Войти
| Y RNA | |
|---|---|
 Прогноз вторичная структура и сохранение последовательности Y_RNA | |
| Идентификаторы | |
| Symbol | Y_RNA |
| Alt. Символы | Y1; Y3; Y4; Y5 |
| Rfam | RF00019 |
| Другие данные | |
| РНК тип | Ген |
| Домен (ы) | Eukaryota |
| SO | 0000405 |
| PDB структуры | PDBe |
Y РНК - это небольшие некодирующие РНК. Они являются компонентами рибонуклеопротеиновой частицы Ro60, которая является мишенью для аутоиммунных антител у пациентов с системной красной волчанкой. Они также необходимы для репликации ДНК посредством взаимодействия с хроматином и инициирующими белками.
Предполагается, что эти малые РНК складываются в консервативный стержень, образованный 3 'и 5' концами РНК и характеризующийся одним выпуклым цитозином, которые являются известными требованиями для связывания Ro.
Для Y-РНК в литературе описаны две функции: как репрессор Ro60 и как фактор инициации для ДНК репликация. Мутантные Y-РНК человека, лишенные консервативного сайта связывания для белка Ro60, все еще поддерживают репликацию ДНК, что указывает на то, что связывание с белком Ro и стимулирование репликации ДНК являются двумя отдельными функциями Y-РНК. Хотя малые РНК, полученные из Y-РНК, по размеру аналогичны микроРНК, было показано, что эти фрагменты Y-РНК не участвуют в пути микроРНК.
Белок Ro аутоантиген (белый) связывает конец двухцепочечной Y-РНК (красный) и одноцепочечной РНК (синий). (PDB : 1YVP ). В свободном состоянии Ro связывается с множеством неправильно свернутых РНК, включая неправильно свернутые 5S рРНК, и считается, что действует как своего рода механизм контроля качества. Кристаллические структуры Ro в комплексе с Y-РНК или другой РНК показали, что Ro связывает одноцепочечные 3 ' концы РНК относительно неспецифично, тогда как Y-РНК специфически связывается со вторым сайтом, который регулирует доступ других РНК. В Deinococcus было также показано, что свободный Ro действует при созревании 23S рРНК. У Deinococcus мутанты, лишенные Y-РНК, жизнеспособны, а Y-РНК, по-видимому, нестабильна, за исключением комплексов с Ro.
Y-РНК человека необходимы для репликации ДНК. Биохимические эксперименты по фракционированию и восстановлению установили функциональную потребность в человеческих Y-РНК для репликации хромосомной ДНК в изолированных ядрах клеток позвоночных in vitro и специфическая деградация Y-РНК человека ингибирует репликацию ДНК in vitro и в интактных клетках in vivo. Считается, что функция Y-РНК опосредована посредством взаимодействий с хроматином и белками инициации (включая комплекс распознавания источника )
Y-РНК сверхэкспрессируются у некоторых людей опухоли и необходимы для пролиферации клеток, и небольшие продукты распада размером с микроРНК могут участвовать в аутоиммунных и других патологических состояниях. Недавняя работа продемонстрировала, что Y-РНК модифицируются на своем 3'-конце неканоническим поли (A) полимераза PAPD5, и короткий олиго (A) хвост, добавленный PAPD5, является маркером процессинга 3'-конца рибонуклеазой PARN / EXOSC10 или деградации экзонуклеазой DIS3L. Поскольку дефицит PARN вызывает тяжелую форму костного мозга Врожденный дискератоз, а также фиброз легких, возможно, что дефекты процессинга Y-РНК вносят вклад в тяжелую патологию, наблюдаемую у этих пациентов.
Предполагаемая Y-РНК и Ro гомологи были найдены в эукариоты и бактерии.
У людей, по-видимому, есть четыре Y-РНК, названные hY1, hY3, hY4 и hY5, а также большое количество псевдогенов.
Caenorhabditis elegans имеет одну, названную CeY РНК, и большое количество sbRNAs, которые, как предполагается, также являются гомологами Y-РНК.
Радиационно-стойкая бактерия Deinococcus radiodurans кодирует гомолог Ro, называемый rsr («Ro sixty related»), и по крайней мере четыре малых РНК накапливаются в Deinococcus в условиях, когда экспрессия rsr является индуцированное (УФ облучение); одна из этих РНК, по-видимому, является гомологом Y-РНК. В Deinococcus radiodurans Rsr через Y-РНК связывается с экзорибонуклеазой PNPase и направляет одноцепочечную РНК в полость PNPase. Rsr и Y-РНК усиливают деградацию структурированных РНК PNPase. Эту роль можно сохранить, поскольку Rsr и ncRNA, называемые YrlA и YrlB (Y-РНК-подобные), также связаны с PNPase в эволюционно удаленной бактерии Salmonella Typhimurium.
