Войти
| Alcanivorax pacificus | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Царство: | Бактерии |
| Тип: | Proteobacteria |
| Класс: | Gamma Proteobacteria |
| Порядок: | Oceanospirillales |
| Семья: | Alcanivoracaceae |
| Род: | Alcanivorax |
| Виды: | A. pacificus |
| Биномиальное название | |
| Alcanivorax pacificus . Lai et al. 2011 | |
Alcanivorax pacificus - это разлагающая пирен морская гаммапротобактерия. Он принадлежит к роду Alcanivorax, группе морских бактерий, известных своей способностью разлагать углеводороды. Первоначально предполагаемый род Alcanivorax включал шесть различных видов. Однако седьмой штамм A. pacificus был выделен из глубоководных отложений на западе Тихого океана компанией Shanghai Majorbio Bio-Pharm Technology Co., Ltd. в 2011 году. Способность A. pacificus разлагать углеводороды может использоваться для очистки океанов, загрязненных нефтью, посредством биоремедиации. Геномные различия, присутствующие в этом штамме Alcanivorax, которые отличают его от исходного консорциума, важны для понимания, чтобы лучше использовать эти бактерии для биоремедиации.
A. pacificus - это неподвижная, грамотрицательная палочка. Это оксидаза - и каталаза -положительные. Он образует светло-серые колонии диаметром от 1 до 2 миллиметров при выращивании на 216 л морской агар среде, содержащей морскую воду, ацетат натрия, триптон, дрожжевой экстракт, нитрат аммония и цитрат натрия. A. pacificus мезофильный и умеренно галофильный, лучше всего растет при температуре от 10 до 42 градусов Цельсия, содержащей 0,5-12% NaCl.
Shanghai Majorbio Bio-Pharm Technology Co., Ltd. секвенировала в общей сложности 5 855 964 спаренных концов A. pacificus с использованием технологии секвенирования парных концов Solexa. Полученный типовой штамм A. pacificus - W11-5 (= MCCC 1A00474 = CCTCC AB 208236 = LMG 25514). GC-содержание штамма W11-5 составляет 62,62%. Штамм W11-5 состоит из 42 контигов (N90= 19) из 4137 438 п.н.
Результаты автоматической аннотации генов, выполненной с помощью конвейера автоматической аннотации геномов прокариот NCBI (PGAAP). что геном штамма W11-5 содержит 3762 гена-кандидата, кодирующего белок. Из этих генов 2870 белков были отнесены к ортологическим группам. Дополнительно был идентифицирован 41 ген тРНК для 19 аминокислот и один 16S-23S-5S рРНК оперон.
. Особое внимание было уделено генам, которые потенциально кодируют деградацию алканов. Обнаружены гены, кодирующие четыре алканмонооксигеназы интегральной мембраны, три фермента цитохрома P450 и четыре гена, кодирующие монооксигеназы семейства флавин-связывающих. Эти монооксигеназы особенно важны, поскольку они определяют гидроксилирование длинноцепочечных н-алканов.
A. Pacificus тесно связан с другими штаммами рода Alcanivorax. Он имеет сходство последовательностей гена 16S рРНК на 93.9, 93.1, 93.1, 93.0, 93.0 и 92.9% с соседними штаммами A. dieselolei B-5, A. balearicus MACL04, A. hongdengensis A-11-3, A. venustensis ISO4, A. borkumensis SK2 и A. jadensis T9 соответственно. Однако, поскольку последовательность гена A. Pacificus отличается более чем на 3% от всех других штаммов, она достаточно отличается, чтобы представлять новый штамм бактерий. Частично это различие обусловлено 549 нуклеотидным фрагментом гена алкангидроксилазы alkB, который был амплифицирован из цепи W11-5. Ген alkB - это белок, продуцируемый A. pacificus и другими штаммами рода Alcanivorax, который устраняет повреждение алкилирования, процесса, при котором алкан пропускает один водород передается от одной молекулы к другой. Последовательности аминокислот, выведенные из этого фрагмента, показывают, что нет четкой группировки между видами Alcanivorax, так как некоторые штаммы этого рода содержат несколько последовательностей alkB, что помещает их в разные ветви филогенетическое дерево.
