Справочная база данных белков человека

редактировать

Protein Reference Database Human ( HPRD ) представляет собой белок базы данных доступны через Интернет.

Содержание

  • 1 Обзор
  • 2 PhosphoMotif Finder
  • 3 Сравнение данных по белкам
  • 4 ссылки
  • 5 Внешние ссылки

Обзор

HPRD является результатом международных совместных усилий Института биоинформатики в Бангалоре, Индия, и лаборатории Pandey в Университете Джона Хопкинса в Балтиморе, США. HPRD содержит вручную подобранную научную информацию, относящуюся к биологии большинства белков человека. Информация о белках, участвующих в заболеваниях человека, аннотирована и связана с онлайн-базой данных по менделевскому наследованию в человеке (OMIM). Национальный центр биотехнологической информации обеспечивает связь с HPRD через свои базы данных белков человека (например, Entrez Gene, белок RefSeq, относящийся к генам и белкам.

Этот ресурс отображает информацию о функциях белков человека, включая белок-белковые взаимодействия, посттрансляционные модификации, отношения фермент-субстрат и ассоциации с болезнями. Каталогизированная информация о белках была получена путем ручного курирования с использованием опубликованной литературы опытными биологами и с помощью биоинформатического анализа белковой последовательности. Данные белок-белкового взаимодействия и субклеточной локализации из HPRD были использованы для разработки сети взаимодействия белков человека.

Основные характеристики HPRD:

  • Из 10 000 белок-белковых взаимодействий (PPI), аннотированных для 3 000 белков в 2003 г., к концу 2007 г. HPRD вырос до более 36 500 уникальных PPI, аннотированных для 25 000 белков, включая 6 360 изоформ.
  • Более 50% молекул, аннотированных в HPRD, имеют по крайней мере один PPI, а 10% имеют более 10 PPI.
  • Эксперименты с ИПП в широком смысле сгруппированы в три категории, а именно: in vitro, in vivo и двугибридные дрожжи (Y2H). Шестьдесят процентов PPI, аннотированных в HPRD, поддерживаются одним экспериментом, в то время как 26% ​​из них имеют аннотации двух из трех экспериментальных методов.
  • HPRD содержит 18 000 вручную отобранных данных PTM, принадлежащих 26 различным типам. Фосфорилирование является ведущим типом модификации белка, на который приходится 63% данных PTM, аннотированных в HPRD. События гликозилирования, протеолитического расщепления и дисульфидного мостика являются следующими ведущими источниками данных PTM.
  • Данные HPRD доступны для загрузки в форматах файлов с разделителями табуляции и XML.

HPRD также объединяет данные из Human Proteinpedia, портала сообщества для интеграции данных о человеческих белках. Данные из HPRD могут быть свободно доступны и использоваться академическими пользователями, в то время как коммерческие организации должны получить лицензию на использование. Контент Human Proteinpedia находится в свободном доступе для скачивания и использования любым желающим.

PhosphoMotif Finder

PhosphoMotif Finder содержит известный субстрат киназы / фосфатазы, а также связывающие мотивы, которые собраны из опубликованной литературы. Он сообщает ПРИСУТСТВИЕ любого литературного мотива в запросной последовательности. PhosphoMotif Finder НЕ ПРОГНОЗИРУЕТ какие-либо мотивы в последовательности запрашиваемого белка с использованием любого алгоритма или других вычислительных стратегий.

Сравнение данных по белкам

Существуют и другие базы данных, которые имеют дело с протеомом человека (например, BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MIPS, PDZBase и Reactome). Каждая база данных имеет свой стиль представления данных. Для большинства исследователей сложно сравнить объемные данные из этих баз данных, чтобы сделать выводы о сильных и слабых сторонах каждой базы данных. Мативанан и его коллеги пытались решить эту проблему, анализируя данные о белках, задавая различные вопросы. Этот анализ поможет биологам сделать выбор среди этих баз данных в зависимости от их потребностей.

Рекомендации

внешние ссылки

Последняя правка сделана 2024-01-10 03:03:27
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте