ConsensusPathDB

ConsensusPathDB

Содержимое
Описание	Сети функционального взаимодействия человека.
Организмы	Homo sapiens, Saccharomyces cerevisiae, Mus musculus
Контакт
Исследования center	Институт Макса Планка для молекулярной генетики
Авторы	Атанас Камбуров
Основная ссылка	Камбуров и др. (2011)
Дата выпуска	2008
Доступ
Формат данных	BioPAX. PSI-MI. SBML
Веб-сайт	connsuspathdb.org
URL загрузки	да
веб-сервис URL	да
Разное
Версия	30 ; 9 января 2015 г.; 5 лет назад (09.01.2015)

ConsensusPathDB - это база данных молекулярных функциональных взаимодействий , объединяющая информацию о взаимодействиях белков, генетических взаимодействия передача сигналов, метаболизм, регуляция генов и взаимодействия лекарство-мишень у людей. ConsensusPathDB в настоящее время (выпуск 30) включает такие взаимодействия из 32 баз данных. ConsensusPathDB находится в свободном доступе для академического использования по адресу http://ConsensusPathDB.org.

• 1 Интегрированные базы данных
• 2 Функциональные возможности
  • 2.1 Поиск и визуализация
  • 2.2 Кратчайший путь
  • 2.3 Загрузка данных
  • 2.4 Анализ избыточного представления
• 3 Ссылки
• 4 Внешние ссылки

• Reactome (метаболические и сигнальные пути )
• KEGG (только метаболические пути были интегрированы в ConsensusPathDB)
• HumanCyc (метаболические пути)
• PID - База данных взаимодействия путей (сигнальные пути)
• BioCarta (сигнальные пути)
• Netpath (пути передачи сигналов)
• IntAct (взаимодействия белков)
• DIP (взаимодействия белков)
• MINT (взаимодействия белков)
• HPRD (взаимодействия белков)
• BioGRID (взаимодействия белков)
• SPIKE (взаимодействия белков, сигнальные реакции)
• WikiPathways (метаболические и сигнальные пути )
• и многие другие.

Консенсус sPathDB доступен через веб-интерфейс, обеспечивающий множество функций.

Поиск и визуализация

Используя веб-интерфейс, пользователи могут искать физические объекты (например, белки, метаболиты и т. Д.) или пути, использующие общие имена или номера доступа (например, идентификаторы UniProt ). Выбранные взаимодействия можно визуализировать в интерактивной среде как расширяемые сети. ConsensusPathDB в настоящее время позволяет пользователям экспортировать свои модели в формате BioPAX или в виде изображений в нескольких форматах.

Кратчайший путь

Пользователи могут искать кратчайшие пути функциональных взаимодействий между физическими объектами на основе всех взаимодействий в базе данных. Поиск пути может быть ограничен путем запрета прохождения через определенные физические объекты.

Загрузка данных

Пользователи могут загружать свои собственные сети взаимодействия в файлы BioPAX, PSI-MI или SBML по порядку для проверки и / или расширения этих сетей в контексте взаимодействий в ConsensusPathDB.

Анализ перепредставления

Используя веб-интерфейс базы данных, можно выполнить анализ перепредставления, основанный на биохимических путях или на наборах объектов на основе соседства (NESTs), которые составляют подсети общей сети взаимодействия, содержащей все физические объекты вокруг центрального в пределах «радиуса» (количество взаимодействий из центра). Для каждого предопределенного набора (путь / NEST) P-значение вычисляется на основе гипергеометрического распределения. Он отражает значимость наблюдаемого совпадения между пользовательским списком входных генов и членами предопределенного набора.

Анализ избыточного представления может быть выполнен с использованием указанных пользователем генов или метаболитов.

• Официальный сайт