Войти
Структура ЯМР ингибитора циклин-зависимой киназы Sic1 с убиквитинлигазой Cdc4 (серый). Из девяти сайтов фосфорилирования Sic 1 (сфер) показаны контакты с T45 и S76 (оранжевым и синим). 
Нечеткая линкерная область (показана пунктирной линией) фактора транскрипции Ultrabithorax (оранжевый) соединяет гомедомен с гомедоменом Extradenticle (синий) (код PDB 1bi). Альтернативный сплайсинг модулирует длину нечеткой области и, следовательно, ее аффинность связывания с ДНК (серый цвет). Другие регуляторные нечеткие области Ultrabithorax также показаны пунктирными линиями. Нечеткие комплексы - это белковые комплексы, в которых существует структурная неоднозначность или множественность, которые необходимы для биологической функции. Изменение, усечение или удаление конформационно неоднозначных областей влияет на активность соответствующего комплекса. Нечеткие комплексы обычно образованы внутренне неупорядоченными белками. Структурная множественность обычно лежит в основе функциональной множественности белковых комплексов в соответствии с нечеткой логикой. Определенные способы связывания нуклеосомы также рассматриваются как частный случай нечеткости.
На протяжении почти 50 лет молекулярная биология основывалась на двух догмах: (i) приравнивать биологическую функцию белка к уникальной трехмерной структуре и (ii) предполагать исключительную специфичность белковых комплексов. Специфичность / селективность обеспечивается однозначным набором взаимодействий между белком и его лигандом (другим белком, ДНК, РНК или небольшой молекулой ). Однако многие белковые комплексы содержат функционально важные / критические области, которые остаются высоко динамичными в комплексе или принимают различные конформации. Это явление определяется нечеткостью. Наиболее близким примером является циклин-зависимой киназы ингибитор sic1, который связывается с SCF субъединицы Cdc4 в фосфорилирования - зависимым образом. При фосфорилировании не образуются регулярные вторичные структуры, и разные сайты фосфорилирования обмениваются местами в комплексе.
Структурная неоднозначность белковых комплексов охватывает широкий спектр. В полиморфном комплексе белок принимает две или более различных конформации при связывании с одним и тем же партнером, и эти конформации могут быть разрешены. Зажимные, фланкирующие и случайные комплексы являются динамическими, в которых неоднозначные конформации обмениваются друг с другом и не могут быть разрешены. Взаимодействия в нечетких комплексах обычно опосредуются короткими мотивами. Фланкирующие области нечувствительны к последовательности изменяется до тех пор, как аминокислотный состав сохраняется, например, в случае компоновщик гистонов С-концевых доменов и Н4 гистоновых N-концевых доменов.
Нечеткие области модулируют конформационное равновесие или гибкость интерфейса связывания посредством временных взаимодействий. Динамические области также могут конкурировать с сайтами связывания или привязывать их к цели. Модификации нечетких областей посредством дальнейших взаимодействий или посттрансляционных модификаций влияют на аффинность или специфичность связывания. Альтернативный сплайсинг может модулировать длину нечетких областей, что приводит к контекстно-зависимому связыванию (например, тканеспецифичности ) комплекса. Сигнальные пути EGF / MAPK, TGF-β и WNT / Wingless используют тканеспецифичные нечеткие области.
