Войти
| Энн Карпентер | |
|---|---|
 Автопортрет | |
| Родился | (1976-08-08) 8 августа 1976 г. (возраст 44). Каламазу, Мичиган, США |
| Alma mater | Университет Пердью, бакалавр. Иллинойсский университет в Урбана-Шампейн, доктор философии |
| по науке карьера | |
| Сфера | Клеточная биология, микроскопия, вычислительная биология, искусственный интеллект, открытие лекарств |
| Учреждения | Широкий Институт |
| Научные руководители | Дэвид М. Сабатини. Полина Голланд. Эндрю С. Бельмонт |
| Веб-сайт | Broadinstitute.org |
Энн Э. Карпентер - американский ученый в области анализа изображений для клеточной биологии и искусственного интеллекта для открытия лекарств. Она является соавтором CellProfiler, программного обеспечения с открытым исходным кодом для высокопроизводительного анализа биологических изображений, а также соавтором теста Cell Painting, метода профилирования на основе изображений. Она является PI и старшим директором Imaging Platform в Broad Institute.
Карпентер получила степень бакалавра. Sc. Кандидат биологических наук в 1997 г. в Университете Пердью, Западный Лафайет. В течение этого времени она провела лето 1996 года в качестве научного сотрудника HHMI в лаборатории Роберта Э. Мэлоуна в Университете Айовы, работая над контролем рекомбинации в дрожжи. После выпуска она провела лето, работая над энхансерами в Drosophila нейронном развитии в качестве научного сотрудника в лаборатории Криса К. Доу, затем в Университет Иллинойса, Урбана-Шампейн.
Карпентер провела исследование для своей докторской степени. в лаборатории Эндрю С. Бельмонта в Университете Иллинойса, Урбана-Шампейн. Там она разработала молекулярную биологию и автоматизированные системы визуализации, чтобы быстро оценить эффекты активаторов транскрипции на крупномасштабную структуру хроматина с помощью флуоресцентной микроскопии. Эта работа заложила основу для исследований сконструированных областей генома, движения генов внутри ядра при активации гена и высокопроизводительных скринингов, связанных с хроматином. Она получила докторскую степень в области клеточной биологии в мае 2003 года.
Карпентер обучался в лаборатории Дэвида М. Сабатини в Институт Уайтхеда биомедицинских исследований, Кембридж, Массачусетс, во время ее постдокторской работы (июль 2003 г. - декабрь 2006 г.). Благодаря совместному наставничеству Полины Голланд, профессора Лаборатории компьютерных наук и искусственного интеллекта Массачусетского технологического института, Карпентер в это время превратился в исследователя вычислений. Ее исследования были сосредоточены на высокопроизводительной микроскопии и микрочипах живых клеток для выявления функции генов. Это потребовало новых методов анализа изображений, поэтому Карпентер и его соавтор Туис Джонс разработали и в 2005 году выпустили первое высокопроизводительное программное обеспечение для анализа изображений клеток с открытым исходным кодом CellProfiler, которое было впервые опубликовано в 2006 году. Использование этого нового инструмента, она возглавила команду из 5 исследователей для разработки передовых методов интеллектуального анализа данных для систематического изучения необходимости белков для различных биологических процессов.
В январе 2007 года Карпентер основала свою лабораторию в Институте Броуда Гарварда и Массачусетского технологического института в качестве директора платформы визуализации. Ее первый грант NIH R01 был присужден в 2010 году, в возрасте 33 лет, что намного раньше, чем в среднем. В 2017 году она стала научным сотрудником Института Броуда.
Группа Карпентер разрабатывает новые стратегии и инструменты для анализа биологических изображений, в частности, микроскопических изображений из высокопроизводительных экспериментов. Ее компьютерные специалисты и биологи разрабатывают бесплатные открытые методы анализа изображений и исследования данных, такие как CellProfiler и CellProfiler Analyst. Их работа с программным обеспечением способствовала созданию приложений и библиотек с открытым исходным кодом, включая ImageJ, TensorFlow, scikit-image и scikit-learn. Лаборатория сотрудничает с биологами, делая открытия в разных областях исследований и областях болезней. Их программное обеспечение обеспечивает высокопроизводительный скрининг в сложных модельных системах, таких как C. elegans, трехмерных культур клеток и покадровой видеозаписи растущих клеток.
В центре внимания лаборатории Карпентера к 2009 г. было обращено внимание на машинное обучение, а позже на глубокое обучение, чтобы идентифицировать представляющие интерес биологические структуры и модели, возникающие в результате химических или генетические нарушения для определения лекарств от болезней. Она была пионером в новой области профилирования на основе изображений, которая связана с профилированием экспрессии генов, но использует изображения микроскопии в качестве источника данных. Вместе с Стюартом Шрайбером лаборатория Карпентера изобрела метод окраски клеток, который наиболее широко используется для этой цели. Программное обеспечение Carpenter CellProfiler и анализ клеточной окраски сформировали первоначальную научную платформу для Recursion Pharmaceuticals. Доктор Карпентер является членом Научно-технического консультативного совета по Recursion Pharmaceuticals, помимо совета Bio-Rad Laboratories.
Карпентер прочитал более 150 приглашенных лекций и председательствовал на нескольких конференциях И мастерские. Автор более 120 научных публикаций. Она известна своими усилиями по организации научного сообщества: она была одним из первых членов правления Общества биомолекулярной визуализации и информатики (SBI2), она основала CytoData Society и возглавила Data Science Bowl 2018 через Kaggle. С 2007 года Карпентер руководила более чем 50 исследователями и студентами, от докторантуры до уровня средней школы, а также известна своим неформальным наставничеством.
