Нуклеаза бобов мунг

редактировать

Нуклеаза бобов маш ( Нуклеаза MB) - это нуклеаза, полученная из ростков бобов маш ( Vigna radiata), которая поэтапно удаляет нуклеотиды из одноцепочечных молекул ДНК (оцДНК) и используется в биотехнологических приложениях для удаления такой оцДНК из смесь, также содержащая двухцепочечную ДНК (дцДНК). Этот фермент полезен для картирования транскриптов, удаления одноцепочечных областей в гибридах ДНК или одноцепочечных выступов, продуцируемых рестрикционными ферментами, и т. Д. Он имеет активность, аналогичную нуклеазе S1 (обе имеют EC 3.1.30.1), но имеет более высокую специфичность для одноцепочечных молекул.

Фермент расщепляет одноцепочечную ДНК или РНК до нуклеозидных 5'-монофосфатов, но не расщепляет двухцепочечную ДНК, двухцепочечную РНК или гибриды ДНК / РНК. Нуклеаза фасоли мунг катализирует специфическое разложение одноцепочечной ДНК или РНК и продуцирует моно- и олигонуклеотиды, несущие 5'-P-конец. Нуклеаза бобов мунг имеет строгую одноцепочечную специфичность к ДНК или РНК.

Расчетная молекулярная масса нуклеазы бобов мунг составляет 39 кДа по данным SDS-PAGE. Гликопротеин, 29% этой массы составляют сахара. По состоянию на апрель 2019 года конкретный ген, кодирующий этот белок, неизвестен, и все производство основано на процессе очистки ростков фасоли 1980 года. Некоторым известно о его структуре с одним открытым остатком цистеина и 3 парами дисульфидных связей. Некоторым известно о его аминокислотном составе.

Содержание
  • 1 Требования
  • 2 Описание
  • 3 Применение в биотехнологии и биохимических исследованиях
  • 4 ссылки
  • 5 Дальнейшее чтение
Требования

Для нуклеазы бобов мунг требуется Zn 2+. Добавление ЭДТА или ДСН вызывает необратимую инактивацию. Нуклеаза бобов мунг не активна ни при pH ниже 4,6, ни при низкой концентрации соли.

Описание

Нуклеазы МБ является специфической ДНК и РНК экзо-эндонуклеазы, которые будут ухудшать одноцепочечные расширения от концов молекул ДНК и РНК, в результате чего тупые концы, ligatable. Его более высокая одноцепочечная специфичность делает его предпочтительным ферментом для большинства применений, требующих одноцепочечной нуклеазы.

В отличие от нуклеазы S1, нуклеаза бобов мунг не расщепляет интактную цепь дуплексной ДНК с разрывом.

Его способность распознавать двухцепочечные нуклеиновые кислоты зависит от последовательности оснований.

Он имеет тенденцию к расщеплению по ApN и по T (U) pN. Он полностью разлагает ApA, но не разрушает G и C. В отличие от нуклеазы S1, он не расщепляет цепь, противоположную разорванной.

Нуклеаза бобов мунг катализирует специфическую деградацию одноцепочечной ДНК или РНК и продуцирует моно- и олигонуклеотиды, несущие 5'-P-конец.

Более чем 1000-кратное количество фермента может разлагать олигомер на все мононуклеотиды.

Избыток фермента необходим для разложения двухцепочечной ДНК или гибридов РНК и ДНК-РНК, и в этом случае участки, богатые АТ, избирательно разлагаются.

Этот фермент хорошо работает на сайтах A ↓ pN, T ↓ pN, и особенно сайты A ↓ pN деградируют на 100%.

Однако разрушить сайт C ↓ pC, C ↓ pG сложно.

Экзонуклеаза бобов мунг представляет собой нуклеазу, полученную из бобов мунг, которая поэтапно удаляет нуклеотиды из одноцепочечных молекул ДНК и используется для удаления такой оцДНК из смеси, также содержащей двухцепочечную ДНК (дцДНК).

Определение единицы:

Одна единица нуклеазы бобов маша превращает 1 мкг денатурированной нагреванием ДНК тимуса теленка в кислотно-растворимую форму за 1 минуту при 37 ° C в стандартных условиях анализа.

Приложения в биотехнологии и биохимических исследованиях
  • Удаление шпилечных петель при синтезе кДНК.
  • Картирование с высоким разрешением концевых и экзонных структур РНК-транскриптов (обычно называемое картированием Berk-Sharp или S1) с использованием зондов с внутренней или концевой меткой.
  • Модификация сайта рестрикции или удаление путем расщепления одноцепочечных выступающих концов.
  • Расщепление несоответствий одной пары оснований в качестве замены нуклеазы CEL 1 в TILLING.
  • Однонаправленная делеция большой ДНК (в сочетании с экзонуклеазой III) для создания упорядоченных делеций для секвенирования.
  • Удаление 3´ и 5´ удлинений с концов ДНК или РНК.
  • Транскрипционное картирование.
  • Расщепление петель шпильки.
  • Вырезание кодирующих последовательностей генов из геномной ДНК.
Ссылки
дальнейшее чтение
  • Серия из многих статей Ковальски и др. 1970-х годов: Ковальски, Дэвид; Kroeker, Warren D.; Ласковский, М. (1976). «Нуклеаза бобов мунг I. 6. Физические, химические и каталитические свойства». Биохимия. 15 (20): 4457–4463. DOI : 10.1021 / bi00665a019. PMID   9973.
  • Issoria lathonia.jpg Биологический портал
Последняя правка сделана 2024-01-09 03:37:48
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте