MEROPS

MEROPS - это онлайн база данных для пептидаз (также известных как протеазы, протеиназы и протеолитические ферменты ) и их ингибиторов. Схема классификации для пептидаз была опубликована Rawlings Barrett в 1993 году, а схема классификации белковых ингибиторов Rawlings et al. в 2004 г. Самая последняя версия, MEROPS 12.0, была выпущена в сентябре 2017 г.

• 1 Обзор
• 2 Классификация
  • 2.1 Семейство
  • 2.2 Клан
• 3 Идентификатор
• 4 См. Также
• 5 Ссылки
• 6 Внешние ссылки

Классификация основана на сходстве на третичном и первичном структурных уровнях. Сравнения ограничиваются той частью последовательности, которая непосредственно участвует в реакции, которая в случае пептидазы должна включать активный сайт, а для белкового ингибитора - реактивным сайтом. Классификация является иерархической: последовательности объединяются в семьи, а семьи объединяются в кланы. Каждая пептидаза, семейство и клан имеют уникальный идентификатор.

Семейство

Семейства пептидаз конструируют путем сравнения аминокислотных последовательностей. Семейство собрано вокруг типового примера, последовательности хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Все другие последовательности в семействе должны быть связаны с примером типа семейства либо напрямую, либо через транзитивные отношения, включающие одну или несколько последовательностей, которые, как было показано, являются членами семейства. Как правило, FastA или BlastP используется для установления взаимосвязей между последовательностями, при этом ожидаемое значение 0,001 или ниже считается статистически значимым. HMMER или поиск пси-взрыва используются для добавления последовательностей, которые отдаленно связаны с семейством. Каждое семейство обозначается буквой, обозначающей каталитический тип содержащихся в нем пептидаз, за ​​которой следует произвольный уникальный номер.

Некоторые семьи делятся на подсемейства из-за свидетельств очень древних расхождений внутри семьи. Дивергенция соответствует более чем 150 принятым точечным мутациям на 100 аминокислотных остатков.

Клан

Сходство трехмерных структур подтверждает свидетельство того, что многие семьи действительно имеют общее происхождение с другими. «Клан» используется для описания такой группы семей. Клан также собирается вокруг типового примера, который представляет собой структуру хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Семья включается в клан, если можно показать, что третичная структура члена семьи связана с таковой в примере типа клана. Как правило, DALI используется для определения принадлежности к клану, при этом статистически значимым считается z-балл 6,00 стандартное отклонение единиц или выше. Для пептидаз другие свидетельства, указывающие на то, что семейства связаны между собой при отсутствии третичной структуры, включают каталитические остатки в последовательностях того же порядка.

У каждого семейства, клана, пептидазы и ингибитора есть уникальный идентификатор. Описание и пример идентификаторов приведены в таблице ниже.

• Карта протеолиза
• TopFIND, научная база данных, охватывающая протеазы, специфичность их сайтов расщепления, субстраты, ингибиторы и концы белков, возникающие в результате их активности
• Надсемейство белков
• клан PA
• Каталитическая триада

• База данных MEROPS