих и будущих проектах аннотаций можно найти в календаре проектов аннотаций.
Темы аннотаций включают;
На веб-сайте есть инструменты для просмотра интерактивной схемы путей, картирования путей и анализ избыточного представления путей и для наложения данных экспрессии на пути Reactome. Инструменты сопоставления путей и избыточного представления берут один столбец идентификаторов белков / соединений, предпочтительны образцы Uniprot и ChEBI, но интерфейс принимает и интерпретирует многие другие идентификаторы или символы. Могут использоваться смешанные идентификаторы. Результаты с избыточным представлением представлены в виде списка статистически избыточно представленных путей (обратите внимание, что вид по умолчанию показывает только основные темы путей, которые могут быть не самыми важными, нажмите кнопку «Открыть все», чтобы увидеть подпути).
Данные выражения представлены в формате с несколькими столбцами, первый столбец идентифицирует белок, дополнительные столбцы должны быть числовыми значениями выражения, фактически они могут быть любым числовым значением, например дифференциальная экспрессия, количественная протеомика, баллы GWAS. Данные экспрессии представлены в виде окраски соответствующих белков на диаграммах путей с использованием цветов видимого спектра, поэтому «горячие» красные цвета представляют высокие значения. Если отправлено несколько столбцов числовых данных, инструмент наложения может отображать их как отдельные «эксперименты», например временные точки или прогрессирование заболевания.
Базу данных можно просматривать и искать как в интерактивном учебнике. Доступно онлайн-руководство пользователя. Пользователи также могут загрузить текущий набор данных или отдельные пути и реакции в различных форматах, включая PDF, BioPAX и SBML
Другие базы данных молекулярных путей
