Эндопептидаза или эндопротеиназы представляют собой протеолитические пептидазы, которые разрывают пептидные связи нетерминальных аминокислот (т.е. внутри молекулы), в отличие от экзопептидазы, которые разрывают пептидные связи с концевых частей концевых аминокислот. По этой причине эндопептидазы не могут расщеплять пептиды на мономеры, в то время как экзопептидазы могут расщеплять белки на мономеры. Частным случаем эндопептидазы является олигопептидаза, субстратами которой являются олигопептиды вместо белков.
Обычно они очень специфичны для определенных аминокислот. Примеры эндопептидаз включают:
.