Caudovirales | |
---|---|
Слева направо: Myoviridae, Podoviridae и Siphoviridae | |
Классификация вирусов | |
(без ранжирования): | Вирус |
Царство: | Duplodnaviria |
Королевство: | Heunggongvirae |
Тип: | Uroviricota |
Класс: | Caudoviricetes |
Порядок: | Caudovirales |
Семейства | |
См. Текст |
Caudovirales представляет собой отряд вирусов, известных как хвостатые бактериофаги (cauda на латыни означает «хвост»). Согласно схеме классификации Балтимора, Caudovirales относятся к вирусам группы I, поскольку они имеют геномы двухцепочечной ДНК (дцДНК), длина которых может составлять от 18 000 пар оснований до 500 000 пар оснований. Частицы вируса имеют отчетливую форму; каждый вирион имеет икосаэдрическую головку, которая содержит вирусный геном и прикреплена к гибкому хвосту соединительным белком. Орден включает широкий спектр вирусов, многие из которых содержат гены с аналогичной нуклеотидной последовательностью и функцией. Однако некоторые геномы хвостатых бактериофагов могут довольно значительно различаться по нуклеотидной последовательности даже среди представителей одного и того же рода. Из-за их характерной структуры и наличия потенциально гомологичных генов считается, что эти бактериофаги имеют общее происхождение.
В настоящее время существует девять семейств, 44 подсемейства, 671 род и 1967 видов в приказ. Это делает Caudovirales самым многочисленным отрядом среди вирусов, составляя примерно 30% всех известных видов вирусов и почти половину всех родов вирусов.
При встрече с бактерией-хозяином хвостовая часть вириона связывается с рецепторами на клетке поверхность и доставляет ДНК в клетку с использованием механизма, подобного инъекциономам (инъекциома - это наномашина, которая эволюционировала для доставки белков с помощью секреции типа III ). Хвостовая часть вируса пробивает отверстие в стенке бактериальной клетки и плазматической мембране, и геном проходит вниз по хвосту в клетку. Попав внутрь, гены экспрессируются из транскриптов, созданных механизмом хозяина с использованием рибосом хозяина. Обычно геном реплицируется с использованием конкатемеров, в которых создаются перекрывающиеся сегменты ДНК, а затем объединяются вместе, чтобы сформировать весь геном.
Белки вирусного капсида объединяются с образованием предшественника prohead, в который входит геном. Как только это произошло, проголовка подвергается созреванию путем расщепления капсидных субъединиц с образованием икосаэдрической фаговой головы с 5-кратной симметрией. После созревания головы хвост соединяется одним из двух способов: либо хвост конструируется отдельно и соединяется с соединителем, либо хвост конструируется непосредственно на головке фага. Хвосты состоят из спиральных белков с 6-кратной симметрией. После созревания вирусных частиц клетка лизируется лизинами, холинами или их комбинацией.
Из-за отсутствия гомологии между аминокислотами кислоты и последовательности ДНК этих вирусов, эти факторы не могут использоваться в качестве таксономических маркеров, как это обычно бывает для других организмов, трех семейств, обсуждаемых ниже (Myoviridae, Podoviridae и Siphoviridae ) определяются на основании морфологии. Эта классификационная схема была создана Брэдли в 1969 году и с тех пор была расширена.
Все вирусы в этом порядке имеют икосаэдрические или сплюснутые головы, но различаются по длине и сократительной способности их хвостов. У Myoviridae длинные сократительные хвосты; у Podoviridae короткие несокращающиеся хвосты; а у Siphoviridae длинные несокращающиеся хвосты. Siphoviridae составляют большинство известных хвостатых вирусов.
Брэдли называл то, что сейчас известно как Myoviridae, как тип A, Siphoviridae как тип B, а Podoviridae как тип C. Он также разделил свои группы на основе морфологии головы: В группе A, A1 имеют маленькие изометричные головы; А2 имеют вытянутые головы; и A3 имеют удлиненные головки. В группах B и C номера были присвоены аналогично: B1 и C1 имеют маленькие изометрические головки; B2 и C2 имеют вытянутую головку; а B3 и C3 имеют удлиненные головки.
Помимо вышеупомянутых трех семейств, всего девять семейств и один род incertae sedis существует в следующем порядке:
Бактериофаги встречаются более чем в 195 родах бактерий или архей. Они неоднократно возникали в разных хозяевах и насчитывают как минимум 11 отдельных линий происхождения. С 1959 г. под электронным микроскопом исследовано более 6300 бактериофагов. Из них более 96% имеют хвосты. Из хвостатых фагов около 57 процентов имеют длинные несокращающиеся хвосты (Siphoviridae). Хвостатые фаги кажутся монофилетическими и являются старейшей известной группой вирусов.
На Викискладе есть материалы, связанные с Caudovirales. |
Wikispecies содержит информацию, относящуюся к Caudovirales |