Войти
Онтология для биомедицинских исследований (OBI ) - это открытый доступ, интегрированная онтология для описания биологических и клинических исследований. OBI предоставляет модель для планирования расследования, используемые протоколы и инструменты, используемые материалы, полученные данные и тип анализа исполнял на нем. Проект разрабатывается как часть OBO Foundry и, как таковой, придерживается всех содержащихся в нем принципов, таких как ортогональный охват (то есть четкое разграничение от онтологий других участников-литейщиков) и использование общего формального языка. В OBI используется общий формальный язык Web Ontology Language (OWL). По состоянию на март 2008 г. предварительная версия онтологии была доступна в репозитории проекта SVN.
Онтология для биомедицинских исследований (OBI) обращается к потребности в контролируемых словарях для поддержки интеграции и совместного ("кросс-омического") анализа экспериментальных data, потребность, первоначально определенная в области транскриптомики FGED Society, которая разработала MGED Ontology в качестве ресурса аннотации для данных микрочипов. Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W. и др. (Ноябрь 2007 г.). «The OBO Foundry: координированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных». Природа Биотехнологии. 25 (11): 1251–5. doi : 10.1038 / nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687. OBI использует базовую формальную онтологию онтологию верхнего уровня как средство описания общих сущностей, которые не принадлежат к конкретной проблемной области. Таким образом, все классы OBI являются подклассом некоторого класса BFO.
Онтология предназначена для моделирования всех биомедицинских исследований и, как таковая, содержит онтологические термины для таких аспектов, как:
Менее «конкретные» аспекты, такие как роль, которую данный объект может играть в конкретном сценарии (например, роль химического соединения в эксперименте) и функция объекта (например, пищеварительная функция желудка до nu triate the body) также рассматриваются в онтологии.
Онтология MGED была первоначально определена в домене транскриптомики Обществом FGED и была разработана для удовлетворения потребностей интеграции данных. После обоюдного решения о сотрудничестве эти усилия позже превратились в более широкое сотрудничество между такими группами, как FGED, PSI и MSI, в ответ на потребности таких областей, как транскриптомика, протеомика и метаболомика и Была создана FuGO (онтология исследования функциональной геномики). Позже он стал ИОБ, охватывающим более широкий диапазон всех биомедицинских исследований.
В качестве международной междисциплинарной инициативы консорциум OBI привлекает экспертов из различных областей, не ограничиваясь биологией. Текущий список членов консорциума ОБИ доступен на сайте консорциума ОБИ. Консорциум состоит из координационного комитета, который представляет собой комбинацию двух подгрупп: представителя сообщества (представляющих конкретное биомедицинское сообщество) и основных разработчиков (разработчиков онтологий, которые могут быть или не быть членами какого-либо отдельного сообщества). Отдельно от координационного комитета существует Рабочая группа разработчиков, которая состоит из разработчиков внутри сообществ, сотрудничающих в разработке OBI по усмотрению текущих членов Консорциума OBI.
