Войти
H3K14ac представляет собой эпигенетическую модификацию белка, упаковывающего ДНК гистон H3. Это метка, указывающая на ацетилирование по 14-му остатку лизина белка гистона H3.
H3K14ac не был широко изучен отчасти из-за отсутствия ранее коммерчески доступных антител. H3K9ac и H3K14ac, как было показано, являются частью активного состояния промотора. Они также присутствуют над двухвалентными промоторами и активными энхансерами. H3K14ac также обогащен подмножеством неактивных промоторов.
Тюдоровский домен метилтрансферазы H3K9 SETDB1 связывается с метилированным H3 как с помощью ацетилирования K14, так и метилирования K9. SETDB1 подавляет ретровирусы и генную регуляцию.
Ацетилирование лизина Белки обычно ацетилируются по остаткам лизина, и в этой реакции используется ацетил-кофермент A в качестве донора ацетильной группы. В ацетилировании и деацетилировании гистонов гистоновые белки ацетилируются и деацетилируются по остаткам лизина в N-концевом хвосте как часть регуляции гена. Обычно эти реакции катализируются ферментами с активностью гистонацетилтрансферазы (HAT) или гистондеацетилазы (HDAC), хотя HAT и HDAC могут изменять статус ацетилирования также негистоновые белки.
Регулирование факторов транскрипции, эффекторных белков, молекулярных шаперонов и белков цитоскелета путем ацетилирования и деацетилирования является важным посттрансляционным регуляторным механизмом. Эти регуляторные механизмы являются аналогично фосфорилированию и дефосфорилированию под действием киназ и фосфатаз. Не только состояние ацетилирования белка может изменять его активность, но и недавнее предположение, что эта посттрансляционная модификация может также мешать фосфорилированию, метилированию, убиквитинирование, сумоилирование и другие для динамического контроля клеточной передачи сигналов.
В области эпигенетики, ацетилирование гистонов (и деацетилирование ), как было показано, являются важными механизмами регуляции транскрипции генов. Однако гистоны - не единственные белки, регулируемые посттрансляционным ацетилированием.
H3K14a указывает на ацетилирование лизина 14 на субъединице белка гистона H3:
| Abbr. | Значение |
| H3 | семейство гистонов H3 |
| K | стандартное сокращение для лизина |
| 14 | положение аминокислотного остатка. (считая от N- конец) |
| ас | ацетильная группа |
Геномная ДНК эукариотических клеток обернута вокруг специальных белковых молекул, известных как гистоны. Комплексы, образованные петлей ДНК, известны как хроматин. Основной структурной единицей хроматина является нуклеосома : она состоит из основного октамера гистонов (H2A, H2B, H3 и H4), а также линкерного гистона и примерно 180 пар оснований ДНК. Эти гистоны ядра богаты остатками лизина и аргинина. Карбоксильный (С) конец этих гистонов способствует взаимодействию гистонов с гистонами, а также взаимодействиям гистонов с ДНК. Амино (N) -концевые заряженные хвосты являются местом посттрансляционных модификаций, таких как та, которая наблюдается в H3K36me3.
Посттрансляционная модификация хвостов гистонов любым гистоном модифицирующие комплексы или комплексы ремоделирования хроматина интерпретируются клеткой и приводят к сложному комбинаторному транскрипционному выходу. Считается, что код гистонов диктует экспрессию генов путем сложного взаимодействия между гистонами в определенной области. Текущее понимание и интерпретация гистонов происходит из двух крупномасштабных проектов: ENCODE и эпигеномной дорожной карты. Целью эпигеномного исследования было изучение эпигенетических изменений по всему геному. Это привело к состояниям хроматина, которые определяют области генома путем группирования взаимодействий различных белков и / или модификаций гистонов вместе. Состояние хроматина исследовали в клетках дрозофилы, изучая место связывания белков в геноме. Использование ChIP-секвенирования выявило участки в геноме, характеризующиеся разной полосой. Различные стадии развития были профилированы и у Drosophila, акцент был сделан на релевантности модификации гистонов. Анализ полученных данных привел к определению состояний хроматина на основе модификаций гистонов.
Геном человека был аннотирован состояниями хроматина. Эти аннотированные состояния могут использоваться как новые способы аннотирования генома независимо от базовой последовательности генома. Эта независимость от последовательности ДНК обеспечивает эпигенетический характер модификаций гистонов. Состояние хроматина также полезно для идентификации регуляторных элементов, не имеющих определенной последовательности, таких как энхансеры. Этот дополнительный уровень аннотации позволяет глубже понять регуляцию клеточно-специфических генов.
H3K14ac не был широко изучен отчасти из-за отсутствия ранее коммерчески доступных антител. H3K9ac и H3K14ac, как было показано, являются частью активного состояния промотора. Они также присутствуют над двухвалентными промоторами и активными энхансерами. H3K14ac также обогащен субнабором неактивных промоторов.
Домен метилтрансферазы H3K9 SETDB1 связывается с метилированным H3 как с ацетилированием K14, так и с метилированием K9. SETDB1 подавляет ретровирусы и генную регуляцию.
Ацетилирование гистоновых меток может быть обнаружено различными способами:
1. Последовательность иммунопреципитации хроматина (ChIP-секвенирование ) измеряет количество обогащенной ДНК после связывания с целевым белком и иммунопреципитации. Это приводит к хорошей оптимизации и используется in vivo для выявления связывания ДНК с белком, происходящего в клетках. ChIP-Seq можно использовать для идентификации и количественного определения различных фрагментов ДНК для различных модификаций гистонов вдоль геномной области.
2. Секвенирование микрококковой нуклеазы (MNase-seq) используется для исследования областей, которые связаны с хорошо расположенными нуклеосомами. Для определения положения нуклеосом используется фермент микрококковой нуклеазы. Видно, что хорошо расположенные нуклеосомы имеют обогащенные последовательности.
3. Анализ последовательности хроматина, доступного для транспозаз (ATAC-seq), используется для поиска участков, свободных от нуклеосом (открытый хроматин). Он использует гиперактивный транспозон Tn5, чтобы выделить локализацию нуклеосом.
