Войти
Логотип PMAP Карта протеолиза (PMAP ) представляет собой интегрированный веб-ресурс, посвященный протеазам.
PMAP призван помочь исследователям протеазы в рассуждении о протеолитических сетях и метаболические пути.
PMAP был первоначально создан в Институте медицинских исследований Бернхема, Ла-Хойя, Калифорния. В 2004 году Национальные институты здравоохранения (NIH) выбрали команду под руководством Джеффри В. Смита для создания Центра протеолитических путей (CPP). В рамках Дорожной карты биомедицинских исследований NIH центр разрабатывает технологии для изучения поведения белков и передачи этих знаний научному сообществу в целом.
Протеазы - это класс ферментов, которые регулируют большую часть того, что происходит в человеческом теле, как внутри клетки. и за счет расщепления пептидных связей в белках. Благодаря этой активности они управляют четырьмя основными клеточными функциями: дифференцировкой, подвижностью, делением и гибелью клеток - и активируют важные внеклеточные эпизоды., например, эффект биохимического каскада при свертывании крови. Проще говоря, без них жизнь не могла бы существовать. Обширная онлайн-система классификации протеаз (также называемых пептидазами) депонирована в базе данных MEROPS.
Протеолитические пути или протеолиз представляют собой серию событий, контролируемых протеазами, которые происходят в ответ на определенные стимулы. Помимо свертывания крови, производство инсулина можно рассматривать как протеолитический путь, поскольку активация, регуляция и ингибирование этого белка является результатом реакции протеаз на изменение глюкозы уровни и запуск других протеаз ниже по течению.
PMAP объединяет пять баз данных. ProteaseDB и SubstrateDB управляются автоматизированным конвейером аннотаций, который генерирует динамические «страницы молекул», богатые молекулярной информацией. CutDB содержит информацию о более чем 6600 протеолитических событиях, а ProfileDB посвящен информации о специфичности распознавания протеаз субстратом. PathwayDB, только что начавшееся накопление метаболических путей, функция которых может быть динамически смоделирована на основе правил. Гипотетические сети выводятся путем полуавтоматической отсеивания из литературы. Кроме того, доступны программные средства протеаз для анализа отдельных протеаз и протеомных наборов данных.
Популярные места назначения в PMAP - это страницы молекул протеазы и страницы молекул субстрата. На страницах Protease Molecule показаны последние новости в PubMed литературе о протеазах, известном, местоположении белкового домена и структуре белка, а также перекрестная аннотация в других раздел биоинформатических баз данных. Страницы молекул субстрата отображают белковые домены и экспериментально полученные сайты разрезания протеазы для заданной интересующей белковой мишени.
