Protein Reference Database Human ( HPRD ) представляет собой белок базы данных доступны через Интернет.
HPRD является результатом международных совместных усилий Института биоинформатики в Бангалоре, Индия, и лаборатории Pandey в Университете Джона Хопкинса в Балтиморе, США. HPRD содержит вручную подобранную научную информацию, относящуюся к биологии большинства белков человека. Информация о белках, участвующих в заболеваниях человека, аннотирована и связана с онлайн-базой данных по менделевскому наследованию в человеке (OMIM). Национальный центр биотехнологической информации обеспечивает связь с HPRD через свои базы данных белков человека (например, Entrez Gene, белок RefSeq, относящийся к генам и белкам.
Этот ресурс отображает информацию о функциях белков человека, включая белок-белковые взаимодействия, посттрансляционные модификации, отношения фермент-субстрат и ассоциации с болезнями. Каталогизированная информация о белках была получена путем ручного курирования с использованием опубликованной литературы опытными биологами и с помощью биоинформатического анализа белковой последовательности. Данные белок-белкового взаимодействия и субклеточной локализации из HPRD были использованы для разработки сети взаимодействия белков человека.
Основные характеристики HPRD:
HPRD также объединяет данные из Human Proteinpedia, портала сообщества для интеграции данных о человеческих белках. Данные из HPRD могут быть свободно доступны и использоваться академическими пользователями, в то время как коммерческие организации должны получить лицензию на использование. Контент Human Proteinpedia находится в свободном доступе для скачивания и использования любым желающим.
PhosphoMotif Finder содержит известный субстрат киназы / фосфатазы, а также связывающие мотивы, которые собраны из опубликованной литературы. Он сообщает ПРИСУТСТВИЕ любого литературного мотива в запросной последовательности. PhosphoMotif Finder НЕ ПРОГНОЗИРУЕТ какие-либо мотивы в последовательности запрашиваемого белка с использованием любого алгоритма или других вычислительных стратегий.
Существуют и другие базы данных, которые имеют дело с протеомом человека (например, BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MIPS, PDZBase и Reactome). Каждая база данных имеет свой стиль представления данных. Для большинства исследователей сложно сравнить объемные данные из этих баз данных, чтобы сделать выводы о сильных и слабых сторонах каждой базы данных. Мативанан и его коллеги пытались решить эту проблему, анализируя данные о белках, задавая различные вопросы. Этот анализ поможет биологам сделать выбор среди этих баз данных в зависимости от их потребностей.