Обучение в Башкортостане входит в система образования в России. Отличительной особенностью этой системы является возможность изучения башкирского и татарского языков и изучения языков национальных меньшинств в средних школах с оговорками: значительное количество школьников обучается на русском языке.
По данным Министерства образования Башкортостана в 2000 году школьники преподавали 14 родных языков. Это башкирский, русский, татарский, чувашский, марийский, удмуртский, мордовский, немецкий, латышский, украинский, белорусский, греческий, еврейский и польский языки.
Учитывая потребности республики в преподавателях родного языка, в Бирском государственном педагогическом институте (ныне Бирский филиал Башкирского государственного университета ) открыты кафедры для подготовки: учителей башкортского языка и литературы - 1996 г.; учителя татарского языка и литературы - 1995 г.; учителя марийского языка и литературы - 1993.
башкирском языке - один из официальных языков Башкортостана. После 2010 года количество часов на изучение башкирского языка, литературы, истории и культуры Башкортостана в республике резко сократилось под разными предлогами в учебных программах школ. Остро стоит вопрос о развитии башкирских школ. Под разными предлогами федеральные власти отдают примущества русским школам. Но в отличие от башкирских школ все предметы в них, естественно, ведутся на русском языке, потому что перед ними стоят совершенно другие задачи. Обучающиеся таким образом башкирские дети лишены возможности изучать родной язык, литературу, историю и культуру своего народа.
С 2002 года общеобразовательная школа №84 была преобразована в гимназию с татарским языком обучения.
По состоянию на 2017 год мордовский язык изучается в шести школах, а специалистов в области мордовского языка готовят для школ Башкортостана на базе Стерлитамакского многопрофильного колледжа.
Государственная армянская школа в Уфе была учреждена указом главы администрации города Уфы в 2001 году.
Еврейская средняя школа в Уфе открылась в 2003 году с оговорками: дети с ограниченным приемом не являются евреями.