Войти
| Элемент РНК R2 | |
|---|---|
 Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности R2_retro_el | |
| Идентификаторы | |
| Символ | R2_retro_el |
| Rfam | RF00524 |
| Другие данные | |
| тип РНК | Cis-reg |
| Домен (ы) | Eukaryota |
| SO | 0000233 |
| PDB структуры | PDBe |
Элемент РНК R2 представляет собой недлинный концевой повтор (не-LTR) ретротранспортный элемент, который вставляется в конкретный сайт в гены 28S рибосомальной РНК (рРНК) большинства геномов насекомых. Чтобы вставить себя в геном, белок белка (R2), кодируемый ретротранспозоном, делает специфический разрыв в одной из цепей ДНК в месте вставки и использует открытую 3'-гидроксильную группу. по этому прозвищу, чтобы запустить процесс обратной транскрипции, называемый целевой примированной обратной транскрипцией (TPRT), когда геном РНК транскрибируется в ДНК.
Элемент R2 РНК 3 'UTR является цис-действующим элементом идентифицированный в R2 ретротранспозоны, который участвует в примировании процесса обратной транскрипции (важная часть встраивания ретротранспозона в геном хозяина ). Было показано, что фрагмент РНК, обнаруженный в нетранслируемой области R2 3 ' (3'UTR), взаимодействует с одной копией белка R2 во время TPRT. Было показано, что этот фрагмент обладает консервативной вторичной структурой внутри Drosophila и шелковой моли, а также между двумя группами.
Элемент R2 является одним из - транскрибируется с помощью 28S рибосомной РНК организма хозяина (рРНК). Чтобы стать полностью зрелой R2 матричной РНК (мРНК), требуется, чтобы исходный транскрипт R2 был обработан для удаления 28S рРНК. Этот процессинг происходит посредством самоотщепляющегося рибозима, который формируется на 5'-соединении РНК R2. Было обнаружено, что этот рибозим имеет высокое структурное сходство с рибозимом HDV, но они не гомологичны; две последовательности, как полагают, претерпели конвергентную эволюцию.
Сайт связывания белка 5'R2 находится в области, которая охватывает часть 5'-UTR и запуск R2 ORF. Эта область также имеет консервативную вторичную структуру, которая была выведена из связывания с олигонуклеотидными микрочипами, исследования структуры и минимизации свободной энергии. На сегодняшний день сохранение структуры описано только у пяти видов бабочек: Bombyx mori (R2Bm), Samia cynthia (R2Sc), Coscinocera hercules (R2Ch), Callosamia promethea (R2Cpr), Saturnia pyri (R2Spy)
Структурное сравнение РНК с псевдоузлом 5 'R2 Внутри этого сайта связывания с 5' белком находится структура РНК псевдоузла. Псевдоузел очень консервативен между 5 видами шелкопряда. Сравнение последовательностей показывает доказательства компенсаторных мутаций в спиральных областях, указывающих на то, что вторичная структура РНК имеет биологическое значение. В частности, предполагается, что этот псевдоузел имеет значение для инициации трансляции.
