Прогнозирование кристаллической структуры

редактировать

Прогнозирование кристаллической структуры (CSP ) - это расчет кристаллических структур твердых тел из первых принципов. Надежные методы предсказания кристаллической структуры соединения, основанные только на его составе, были целью физических наук с 1950-х годов. Используемые вычислительные методы включают моделирование отжига, эволюционные алгоритмы, распределенный мультипольный анализ, случайную выборку, скачкообразный переход по бассейну, интеллектуальный анализ данных., теория функционала плотности и молекулярная механика.

Содержание
  • 1 История
  • 2 Молекулярные кристаллы
  • 3 Программное обеспечение для прогнозирования кристаллической структуры
  • 4 Дополнительная литература
  • 5 Ссылки
История

Кристаллические структуры простых ионных твердых тел уже давно рационализированы в терминах правил Полинга, впервые изложенных в 1929 году Линусом Полингом. Для металлов и полупроводников действуют другие правила, касающиеся концентрации валентных электронов. Однако предсказание и рационализация - это разные вещи. Чаще всего термин предсказание кристаллической структуры означает поиск расположения составляющих его атомов (или, для молекулярных кристаллов, его молекул) с минимальной энергией в пространстве. Проблема имеет две стороны: комбинаторику («фазовое пространство поиска», наиболее актуальное на практике для неорганических кристаллов) и энергетику (или «ранжирование устойчивости», наиболее актуальное для молекулярных органических кристаллов). Для сложных немолекулярных кристаллов (где «проблема поиска» стоит наиболее остро) основными недавними достижениями стали разработка версии Мартонака метадинамики, эволюционного алгоритма Оганова-Гласса USPEX и первых принципов случайной выборки. поиск. Последние способны решать проблему глобальной оптимизации с примерно сотней степеней свободы, в то время как подход метадинамики заключается в сокращении всех структурных переменных до нескольких «медленных» коллективных переменных (что часто работает).

Молекулярные кристаллы

Прогнозирование органических кристаллических структур важно в академической и промышленной науке, особенно для фармацевтических препаратов и пигментов, где понимание полиморфизма выгодно. Кристаллические структуры молекулярных веществ, особенно органических соединений, очень трудно предсказать и ранжировать в порядке устойчивости. Межмолекулярные взаимодействия относительно слабые, ненаправленные и дальнодействующие. Это приводит к типичным различиям в решетке и свободной энергии между полиморфами, которые часто составляют всего несколько кДж / моль, очень редко превышая 10 кДж / моль. Методы прогнозирования кристаллической структуры часто обнаруживают множество возможных структур в этом небольшом диапазоне энергий. Эти небольшие различия в энергии сложно надежно предсказать без чрезмерных вычислительных усилий.

С 2007 года был достигнут значительный прогресс в области CSP малых органических молекул, причем несколько различных методов доказали свою эффективность. Наиболее широко обсуждаемый метод сначала ранжирует энергии всех возможных кристаллических структур с использованием настраиваемого силового поля MM, а завершается этапом DFT с поправкой на дисперсию для оценки решетки . энергия и стабильность каждой структуры-кандидата из короткого списка. Более поздние усилия по прогнозированию кристаллических структур были сосредоточены на оценке кристаллов свободной энергии путем включения эффектов температуры и энтропии в органических кристаллах с использованием анализа колебаний или молекулярной динамики.

Программное обеспечение для прогнозирования кристаллической структуры

Следующие коды могут предсказывать стабильные и метастабильные структуры с учетом химического состава и внешних условий (давление, температура):

  • AIRSS - Ab Initio Random Structure Searching на основе стохастической выборки конфигурационного пространства и с возможностью используйте симметрию, химические и физические ограничения. Используется для исследования объемных кристаллов, низкоразмерных материалов, кластеров, точечных дефектов и границ раздела. Выпущено по лицензии GPL2. Регулярно обновляется.
  • CALYPSO - Анализ кристаллической структуры с помощью оптимизации роя частиц, реализующий алгоритм оптимизации роя частиц (PSO) для идентификации / определения кристаллической структуры. Как и в случае с другими кодами, знание структуры может быть использовано для разработки многофункциональных материалов (например, сверхпроводящих, термоэлектрических, сверхтвердых и энергетических материалов). Бесплатно для академических исследователей. Регулярно обновляется.
  • GASP - предсказывает структуру и состав стабильных и метастабильных фаз кристаллов, молекул, атомных кластеров и дефектов из первых принципов. Может быть сопряжен с другими энергетическими кодами, включая: VASP, LAMMPS, MOPAC, Gulp, JDFTx и т. Д. Бесплатное использование и регулярное обновление.
  • GRACE - для прогнозирования молекулярных кристаллических структур, особенно для фармацевтической промышленности. На основе теории функционала плотности с поправкой на дисперсию. Коммерческое программное обеспечение в стадии активной разработки.
  • GULP - Монте-Карло и генетические алгоритмы для атомных кристаллов. GULP основан на классических силовых полях и работает со многими типами силовых полей. Бесплатно для академических исследователей. Регулярно обновляется.
  • USPEX - программное обеспечение с несколькими методами, которое включает эволюционные алгоритмы и другие методы (случайная выборка, эволюционная метадинамика, улучшенный PSO, метод NEB с переменной ячейкой и метод выборки пути перехода для механизмов фазового перехода). Может использоваться для атомарных и молекулярных кристаллов; объемные кристаллы, наночастицы, полимеры, реконструкции поверхности, границы раздела фаз; может оптимизировать энергию или другие физические свойства. Помимо поиска структуры для данного состава, он может идентифицировать все стабильные композиции в многокомпонентной системе переменного состава и выполнять одновременную оптимизацию нескольких свойств. Бесплатно для академических исследователей. Используется>4500 исследователями. Регулярно обновляется.
  • XtalOpt - открытый исходный код, реализующий эволюционный алгоритм.
Дополнительная литература
Ссылки
Последняя правка сделана 2021-05-16 10:29:05
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте