Войти
| Статус | Активная рабочая группа IEEE |
|---|---|
| Связанные стандарты | Общий язык рабочего процесса |
| Лицензия | BSD-3-пункт |
| Аббревиатура | BCO |
| Веб-сайт | osf.io / h59uh / |
. Объект BioCompute (BCO) Проект - это инициатива сообщества по созданию основы для стандартизации и совместного использования вычислений и анализов, созданных с помощью высокопроизводительного секвенирования (HTS - также называемого секвенирование следующего поколения или массовое параллельное упорядочение ). С тех пор проект был стандартизирован как IEEE 2791-2020, а файлы проекта хранятся в репозитории с открытым исходным кодом. В редакции Федерального реестра от 22 июля 2020 г. было объявлено, что FDA теперь поддерживает использование BioCompute (официально известный как IEEE 2791-2020) в нормативных документах, а также включение стандарт в Каталоге стандартов данных для представления данных HTS в NDA, ANDA, BLA и IND в CBER, CDER и CFSAN... Первоначально начинался как договор о сотрудничестве между Университетом Джорджа Вашингтона и Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов, проект расширился и включает более 20 университетов, биотехнологические компании, государственно-частные партнерства и фармацевтические компании, включая Seven Bridges и Гарвардская медицинская школа. BCO призван облегчить обмен рабочими процессами HTS между различными организациями, такими как FDA, фармацевтические компании, контрактные исследовательские организации, поставщики биоинформационных платформ и академические исследователи. Из-за деликатного характера нормативных документов может быть опубликовано мало прямых ссылок на материалы. Тем не менее, в настоящее время проект финансируется для обучения рецензентов и администраторов FDA чтению и интерпретации BCO, и в настоящее время уже отправлено или почти отправлено 4 публикации.
Одна из самых больших проблем в биоинформатике - это документирование и совместное использование научных рабочих процессов таким образом, чтобы вычисления и их результаты могли быть подвергнуты экспертной оценке или надежно воспроизведены. Биоинформатические конвейеры обычно используют несколько частей программного обеспечения, каждая из которых обычно имеет несколько доступных версий, несколько входных параметров, несколько выходных параметров и, возможно, конфигурации для конкретной платформы. Как и в случае с экспериментальными параметрами в лабораторном протоколе, небольшие изменения вычислительных параметров могут иметь большое влияние на научную достоверность результатов. BioCompute Framework предоставляет объектно-ориентированный дизайн, на основе которого может быть создан BCO, содержащий детали конвейера и способы его использования, с цифровой подписью и общий доступ. Первоначально концепция BioCompute была разработана для удовлетворения нормативных требований FDA и анализа потребностей в оценке, валидации и проверке данных геномики. Тем не менее, Biocompute Framework следует принципам FAIR Data Principles и может широко использоваться для обеспечения связи и взаимодействия между различными платформами, отраслями, учеными и регулирующими органами
В качестве стандартизации для геномных данных объекты BioCompute Objects в основном полезны для трех групп пользователей: 1) академические исследователи, проводящие новые генетические эксперименты, 2) фармацевтические / биотехнологические компании, которые хотят представить свою работу в FDA для проверки нормативных требований, и 3) клинические учреждения (больницы и лаборатории), предлагающие генетические тесты и персонализированную медицину. Полезность для академических исследователей заключается в возможности воспроизводить экспериментальные данные более точно и с меньшей неопределенностью. Полезность для организаций, желающих представить работу в FDA, - это оптимизированный подход, опять же с меньшей неопределенностью и способностью более точно воспроизводить работу. Для клинических условий критически важно, чтобы данные HTS и клинические метаданные передавались точным способом, в идеале стандартизированным способом, доступным для чтения любым заинтересованным сторонам, включая партнеров по регулирующим органам.
Объект BioCompute имеет формат json и, как минимум, содержит все версии программного обеспечения и параметры, необходимые для оценки или проверки вычислительного конвейера. Он также может содержать входные данные в виде файлов или ссылок, ссылочных геномов или исполняемых компонентов Docker. Объект BioCompute может быть интегрирован с HL7 FHIR в качестве ресурса Provenance. Многие считают эти усилия избыточными и ненужными, поскольку сообщество биоинформатиков уже приняло Common Workflow Language, который содержит все это, и превосходные возможности, несмотря на цель BCO рассматривать CWL как Объект исследования.
Рабочая группа BioCompute Object предоставляет возможность различным заинтересованным сторонам вносить свой вклад в текущую практику BCO. Эта рабочая группа была сформирована во время подготовки к семинару 2017 HTS Computational Standards for Regulatory Sciences и изначально состояла из участников семинара. Постоянный рост рабочей группы BCO является прямым результатом взаимодействия различных заинтересованных сторон из всех заинтересованных сообществ в области стандартизации вычислительной обработки данных HTS. Государственно-частные партнерства, сформированные между университетами, частными компаниями по обработке геномных данных, программными платформами, правительством и регулирующими учреждениями, стали легкой точкой входа для новых лиц или организаций в проект BCO, чтобы они могли участвовать в обсуждении лучших практики для объектов.
Простой пакет biocompute R может создавать, проверять и экспортировать объекты BioCompute. Genomics Compliance Suite - это приложение Shiny, которое предлагает функции, аналогичные функциям регулярных выражений, которые есть во всех современных текстовых редакторах. Существует несколько внутренних программных пакетов с открытым исходным кодом и веб-приложений, реализующих спецификацию BioCompute, три из которых были развернуты в общедоступной AWS EC2 облако. К ним относятся экземпляр высокопроизводительной интегрированной виртуальной среды, портал BioCompute (веб-приложение на основе форм, которое может создавать и редактировать объекты BioCompute на основе IEEE-2791-2020 стандартный и совместимый с BioCompute экземпляр Galaxy.
