Содержимое | |
---|---|
Описание | Химическая база данных |
Типы данных. захваченные | Молекулы с лекарственными свойствами и биологическая активность |
Контакт | |
Авторы | Майкл Гилсон, руководитель группы |
Основное упоминание | PMID 17145705 |
Дата выпуска | 1995 |
Доступ | |
Веб-сайт | BindingDB |
URL-адрес загрузки | Загрузки |
Разное | |
Лицензия | The BindingD Данные B доступны по лицензии Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported License |
BindingDB - это общедоступная веб-база данных измеренных аффинностей связывания, в которой основное внимание уделяется взаимодействиям рассматриваемых белков. стать кандидатом в мишени для лекарств с лигандами, которые представляют собой небольшие молекулы, подобные лекарствам. По состоянию на март 2011 года BindingDB содержит около 650 000 данных о связывании для 5700 белков-мишеней и 280 000 малых молекул. BindingDB также включает небольшую коллекцию данных о связывании хозяин-гость, представляющих интерес для химиков, изучающих супрамолекулярные системы.
Целью BindingDB является поддержка медицинской химии и открытия лекарств посредством изучения литературы и развития взаимосвязей между структурой и активностью (SAR и QSAR); проверка подходов вычислительной химии и молекулярного моделирования, таких как стыковка, оценка и методы свободной энергии; химическая биология и химическая геномика; и фундаментальные исследования физической химии молекулярного распознавания.
Сбор данных осуществляется с помощью различных методов измерения, включая ингибирование и кинетику ферментов, калориметрию изотермического титрования, ЯМР, радиоактивные лиганды и конкурентные анализы. BindingDB включает данные, извлеченные из научной литературы в рамках проекта BindingDB, выбранные PubChem подтверждающие биологические анализы и ChEMBL записи, для которых четко определен белок-мишень («TARGET_TYPE = 'PROTEIN'») предоставлен.
Проект BindingDB был задуман в середине 1990-х, на основе признания широкой ценности количественных данных о сродстве и неадекватности журнальных статей как средства обеспечения доступа к этим данным. Семинар, организованный NIST в сентябре 1997 года, подтвердил концепцию, и финансирование со стороны NSF и NIST позволило начать разработку базы данных со сбором данных для систем многих типов, включая белковые. -лиганд, белок-белок и связывание хозяин-гость. Однако надежды на то, что база данных будет заполнена в основном за счет показаний экспериментаторов, не оправдались, и стало ясно, что проект должен взять на себя ответственность за извлечение данных из литературы. Учитывая обширность литературы по молекулярному распознаванию и ограниченность доступных ресурсов, это означало, что создание полезной базы данных потребует ограничения внимания к четко определенному набору данных о связывании высокой ценности.
Было принято решение сосредоточить внимание на данных о связывании малых молекул с белками, которые являются мишенями для лекарств или потенциальными мишенями для лекарств, и для которых трехмерная структура доступна в PDB или потенциально может быть смоделирована с высокой точностью на основе структуры аналогичного белка. Этот выбор будет способствовать открытию лекарств для выбранных мишеней, а также развитию методов компьютерного конструирования лигандов как на основе лигандов, так и на основе структур. Это текущее направление деятельности BindingDB, которой руководит Майкл Гилсон, базируется в Школе фармации и фармацевтических наук Калифорнийского университета в Сан-Диего, и поддерживается по гранту от NIH.
Веб-интерфейс BindingDB предоставляет ряд инструментов для просмотра, запросов и загрузки данных. К ним относятся просмотр по названию белка-мишени или по цитированию в журнале, запрос по химическому сходству и субструктуре, а также загрузки по цели или результату запроса.