Войти
| EcoRI | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура EcoRI. Димер, связанный с ДНК (PDB 1ckq) | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | EcoRI | ||||||||
| Pfam | PF02963 | ||||||||
| InterPro | IPR004221 | ||||||||
| SCOPe | 1na6 / SUPFAM | ||||||||
| CDD | 79lll | ||||||||
| |||||||||
EcoRI (произносится как «eco R one») - фермент рестрикции эндонуклеаза, выделенный из видов E. coli. Часть Eco в названии фермента происходит от вида, от которого он был выделен, в то время как R представляет конкретный штамм, в данном случае RY13. Последняя часть его названия, буква I, означает, что это был первый фермент, выделенный из этого штамма. EcoRI - это рестрикционный фермент, который расщепляет двойные спирали ДНК на фрагменты в определенных сайтах. Он также является частью системы модификации рестрикции.
В молекулярной биологии он используется как рестрикционный фермент. EcoRI создает 4 нуклеотида липких концов с 5'концевыми выступами AATT. Последовательность распознавания нуклеиновой кислоты, где фермент разрезает, представляет собой G / AATTC, которая имеет палиндромную, комплементарную последовательность CTTAA / G. Знак / в последовательности указывает, какую фосфодиэфирную связь фермент разорвет в молекуле ДНК. Другие рестрикционные ферменты, в зависимости от их участков разреза, также могут оставлять 3 'выступы или тупые концы без выступов.
EcoRI содержит мотив PD..D / EXK в своем активном сайте, как и многие эндонуклеазы рестрикции.
Фермент гомодимер субъединицы 31 килодальтон, состоящий из одного глобулярного домена с архитектурой α / β. Каждая субъединица содержит петлю, которая выступает из глобулярного домена и при связывании оборачивается вокруг ДНК.
Сайт узнавания EcoRI с разрезом, обозначенным зеленой линией. EcoRI был сокристаллизован с последовательностью, которую он обычно разрезает. Этот кристалл был использован для определения структуры комплекса 1QPS. Решенная кристаллическая структура показывает, что субъединицы фермента гомодимера взаимодействуют с ДНК симметрично. В комплексе две α-спирали из каждой субъединицы объединяются, образуя четырехспиральный пучок. На взаимодействующих спиралях находятся остатки Glu144 и Arg145, которые взаимодействуют друг с другом, образуя перекрестное кольцо, которое, как считается, позволяет двум активным сайтам фермента взаимодействовать.
рестрикционные ферменты, такие как EcoRI, используются в широком спектре методов молекулярной генетики, включая клонирование, скрининг ДНК и удаление участков ДНК in vitro. Ферменты рестрикции, такие как EcoRI, которые генерируют липкие концы ДНК, часто используются для разрезания ДНК перед лигированием, поскольку липкие концы делают реакцию лигирования более эффективной.. EcoRI может проявлять неспецифическое разрезание, известное как звездчатая активность, в зависимости от условий, присутствующих в реакции. Условия, которые могут вызвать звездообразную активность при использовании EcoRI, включают низкую концентрацию соли, высокую концентрацию глицерина, чрезмерное количество фермента, присутствующего в реакции, высокий pH и загрязнение некоторыми органическими растворителями. Разрез, сделанный ферментом Eco RI, приводит к образованию липких концов на векторе, в основном плазмидах или вирусных ДНК.
