Transib

Transib является суперсемейством вкрапленных повторов транспозонов ДНК. Он был назван в честь Транссибирского экспресса. Это похоже на.

Трансиб был впервые описан в 2003 году и обнаружен в геноме Drosophila melanogaster. Обычно он кодирует один белок, транскриптазу DDE. В 2008 г. в геноме Helicoverpa zea был обнаружен интактный элемент, включающий концевые инвертированные повторы (TIR). С тех пор были обнаружены расходящиеся клады этого суперсемейства, получившие название Transib и TransibSU (от морского ежа); Иногда включаются также Чапаев и Чапаев3 суперсемейства CACTA. Различия заключаются в доменной организации основной транскриптазы; TransibSU также отличается наличием RAG2-подобных белков.

Transib известен как источник двух генов, активирующих рекомбинацию. Активный транспозон с RAG1 / 2-подобными генами («ProtoRAG»; PDB : 6B40 ) был обнаружен у B. belcheri (китайский ланцетник). МДП структурно похожи на сигнальные последовательности рекомбинации (RSS). Гептамер имеет консенсус CACWRTG, тогда как нонамер более расходится. Lancelet RAG1L / TIR не распознает перекрестно RAG1 / RSS животных из-за различий в нонамере. Psectrotarsia flava (моль) также имеет такой транспозон. В нем отсутствует нонамер, что указывает на более позднюю эволюцию нонамера.