ExoCarta

ExoCarta

Содержание
Описание	База данных экзосомальных белков, РНК и липидов
Контакты
Исследовательский центр	Институт молекулярных наук Ла Троб
Авторы	Суреш Мативанан
Доступ
Веб-сайт	http://www.exocarta.org

ExoCarta - это вручную созданная база данных экзосомальных белков, РНК и липидов.

Экзосомы - это везикулы клеточного происхождения, которые присутствуют во многих, а возможно, и во всех биологических жидкостях, включая кровь, мочу и культуральную среду клеточных культур. Сообщаемый диаметр экзосом составляет от 30 до 100 нм, что больше, чем LDL, но намного меньше, чем, например, красных кровяных телец. Экзосомы либо высвобождаются из клетки, когда мультивезикулярные тельца сливаются с плазматической мембраной, либо они высвобождаются непосредственно из плазматической мембраны. Становится все более очевидным, что экзосомы обладают специализированными функциями и играют ключевую роль, например, в коагуляции, межклеточной передаче сигналов и управлении отходами. Следовательно, растет интерес к клиническому применению экзосом. Экзосомы потенциально могут использоваться для прогноза, терапии и биомаркеров здоровья и болезней.

Экзосомы содержат РНК, белки, липиды и метаболиты, которые отражают клеточный тип происхождения. Поскольку экзосомы содержат множество белков, РНК и липидов, часто проводят крупномасштабный анализ, включающий протеомику и транскриптомику. В настоящее время для анализа этих данных можно использовать некоммерческие инструменты, такие как FunRich, для выявления чрезмерно представленных групп молекул.

1. ^Мативанан, Суреш; Fahner Cassie J; Рид Гэвин Э; Симпсон Ричард Дж (октябрь 2011 г.). «ExoCarta 2012: база данных экзосомальных белков, РНК и липидов». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D1241–4. doi : 10.1093 / nar / gkr828. PMC 3245025. PMID 21989406.
2. ^Mathivanan S, Simpson RJ (2009). «ExoCarta: сборник экзосомальных белков и РНК». Протеомика. 9 (21): 4997–5000. DOI : 10.1002 / pmic.200900351. PMID 19810033.
3. ^ van der Pol E; Böing, AN; Харрисон П.; Стурк А; Ньюланд Р. (2012). «Классификация, функции и клиническое значение внеклеточных везикул». Pharmacol. Ред. 64 (3): 676–705. doi : 10.1124 / pr.112.005983. PMID 22722893.
4. ^Келлер С; Сандерсон МП; Stoeck A; Альтевогт П. (2006). «Экзосомы: от биогенеза и секреции к биологической функции». Иммунол. Lett. 107 (2): 102–8. doi : 10.1016 / j.imlet.2006.09.005. PMID 17067686.
5. ^Booth AM; Fang Y; Fallon JK; Ян Дж. М.; Hildreth JE; Гулд SJ (2006). «Экзосомы и зачаток Gag ВИЧ из эндосомоподобных доменов плазматической мембраны Т-клетки». J. Cell Biol. 172 (6): 932–935. DOI : 10.1083 / jcb.200508014. PMC 2063735. PMID 16533950.
6. ^Патан, М; Кеэртикумар, S; Ang, C. S.; Gangoda, L; Quek, C. Y.; Уильямсон, Н. А.; Мурадов Д; Зибер, О. М.; Simpson, R.J.; Салим, А; Бачич, А; Хилл, А; Страуд, Д. А.; Райан, М. Т.; Agbinya, J. I.; Mariadasson, J.M.; Берджесс, А. В.; Мативанан, S (2015). «Техническое описание funrich: автономный инструмент функционального обогащения и сетевого анализа взаимодействия с открытым доступом». Протеомика. 15 : 2597–601. doi : 10.1002 / pmic.201400515. PMID 25921073.

• Официальный сайт

.