Войти
| Фокус | Улучшение биомедицинских онтологий |
|---|---|
| Члены | 27 |
| Ключевые люди | Сюзанна Льюис, Барри Смит, Майкл Эшбёрнер |
| Интернет сайт | obofoundry.org |
Open Биологическая и биомедицинская Онтология ( ОВО) Литейная представляет собой группа людей, посвятившие для создания и поддержания онтологий, связанных с науками о жизни,. OBO Foundry устанавливает набор принципов для разработки онтологий для создания набора взаимодействующих эталонных онтологий в биомедицинской области. В настоящее время существует более сотни онтологий, которые следуют принципам OBO Foundry.
Усилия OBO Foundry упрощают интеграцию биомедицинских результатов. Он делает это, предлагая структурированный справочник по условиям различных областей исследований и их взаимосвязей (например, фенотип в модели мышей и связанный с ним фенотип у рыбок данио ).
Инициатива Foundry направлена на улучшение интеграции данных в науки о жизни. Один из подходов к интеграции - аннотирование данных из разных источников с использованием контролируемых словарей. В идеале такие контролируемые словари имеют форму онтологий, которые поддерживают логические рассуждения на основе данных, аннотированных с использованием терминов в словаре.
Формализация концепций в биомедицинской области особенно известна благодаря работе Консорциума генных онтологий, входящего в состав OBO Foundry. Это привело к разработке некоторых предложенных принципов надлежащей практики в разработке онтологий, которые в настоящее время претворяются в жизнь в рамках консорциума Open Biomedical Ontologies в рамках его инициативы OBO Foundry. Онтологии OBO являются частью ресурсов Национального центра биомедицинской онтологии, где они образуют центральный компонент биопортала NCBO.
Открытые биологические и биомедицинские онтологии (OBO; ранее открытые биомедицинские онтологии) - это попытка создать онтологии ( контролируемые словари ) для использования в биологических и медицинских областях. Подмножество исходных онтологий OBO запустило OBO Foundry, которая возглавляет усилия OBO с 2007 года.
Создание OBO в 2001 году во многом было вдохновлено усилиями проекта Gene Ontology. OBO образует часть ресурсов США Национального Центра биомедицинской Онтология (NCBIO) и центральный элемент BioPortal в NCBO в. Это инициатива, возглавляемая OBO Foundry.
Компания OBO Foundry открыта для участия любых заинтересованных лиц. Онтологии, которые намереваются официально стать частью OBO Foundry, должны придерживаться принципов OBO и проходить серию проверок, сделанных членами, когда «координаторы Foundry служат аналогами редакторов журналов». Существуют онтологии, которые следуют принципам OBO, но официально не являются частью OBO, например, eagle-i 's Reagent Application Ontology. и животные в контекстной онтологии.
Интеграция в OBO теории жесткости OntoClean была предложена как шаг к стандартизации онтологий-кандидатов. Эта интеграция упростит разработку программного обеспечения для автоматической проверки кандидатов.
Сообщество OBO Foundry также занимается разработкой инструментов, облегчающих создание и поддержку онтологий. Большинство разработчиков онтологий в OBO используют редактор онтологий Protégé и язык веб-онтологий (OWL) для создания онтологий. Чтобы упростить управление онтологиями из командной строки в формате, совместимом с Protégé и OWL, компания OBO Foundry разработала инструмент ROBOT (ROBOT - это инструмент OBO). ROBOT объединяет функции для рутинных задач в разработке онтологий, имеет открытый исходный код и может использоваться либо через командную строку, либо как библиотеку для любого языка на виртуальной машине Java.
Другой инструмент, связанный с усилиями OBO, - это OBO-Edit, редактор онтологий и разработчик рассуждений, финансируемый Консорциумом Gene Ontology. Существуют также плагины для OBO-Edit, которые облегчают разработку онтологий, такие как полуавтоматический генератор онтологий DOG4DAG.
Формат файла OBO - это язык, ориентированный на биологию, для построения онтологий. Он основан на принципах языка веб-онтологий (OWL).
В рамках усилий сообщества были созданы стандартные общие сопоставления для двусторонних преобразований без потерь между форматом открытых биомедицинских онтологий (OBO) и OWL. Исследование содержит методическое изучение каждой из конструкций OBO и слоеный пирог для OBO, аналогичный стеку семантической паутины.
Первоначальный набор онтологий OBO Foundry был составлен из зрелых онтологий (таких как Gene Ontology, GO и Foundational Model of Anatomy, FMAO) путем слияния ранее существовавших онтологий (например, Cell Ontology, CL, сформированных из различных специализированных онтологий и связанных частей на GO и FMAO), а также путем разработки новых онтологий, основанных на его принципах.
Оригинальный набор онтологий также включены данио Анатомический Онтология (часть информационной сети данио ), в CheBI онтология, в Онтология Disease, на завод Онтология, в последовательности Онтология, в Онтология для медико - биологических исследований и белка онтологий.
Количество онтологий в OBO выросло до нескольких сотен, и они собраны в списке онтологий OBO Foundry.
Ряд различных онтологий OBO Foundry также интегрирован в граф знаний Викиданных. Это привело к интеграции структурированных онтологий OBO с данными из других баз данных, не относящихся к OBO. Например, интеграция Онтологии болезней человека с Викиданными дала возможность связать ее с описанием клеточных линий из ресурса Cellosaurus. Одна из целей интеграции OBO Foundry в Викиданные - снизить барьеры для не-онтологов, которые могут вносить свой вклад в онтологии и использовать их. Викиданные, вероятно, легче понять и использовать, чем традиционные модели онтологий (которые требуют высокой степени специальных знаний).
Краткое изложение Принципов OBO Foundry для разработки OBO-совместимой онтологии наук о жизни:
Онтологии находятся в открытом доступе и должны быть выпущены либо под лицензией CC-BY 3.0, либо под общественным достоянием ( CC0 ). Открытость онтологий позволила, например, импортировать термины из генной онтологии (одной из онтологий, следующих принципам OBO) в проект Викиданных.
Онтологии должны быть доступны на общем формальном языке. На практике это означает, что онтологии, входящие в состав OBO, должны описывать элементы без использования форматов OWL / OWL2 или OBO с использованием синтаксиса RDF / XML для максимальной совместимости.
Отображение идентификаторов OBO в унифицированные идентификаторы ресурсов OBO (URI), уникальные для каждого элемента. Термины должны быть уникальными в пространстве OBO, что означает, что каждый элемент имеет уникальный префикс онтологии (например, CHEBI, GO, PRO ) и локальный числовой идентификатор внутри онтологии. Выбор числового идентификатора был сделан для улучшения обслуживания и развития ресурсов. Чтобы участвовать в OBO Foundry, онтологии должны быть ортогональными, а концепции, которые они моделируют, должны быть уникальными в пределах OBO, поэтому каждая концепция имеет единственный универсальный идентификатор ресурса (URI). Таким образом, новые онтологии должны повторно использовать работу, проделанную в других целях.
Несмотря на идеал уникальности терминов и взаимодействия, на практике это трудно обеспечить, что приводит к возникновению дублирования терминов. Более того, некоторые онтологии не используют повторно термины и даже не используют их ненадлежащим образом.
Онтологии развиваются во времени, уточняя концепции и описания в соответствии с прогрессом в знании их конкретных областей. Чтобы гарантировать, что новые версии обновляются, но инструменты, которые используют более старую версию онтологий, все еще функционируют, OBO применяет систему систем управления версиями, при этом каждая версия онтологии получает уникальный идентификатор, либо в формате даты, либо в формате нумерации. system и метаданные.
Онтологии должны иметь четко определенную область действия (область, которую они намереваются охватить).
Онтологии должны иметь текстовые определения для каждого элемента в удобочитаемом виде. Это означает, что помимо буквенно-цифровой идентификации для каждого элемента, они должны быть описаны на естественном языке с помощью логических утверждений, следующих аристотелевской логике таким образом, который является уникальным в рамках онтологии.
Онтологии должны использовать отношения между элементами из онтологии отношений (RO). Это гарантирует бесшовную интеграцию различных онтологий, что особенно важно для логического вывода.
Онтология отношений (RO) - это онтология, предназначенная для представления отношений между различными биомедицинскими концепциями. Он строго описывает такие отношения, как «part_of», «location_in» и «previous_by», которые повторно используются многими онтологиями OBO Foundry.
Онтологии ОБО необходимо тщательно документировать. Часто это делается через репозитории GitHub для каждой конкретной онтологии (см. Список онтологий OBO Foundry ).
Онтологии должны быть полезны для множества разных людей, и разработчики онтологий должны документировать доказательства использования. Этот критерий важен для процесса проверки. Примеры использования включают ссылки на термины другими онтологиями, использование в проектах семантической сети, использование в аннотациях или других исследовательских приложениях.
Онтологии должны быть разработаны таким образом, чтобы позволять сотрудничество с другими членами OBO Foundry.
В онтологиях должен быть один человек, ответственный за онтологию, который опосредует взаимодействие с сообществом.
Соглашения об именах для онтологий OBO нацелены на то, чтобы сделать первичные метки однозначными и уникальными внутри онтологии (и предпочтительно внутри OBO). Ярлыки и синонимы должны быть написаны на английском языке, избегая использования подчеркивания и верблюжьего регистра. В OBO отсутствует механизм многоязычной поддержки, в отличие от Викиданных, который позволяет использовать метки в разных системах. Система именования в OBO основана на серии исследований по каталогизации соглашений об именовании текущих онтологий, а также выявлению вопросов, связанных с этими соглашениями.
Онтологии следует обновлять с учетом изменений в научном консенсусе. OBO Foundry определяет научный консенсус как «несколько публикаций независимых лабораторий в течение года приходят к одному и тому же выводу, и нет или ограничено (lt;10%) особых мнений, опубликованных в один и тот же период времени».
