Войти
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Инструменты для навигации, визуализации и анализа базовых данных, а также для анализа данных omics |
| Связаться с | |
| Исследовательский центр | SRI International |
| Авторы | Питер Карп и др. |
| Дата выпуска | 1997 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | biocyc.org |
База данных BioCyc Коллекция представляет собой набор специфических для организма баз данных Pathway / Genome (PGDB). Они предоставляют ссылку на информацию о геноме и метаболических путях тысяч организмов. По состоянию на декабрь 2016 года в BioCyc насчитывается 9300 баз данных. SRI International, базирующаяся в Менло-Парке, Калифорния, поддерживает семейство баз данных BioCyc.
Категории баз данных в BioCyc:
Исходя из выполненного вручную куратора, семейство баз данных BioCyc разделено на 3 уровня:
Уровень 1: Базы данных, которые прошли не менее одного года ручного кураторства на основе литературы. В настоящее время семь баз данных находятся на уровне 1. Из семи MetaCyc является крупной базой данных, которая содержит почти 2500 метаболических путей от многих организмов. Другой важной базой данных уровня 1 является HumanCyc, которая содержит около 300 метаболических путей, обнаруженных у людей. Остальные пять баз данных включают EcoCyc (E. coli), AraCyc (Arabidopsis thaliana), YeastCyc (Saccharomyces cerevisiae), LeishCyc (Leishmania major Friedlin) и TrypanoCyc (Trypanosoma brucei).
Уровень 2: Базы данных, которые были спрогнозированы с помощью вычислений, но подверглись умеренному ручному лечению (большинство из них - от 1 до 4 месяцев). Базы данных уровня 2 доступны для ручного лечения учеными, которые интересуются каким-либо конкретным организмом. Базы данных уровня 2 в настоящее время содержат 43 различных базы данных организмов.
Уровень 3: Базы данных, которые были предсказаны с помощью вычислений с помощью PathoLogic и не обрабатывались вручную. Как и в случае с уровнем 2, базы данных уровня 3 также доступны для изучения заинтересованными учеными.
Программные инструменты в BioCyc:
Веб-сайт BioCyc содержит множество программных инструментов для поиска, визуализации, сравнения и анализа информации о геноме и путях. Он включает в себя браузер генома и браузеры для метаболических и регуляторных сетей. На веб-сайте также есть инструменты для нанесения крупномасштабных («омических») наборов данных на метаболические и регуляторные сети, а также на геном.
Использование коллекции баз данных BioCyc в исследованиях:
Поскольку семейство баз данных BioCyc включает в себя длинный список баз данных по конкретным организмам, а также данные на различных уровнях системы в живой системе, использование в исследованиях находилось в самых разных контекстах.. Здесь выделены два исследования, которые демонстрируют два различных варианта использования, одно в масштабе генома, а другое - для идентификации конкретных SNP (однонуклеотидных полиморфизмов ) в геноме.
AlgaGEM
AlgaGEM - это модель метаболической сети в масштабе генома для компартментализованной клетки водорослей, разработанная Gomes de Oliveira Dal’Molin et al. на основе генома Chlamydomonas reinhardtii. Он имеет 866 уникальных ORF, 1862 метаболита, 2499 записей ассоциации ген-фермент-реакция и 1725 уникальных реакций. Одна из баз данных Pathway, используемых для реконструкции, - это MetaCyc.
SNP
Исследование Shimul Chowdhury et al. показали, что связь материнских SNP и метаболитов, участвующих в путях гомоцистеина, фолиевой кислоты и транссульфурации, различается в случаях с врожденными пороками сердца (ВПС), в отличие от контроля. В исследовании использовался HumanCyc для выбора генов-кандидатов и SNP.
