Христианство в Азербайджане является религией меньшинства. Христиане, численность которых составляет от 280 000 до 450 000 (3,1% -4,8%), в основном русские и грузинские православные и армянские апостольские (почти все армяне проживают в Республике Арцах, что оспаривается Азербайджаном). Существует также небольшая протестантская христианская община, большинство из которых были выходцами из мусульман.
Христианство распространилось на территорию Азербайджана в первые годы новой эры. Первый этап этого периода называется периодом апостолов Варфоломея и Фаддея (тех, кто христианизировал Армению ), которые распространили новую религию по благословению первый патриарх Иерусалима Егуб. Первая церковь была возведена в селе Киш. Эта церковь была построена раньше первой армянской христианской церкви.
Св. Икона Богородицы Защитницы Кавказа в церкви Архангела Михаила, Баку.Приверженцами восточного православия в Азербайджане в основном являются этнические русские и Грузины. Русские православные общины принадлежат к Русской Православной Церкви в Азербайджане. Вся территория Азербайджана находится под церковной юрисдикцией Русской Православной Епархии Баку и Азербайджана с центром в Соборе Святых Мироносиц в Баку.
Приверженцы Восточное православие в Азербайджане в основном составляют этнические армяне. Армянская Апостольская Церковь в настоящее время не имеет общины за пределами Нагорно-Карабахской Республики. До начала войны армяне составляли самое многочисленное христианское население страны. Сегодня армянские церкви в Азербайджане остаются закрытыми из-за массового оттока армян и опасений азербайджанских нападений. Во время войны в Нагорном Карабахе, несмотря на конституционные гарантии против религиозной дискриминации, по всему Азербайджану были зарегистрированы многочисленные акты вандализма против Армянской Апостольской церкви. В разгар бакинского погрома в 1990 году армянская церковь Святого Григория Просветителя была подожжена, но в 2004 году была восстановлена и больше не используется.
В Католической церкви Азербайджана есть только одна община: церковь в Баку была открыта в 2007 году.
Существует одиннадцать молоканских общин. Молокане - это протестантское меньшинство, которое, как и другие протестанты, основывает свои верования на Библии и отвергает церковную иерархию. Существует также немецкая лютеранская община, насчитывающая менее 7000 протестантов. По словам преподобного Эльнура Джабиева, бывшего генерального секретаря Союза баптистов в Азербайджане, до 2010 года в Баку было восемь или девять евангелических церквей, но теперь власти не позволяют им проводить открытые собрания.
2.5 % населения принадлежит к Русской Православной Церкви (1998 г.). Русская Православная Церковь в Азербайджане имеет Бакинскую епархию и Прикаспийский регион с местонахождением в Азербайджане. Среди известных знаковых русских церквей - Церковь Михаила Архангела, Собор Святых Мироносиц и Собор Александра Невского, разрушенные коммунистами в начале 20 века.
Албано-удинская церковь принадлежит к удинскому меньшинству в Азербайджане.
Существует также грузинская православная община и церкви.