отрасли микробиологии можно разделить на чистые и прикладные науки. Микробиологию можно также классифицировать на основе таксономии в случаях бактериологии, микологии, протозоологии и фикологии. Между отдельными разделами микробиологии существует значительное совпадение друг с другом и с другими дисциплинами, и некоторые аспекты этих ветвей могут выходить за рамки традиционной области микробиологии. В целом, область микробиологии может быть разделена на более фундаментальные отрасли (чистая микробиология) и прикладная микробиология (биотехнология). В более фундаментальной области организмы изучаются как сам предмет на более глубоком (теоретическом) уровне. Прикладная микробиология относится к областям, в которых микроорганизмы применяются в определенных процессах, таких как пивоварение или ферментация. Сами организмы часто не изучаются как таковые, а используются для поддержания определенных процессов.