OBO Foundry

редактировать
Организация совместной разработки
OBO Foundry
FocusУлучшение биомедицинских онтологий
Участники27
Ключевые людиСюзанна Льюис, Барри Смит, Майкл Эшбёрнер
Веб-сайтobofoundry.org

Открытая биологическая и Биомедицинские онтологии (OBO ) Foundry - это группа людей, занимающихся созданием и поддержкой онтологий, связанных с науками о жизни,. OBO Foundry устанавливает набор принципов для разработки онтологий для создания набора взаимодействующих справочных онтологий в биомедицинской области. В настоящее время существует более сотни онтологий, которые следуют принципам OBO Foundry.

Усилия OBO Foundry упрощают интеграцию биомедицинских результатов. Для этого предлагается структурированная справочная информация о различных областях исследований и их взаимосвязях (например, фенотип в мышиной модели и связанный с ним фенотип в рыбках данио ).

Содержание

  • 1 Введение
  • 2 Открытые биологические и биомедицинские онтологии
  • 3 Правила участия
  • 4 Инструменты
  • 5 Формат файла OBO
  • 6 Онтологии OBO Foundry
  • 7 OBO Foundry и Викиданные
  • 8 Принципов.
    • 8.1 Открытость
    • 8.2 Общий формат
    • 8.3 Ортогональность
    • 8.4 Версионирование
    • 8.5 Область действия
    • 8.6 Имеют текстовые определения
    • 8.7 Стандартизированные отношения и онтология отношений ( RO)
    • 8.8 Документация
    • 8.9 Множественность пользователей
    • 8.10 Открытость для сотрудничества
    • 8.11 Месторасположение
    • 8.12 Соглашения об именах
    • 8.13 Обслуживание
  • 9 См. Также
  • 10 Ссылки
  • 11 Внешние ссылки

Введение

Инициатива Foundry направлена ​​на улучшение интеграции данных в науках о жизни. Одним из подходов к интеграции является аннотация данные из разных источников с использованием контролируемых словарей. В идеале такие контролируемые словари имеют форму онтологий, которые поддерживают логические рассуждения по данным, аннотированным с использованием терминов в словаре.

Формализация концепций в биомедицинской сфере особенно известна благодаря работе консорциума Gene Ontology, входящего в состав OBO Foundry. Это привело к разработке некоторых предложенных принципов хорошей практики в разработке онтологий, которые в настоящее время претворяются в жизнь в рамках консорциума Open Biomedical Ontologies в рамках его инициативы OBO Foundry. Онтологии OBO являются частью ресурсов Национального центра биомедицинской онтологии, где они составляют центральный компонент BioPortal NCBO.

Открытые биологические и биомедицинские онтологии

Открытые биологические и биомедицинские онтологии (OBO; ранее открытые биомедицинские онтологии) - это попытка создания онтологий (контролируемых словарей ) для использования в биологических и медицинских областях. Подмножество исходных онтологий OBO запустило OBO Foundry, которая возглавляет усилия OBO с 2007 года.

Создание OBO в 2001 году во многом было вдохновлено усилиями проекта Gene Ontology. OBO является частью ресурсов U.S. Национального центра биомедицинской онтологии (NCBIO) и центральным элементом биопортала NCBO. Это инициатива, возглавляемая OBO Foundry.

Правила участия

Компания OBO Foundry открыта для участия любых заинтересованных лиц. Онтологии, которые намереваются официально стать частью OBO Foundry, должны придерживаться принципов OBO и проходить серию проверок, сделанных членами, когда «координаторы Foundry служат аналогами редакторов журналов». Существуют онтологии, которые следуют принципам OBO, но официально не являются частью OBO, например, онтология приложения реагентов eagle-i. и животные в контекстной онтологии.

Интеграция в OBO теории жесткости OntoClean была предложена в качестве шага для стандартизации онтологий-кандидатов. Эта интеграция упростит разработку программного обеспечения для автоматической проверки кандидатов.

Инструменты

Сообщество OBO Foundry также занимается разработкой инструментов для облегчения создания и поддержки онтологий. Большинство разработчиков онтологий в OBO используют редактор онтологий Protégé и Web Ontology Language (OWL) для построения онтологий. Чтобы облегчить командную строку управления онтологиями в формате, совместимом с Protégé и OWL, компания OBO Foundry разработала инструмент ROBOT (ROBOT - это инструмент OBO). ROBOT объединяет функции для повседневных задач в разработке онтологий, имеет открытый исходный код и может использоваться либо через командную строку, либо в качестве библиотеки для любого языка на виртуальной машине Java.

Другие инструменты, связанные с усилиям OBO является OBO-Edit, редактор онтологий и рассуждающий, финансируемый Консорциумом генных онтологий. Существуют также плагины для OBO-Edit, которые облегчают разработку онтологий, такие как полуавтоматический генератор онтологий DOG4DAG.

Формат файла OBO

Формат файла OBO ориентирован на биологию язык для построения онтологий. Он основан на принципах языка веб-онтологий (OWL).

В рамках усилий сообщества были созданы стандартные общие сопоставления для двусторонних преобразований без потерь между форматом открытых биомедицинских онтологий (OBO) и OWL. Исследование содержит методическое изучение каждой из конструкций OBO и слоеный пирог для OBO, аналогичный стеку семантической паутины.

OBO Foundry Ontology

Составлен начальный набор онтологий OBO Foundry зрелыми онтологиями (такими как Gene Ontology, GO и Foundational Model of Anatomy, FMAO), путем слияния ранее существовавших онтологий (например, Cell Ontology, CL, сформированного из различных специализированных онтологий и связанных частей по GO и FMAO), а также путем разработки новых онтологий, основанных на его принципах.

Исходный набор онтологий также включал анатомическую онтологию рыбок данио (часть рыбок данио Информационная сеть ), онтология CheBI, Онтология болезней, Онтология растений, Онтология последовательностей, Онтология для биомедицинских исследований и Онтология белка.

Количество онтологий в OBO выросло до нескольких сотен, и они собираются в списке онтологий OBO Foundry.

OBO Foundry и Wikidata

Ряд различных онтологий OBO Foundry также интегрирован в граф знаний Wikidata. Это привело к интеграции структурированных онтологий OBO с данными из других баз данных, не относящихся к OBO. Например, интеграция Онтологии болезней человека с Викиданными позволила связать ее с описанием клеточных линий из ресурса Cellosaurus. Одна из целей интеграции OBO Foundry с Викиданными - снизить барьеры для не-онтологов, которые могут вносить свой вклад в онтологии и использовать их. Викиданные, вероятно, легче понять и использовать, чем традиционные модели онтологий (которые требуют высокой степени специальных знаний).

Принципы.

Краткое изложение принципов OBO Foundry для разработки OBO-совместимых наук о жизни онтологий :

Открытость

Онтологии находятся в открытом доступе и должны быть выпущены либо по лицензии CC-BY 3.0 или в общественном достоянии (CC0 ). Открытость онтологий позволила, например, импортировать термины из генной онтологии (одной из онтологий, следующих принципам OBO) в проект Wikidata.

Общий формат

Онтологии должны быть доступны на общем формальном языке. На практике это означает, что онтологии, входящие в состав OBO, должны описывать элементы без форматирования OWL / OWL2 или OBO с использованием синтаксиса RDF / XML. для максимальной совместимости.

Ортогональность

Отображение идентификаторов OBO в унифицированные идентификаторы ресурсов (URI) OBO, уникальные для каждого элемента.

Термины должны быть уникальными в пространстве OBO, что означает, что каждый элемент имеет свой уникальный префикс онтологии (например, CHEBI, GO, PRO ) и локальный числовой идентификатор внутри онтологии. Выбор числового идентификатора был сделан для улучшения обслуживания и развития ресурсов. Чтобы участвовать в OBO Foundry, онтологии должны быть ортогональными, а концепции, которые они моделируют, должны быть уникальными в пределах OBO, поэтому каждая концепция имеет единственный универсальный идентификатор ресурса (URI). Таким образом, новые онтологии должны повторно использовать работу, проделанную в других целях.

Несмотря на идеал уникальности терминов и совместимости, на практике это трудно обеспечить, что приводит к возникновению дублирования терминов. Кроме того, некоторые онтологии не используют повторно термины или даже повторно используют термины ненадлежащим образом.

Управление версиями

Онтологии развиваются со временем, уточняя концепции и описания в соответствии с прогрессом в знании их конкретных областей. Чтобы гарантировать, что новые версии обновляются, но инструменты, которые используют более старую версию онтологий, все еще работают, OBO применяет систему систем управления версиями, при этом каждая версия онтологии получает уникальный идентификатор, либо в формате даты или системы нумерации и метаданных тегов.

Область

Онтологии должны иметь четко заданную область (область, которую они намереваются охватить).

Иметь текстовые определения

Онтологии должны иметь текстовые определения для каждого элемента в удобочитаемом виде. Это означает, что помимо буквенно-цифровой идентификации для каждого элемента, они должны описываться на естественном языке с помощью логических утверждений, следующих аристотелевской логике таким образом, который является уникальным в рамках онтологии.

Стандартизированные отношения и Онтология отношений (RO)

Онтологии должны использовать отношения между элементами из Онтологии отношений (RO). Это гарантирует бесшовную интеграцию различных онтологий, что особенно важно для логического вывода.

Онтология отношений (RO) - это онтология, предназначенная для представления отношений между разными биомедицинские концепции. Он строго описывает такие отношения, как «part_of», «location_in» и «previous_by», которые повторно используются многими онтологиями OBO Foundry.

Документация

Онтологии OBO должны быть тщательно задокументированы. Часто это делается через репозитории GitHub для каждой конкретной онтологии (см. Список онтологий OBO Foundry ).

Множественность пользователей

Онтологии должны быть полезны для нескольких разных людей, и Разработчики онтологий должны задокументировать свидетельства использования. Этот критерий важен для процесса обзора. Примеры использования включают ссылки на термины в других онтологиях, использование в проектах семантической сети, использование в аннотациях или другие исследовательские приложения.

Открытость для сотрудничества

Онтологии должны разрабатываться таким образом, чтобы позволять сотрудничество с другими членами OBO Foundry.

Месторасположение

В онтологиях должен быть один человек, ответственный за онтологию, который опосредует взаимодействие с сообществом.

Соглашения об именах

Соглашения об именах для онтологий OBO нацелены на то, чтобы сделать первичные метки однозначными и уникальными внутри онтологии ( и желательно внутри ОБО). Надписи и синонимы должны быть написаны на английском языке, избегая использования подчеркивания и верблюжьего регистра. В OBO отсутствует механизм многоязычной поддержки, в отличие от Wikidata, который позволяет использовать метки в разных системах. Система именования в OBO основана на серии исследований по каталогизации соглашений об именах текущих онтологий, а также для выявления проблем, связанных с этими соглашениями.

Обслуживание

Онтологии должны быть обновлены в отношении к изменениям в научном консенсусе. OBO Foundry определяет научный консенсус как «несколько публикаций независимых лабораторий в течение года приходят к одному и тому же выводу, и они отсутствуют или ограничены (<10%) dissenting opinions published in the same time frame."

См. Также

Ссылки

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-06-01 06:13:34
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте