FAM178B

FAM178B
Идентификаторы
Псевдонимы	FAM178B, семейство со сходством последовательностей 178 элемент B
Внешние идентификаторы	MGI: 3026913 HomoloGene: 87288 GeneCard: FAM178B
Местоположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек) Полоса 2q11.2 Начало 96 875 882 bp Конец 96,986,580 bp
Расположение гена (мышь) Chr. Хромосома 1 (мышь) Полоса 1 | 1 B Начало 36 562 692 bp конец 36 683 183 bp
ортологи
виды	человек	мышь
Entrez	51252	381337
Ensembl	ENSG00000168754	ENSMUSG00000046337
UniProt	Q8IXR5	Q24JP3
RefSeq (мРНК)	NM_001122646. NM_001172667. NM_016490	NM_0011260735>NM_016490_232>NM_00112608245 <3495>360>NM_001372417
RefSeq (белок)	NP_001116118. NP_001166138. NP_057574	NP_001119518. NP_082233. NP_9587 53. NP_001359345. NP_001359346
Местоположение (UCSC)	Chr 2: 96,88 - 96,99 МБ	Chr 1: 36,56 - 36,68 МБ
PubMed поиск
Wikidata
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

FAM178B - это белок, кодирующий, который расположен на плюсовой цепи хромосомы 2. Локус для гена - 2q11.2. Он также известен под псевдонимами Семейство с подобием последовательностей 178, Член B и HSPC234. Всего в гене 24 экзона. FAM178B охватывает 110 720 пар оснований и содержит 827 аминокислот.

• 1 Формы
• 2 Структура белка
• 3 Экспрессия
• 4 Регулировка уровня ДНК
• 5 Регулировка уровня белка
• 6 Гомология и эволюция
• 7 Взаимодействующие белки
• 8 Ссылки
• 9 Дополнительная литература

Существуют две изоформы генного транскрипта, которые существуют посредством альтернативного сплайсинга, и один предшественник гена.

SLF2 ( FAM178A) является важным паралогом FAM178B. Предполагается, что SLF2 играет роль в пути ответа на повреждение ДНК (DDR), регулируя пострепликационную репарацию поврежденной УФ-излучением ДНК, и поддерживая стабильность генома.

Молекулярная масса белка составляет 76,5 килодальтон, а изоэлектрическая точка составляет 5,47. Ген имеет 6 транскриптов варианты сращивания. Этот белок был фенотипически связан с биполярным заболеванием из-за его локуса, а также индекса массы тела (ИМТ) и клеточной адгезии. Предлагаемая структура белка может быть найдена на изображениях для предлагаемых структур. Предполагается, что вторичная структура белка FAM178B представляет собой в основном альфа-спирали. третичная структура белка может предполагать структуру спиральной спирали.

FAM178B наиболее высоко экспрессируется в скелетных мышцах и тканях мозга. Структура, в которой он высококонцентрирована, находится в мозолистом теле мозг. Кроме того, его высокий уровень находится в тройничном нерве и спинном мозге. Кроме того, высокие концентрации гена обнаруживаются около сердца, яичек и обонятельных областей.

Согласно Атласу мозга Аллена, обонятельные области и гиппокамп мозга мыши показали наибольшую экспрессию гена при экспериментальном тестировании.

Предлагаемая промоторная область белка FAM178B приведена ниже. Также включена таблица соответствующих сайтов связывания факторов транскрипции, которые соответствуют последовательности и цветам, выделенным в промоторной области.

.

Область промотора FAM178B является высококонсервативной для своих наиболее родственных ортологов и почти идентична для организмов человека, гориллы, шимпанзе, бонобо и гиббона.

.

Ниже приведена таблица, в которой показаны модификации белка, которые потенциально могут быть внесены в FAM178B, и потенциальное влияние этих модификаций на сам белок:

.

Важным паралогом гена является SLF2, который играет роль в пути ответа на повреждение ДНК (DDR), регулируя пострепликационную репарацию поврежденной УФ-излучением ДНК. Это также помогает поддерживать стабильность генома. Известно 74 ортолога белка, и его можно проследить еще до ракообразных. FAM178B широко встречается как у позвоночных, так и у беспозвоночных. Пространство ортологов для белка FAM178B довольно велико, поскольку его можно проследить 794 миллиона лет назад (млн лет назад) до моллюсков с яблочной улиткой и тихоокеанской устрицы. Известно 134 ортолога FAM178B. Однако этот белок не обнаружен у членистоногих или насекомых, что интересно, потому что эти организмы также существовали в тот период времени, а это означает, что он сохранялся в некоторых таксонах, но не в других. Этот белок наиболее легко найти у приматов и других млекопитающих, не являющихся приматами. Белок также сохраняется у рептилий, некоторых костных рыб, хрящевых рыб и птиц.

Ниже представлена ​​таблица, иллюстрирующая некоторые ортологи для FAM178B с использованием BLAST и BLAT.

Временное дерево для FAM178B.

Есть 2 белки, которые имеют высокие прогнозируемые значения взаимодействия с FAM178B: LRSAM 1 и ZNF598. LRSAM1 также известен как богатый лейцином повтор и стерильный белок 1 с альфа-мотивом. Значение для белка составляет 0,29, и доказательства являются физическими из подходов гибридного объединения. LRSAM1 ранее была известна как Tsg-ассоциированная лигаза и расположена в гене LRSAM1. Мутации связаны с периферической невропатией и сенсорными расстройствами. Он высоко экспрессируется в спинном мозге, как и FAM178B. В настоящее время структура белка неизвестна. ZNF598 представляет собой белок цинкового пальца, и его значение составляет 0,13. Он играет ключевую роль в контроле качества рибосом. Предполагаемые структуры для обоих белков приведены ниже.

Белки, взаимодействующие с MENTHA для FAM178B.

STRING взаимодействующие белки для FAM178B.

.

1. Hillier, Ladeana W.; Могилы, Тина А.; Фултон, Роберт С.; Fulton, Lucinda A.; Pepin, Kymberlie H.; Минкс, Патрик; Вагнер-Макферсон, Кэрин; Обыватель, Дэн; Уайли, Кристин (2005-04-07). «Создание и аннотация последовательностей ДНК хромосом 2 и 4 человека». Природа. 434 (7034): 724–731. doi : 10.1038 / nature03466. ISSN 1476-4687. PMID 15815621.
2. Стельцль, Ульрих; Ворм, Уве; Лаловски, Мацей; Хениг, Кристиан; Brembeck, Felix H.; Goehler, Heike; Стредике, Мартин; Зенкнер, Мартина; Шенхерр, Анке (23 сентября 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Cell. 122 (6): 957–968. doi : 10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL : 11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. ISSN 0092-8674. PMID 16169070. S2CID 8235923.
3. Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее неопределенных генов, экспрессируемых в CD34 + гематопоэтических стволовых клетках / клетках-предшественниках