Войти
Этот список программного обеспечения для прогнозирования структуры РНК представляет собой сборник используемых программных инструментов и веб-порталов для предсказания структуры РНК.
| Имя | Описание | Узлы. | Ссылки | Ссылки |
|---|---|---|---|---|
| Прогноз вторичной структуры на основе обобщенной оценки центроида | No | исходный код веб-сервер | ||
| Предсказание вторичной структуры с использованием информации о гомологичной последовательности | No | исходный код веб-сервер | ||
| Программное обеспечение для прогнозирования вторичной структуры РНК на основе многофункциональных обученных моделей оценки. | No | исходный код веб-сервер | ||
| Метод прогнозирования вторичной структуры на основе условных лог-линейных моделей (CLLM), гибкого класса вероятностных моделей, которые обобщаются на SCFG с помощью дискриминантного обучения и многофункциональных оценка. | No | исходный код веб-сервер | ||
| Crumple | Простое, четко написанное программное обеспечение для создания полного набора возможных вторичных структур для одной последовательности с учетом дополнительных ограничений. | No | исходный код | |
| Вторичный метод прогнозирования структуры, основанный на размещении спиралей, позволяющих создавать сложные псевдоязычные узлы. | Да | веб-сервер | ||
| A d Метод на основе eep, основанный на обучении, для эффективного прогнозирования вторичной структуры путем дифференцирования с помощью решателя ограниченной оптимизации без использования динамического программирования. | Да | исходный код | ||
| Быстрый и масштабируемый многоядерный код для прогнозирования вторичной структуры РНК. | No | ссылка исходный код | ||
| Быстрое и точное предсказание вторичных структур РНК с псевдоязычными узлами с использованием целочисленного программирования. | Да | исходный код веб-сервер | ||
| Кинетика сворачивания РНК последовательности, включая псевдоузлы, путем включения реализации функции распределения для узлов. | Да | linuxbinary, веб-сервер | ||
| MFE (Минимальная свободная энергия) алгоритм предсказания структуры РНК. | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Алгоритм динамического программирования для прогнозирования ограниченного класса (H-тип и «целующиеся шпильки») псевдоузлов РНК. | Да | исходный код, веб-сервер | ||
| Алгоритм динамического программирования для оптимального предсказания псевдоузла РНК с использованием ближайшего Энергетическая модель первого соседа. | Да | исходный код | ||
| Алгоритм динамического программирования для прогнозирования ограниченного класса (H-типа) псевдоязычных РНК. | Да | исходный код, веб-сервер | ||
| Прогнозирование вторичной структуры с помощью термодинамических алгоритмов сворачивания и нового выравнивания последовательностей на основе структуры, специфичного для РНК. | Да | веб-сервер | ||
| RNAfold | MFE Алгоритм предсказания структуры РНК. Включает реализацию функции разделения для вычисления вероятностей базовых пар и циклического сворачивания РНК. | No | исходный код, веб-сервер | |
| прогнозирование структуры РНК MFE на основе абстрактных форм. Абстракция формы сохраняет смежность и вложенность структурных элементов, но игнорирует длину спирали, таким образом сокращая количество неоптимальных решений без потери значительной информации. Кроме того, формы представляют собой классы структур, для которых можно вычислить вероятности на основе энергий, взвешенных по Больцману. | No | исходные и двоичные файлы, веб-сервер | ||
| Программа для прогнозирования структур с наименьшей свободной энергией и вероятностей базовых пар для Последовательности РНК или ДНК. Также доступны программы для прогнозирования структур с максимальной ожидаемой точностью, которые могут включать псевдоузлы. Прогнозирование структуры может быть ограничено с использованием экспериментальных данных, включая SHAPE, ферментативное расщепление и доступность химической модификации. Графические пользовательские интерфейсы доступны для Windows, Mac OS X, Linux. Также доступны программы для использования с текстовыми интерфейсами в стиле Unix. Также доступна библиотека классов C ++. | Да | исходный код и двоичные файлы, веб-сервер | ||
| Метод прогнозирования вторичной структуры РНК, основанный на моделировании отжига. Он также может прогнозировать структуру с помощью псевдоузлов. | Да | ссылка | ||
| Статистическая выборка всех возможных структур. Выборка взвешивается по вероятностям функции распределения. | No | веб-сервер | ||
| Раздвижные окна и сборка - это цепочка инструментов для складывания длинных серий одинаковых шпилек. | No | исходный код | ||
| SPOT-RNA | SPOT-RNA является первым Предиктор вторичной структуры РНК, который может предсказать все типы пар оснований (канонические, неканонические, псевдоузлы и триплеты оснований). | Да | исходный код | |
| Утилита командной строки для прогнозирования альтернативных (вторичных)) конфигурации рибопереключателей. Он основан на предсказании так называемой последовательности переключения, чтобы впоследствии ограничить сворачивание двух функциональных структур. | No | исходный код | ||
| Программный пакет UNAFold представляет собой интегрированный набор программ, имитирующих сворачивание, гибридизацию и плавление. пути для одной или двух однонитевых последовательностей нуклеиновых кислот. | No | исходный код | ||
| Складывает и предсказывает вторичную структуру РНК и псевдоязычные узлы, используя энтропийную модель, полученную из физики полимеров. Программа vs_subopt вычисляет субоптимальные структуры на основе ландшафта свободной энергии, полученного из vsfold5. | Да | веб-сервер | ||
| ||||
| Имя | Описание | Узлы. | Ссылки | Ссылки |
|---|---|---|---|---|
| Библиотека Python для вероятностной выборки структур РНК, совместимых с данной нуклеотидной последовательностью и РНК-подобных в локальной шкале длины. | Да | исходный код | ||
| Автоматическое предсказание de novo третичных структур нативной РНК. | Да | |||
| предсказание и сворачивание трехмерной структуры РНК | Да | веб-сервер | ||
| Термодинамика и нуклеотидные циклические мотивы для алгоритма предсказания структуры РНК. 2D и 3D структуры. | Да | исходный код, веб-сервер | ||
| Крупномасштабное моделирование больших молекул РНК с потенциалами на основе знаний и структурными фильтрами | Неизвестно | исполняемые файлы | ||
| Преобразование ограниченной экспериментальной информации в трехмерные модели РНК | Неизвестно | исходный код | ||
| Интегрированная платформа для de novo и гомологического моделирования трехмерных структур РНК, где вводятся координаты файла, редактируется последовательность функции выравнивания последовательностей, прогнозирования структуры и анализа доступны из единого интуитивно понятного графического пользовательского интерфейса. | Да | |||
| Полностью автоматизированное прогнозирование больших трехмерных структур РНК. | Да | веб-сервер веб-сервер | ||
| ||||
Упомянутые выше методы одиночной последовательности имеют сложную задачу по обнаружению небольшой выборки разумных вторичных структур из большого пространства возможных структур. Хороший способ уменьшить размер пространства - использовать эволюционные подходы. Структуры, которые были сохранены эволюцией, с гораздо большей вероятностью являются функциональной формой. В приведенных ниже методах используется этот подход.
| Имя | Описание | Количество последовательностей. | Выравнивание. | Структура. | Узлы. | Ссылка | Ссылки |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Сравнительный анализ в сочетании с Сворачивание MFE. | любое | No | Да | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Прогнозирование общей вторичной структуры на основе обобщенной оценки центроида | любое | No | Да | No | исходный код | ||
| Быстрый и точный множественный выравниватель для последовательностей РНК | любой | Да | No | No | исходный код | ||
| алгоритм максимизации ожидания с использованием ковариационных моделей для описания мотива. Использует эвристику для эффективного поиска мотивов и байесовскую структуру для предсказания структуры, сочетающую энергию сворачивания и ковариацию последовательностей. |  | Да | Да | No | исходный код, веб-сервер, веб-сайт | ||
| реализует закрепленный алгоритм Санкоффа для одновременного попарного выравнивания РНК и предсказания консенсусной структуры. | 2 | Да | Да | No | исходный код | ||
| Одновременное выравнивание и сворачивание последовательностей РНК посредством двойной декомпозиции. | любой | Да | Да | Да | исходный код | ||
| алгоритм, который повышает точность предсказания структуры за счет объединения минимизации свободной энергии и сравнительного анализа последовательностей, чтобы найти структуру с низкой свободной энергией, общую для двух последовательностей, не требуя какой-либо идентичности последовательности. | 2 | Да | Да | No | исходный код | ||
| Метод выравнивания структурных РНК множественных РНК, в значительной степени основанный на программе PMcomp. | любой | Да | Да | No | исходный код | ||
| Инструмент попарного структурного выравнивания РНК, основанный на сравнении деревьев РНК. Учитывает выравнивания, при которых сравниваемые деревья могут иметь разные корни (относительно корней, соответствующих стандартному «внешнему циклу») и / или переставляться в соответствии с порядком ветвления. | любой | Да | вход | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Метод быстрой структурной кластеризации РНК локальных вторичных структур РНК. Прогнозируемые кластеры уточняются с помощью LocARNA и CMsearch. Из-за линейной временной сложности для кластеризации можно анализировать большие наборы данных РНК. | любой | Да | Да | No | исходный код | ||
| Вычисляет согласованную вторичную РНК структура из выравнивания последовательности РНК на основе машинного обучения. | любой | ввод | Да | Да | linuxbinary, webserver | ||
| Создает глобальную свертку и выравнивание семейств нкРНК с использованием целочисленного линейного программирования и лагранжевой релаксации. | любой | Да | Да | No | исходный код | ||
| LocaRNA является преемником PMcomp с улучшенной временной сложностью. Это вариант алгоритма Санкоффа для одновременного сворачивания и выравнивания, который принимает в качестве входных данных предварительно вычисленные матрицы вероятностей пар оснований из алгоритма Маккаскилла, полученные с помощью RNAfold -p. Таким образом, этот метод также можно рассматривать как способ сравнения матриц вероятностей пар оснований. | любой | Да | Да | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Подход к выборке с использованием цепи Маркова Монте-Карло в рамках моделированного отжига, где и структура, и выравнивание оптимизируются путем внесения небольших локальных изменений. Оценка объединяет логарифмическую вероятность выравнивания, член ковариации и вероятности базовой пары. | любой | Да | Да | No | исходный код | ||
| Этот метод использует несколько вычислений Dynalign, чтобы найти структуру с низкой свободной энергией, общую для любого количества последовательностей. Он не требует какой-либо идентичности последовательностей. | любой | Да | Да | No | исходный код | ||
| инструмент множественного выравнивания для последовательностей РНК с использованием итеративного выравнивания на основе алгоритма Санкоффа с резко сокращенным временем вычислений и памятью. | любой | Да | Да | No | веб-сервер | ||
| инструмент множественного выравнивания последовательностей РНК с использованием прогрессивного выравнивания на основе попарной структурной алгоритм выравнивания SCARNA. | любой | Да | Да | No | веб-сервер исходный код | ||
| pAliKiss предсказывает вторичные структуры РНК для фиксированной множественной последовательности РНК выравнивания, уделяя особое внимание псевдоузловым структурам. Эта программа является продуктом гибридизации RNAalishapes и pKiss. | любой | ввод | Да | Да | веб-сервер исходный код | ||
| Метод совместного прогнозирования выравнивания и общих вторичных структур двух последовательностей РНК с использованием вероятностной модели, основанной на псевдосвободных энергиях, полученных из предварительно вычисленных пар оснований и вероятностей выравнивания. | 2 | Да | Да | No | исходный код | ||
| Сворачивает выравнивания с использованием SCFG, обученного выравниванию рРНК. |  | input | Да | No | веб-сервер | ||
| Формально объединяет оба подходы на основе энергии и эволюции в одной модели для прогнозирования сворачивания нескольких выровненных последовательностей РНК с максимальной ожидаемой точностью. Структурные вероятности рассчитываются с помощью RNAfold и Pfold. | любой | вход | Да | No | исходный код | ||
| Метод, который использует преимущества эволюционной истории группы выровненные последовательности РНК для выборки согласованных вторичных структур, включая псевдоузлы, в соответствии с их приблизительной апостериорной вероятностью. | любой | вход | Да | Да | исходный код | ||
| PMcomp - это вариант алгоритма Санкоффа для одновременного сворачивания и выравнивания, который принимает в качестве входных данных предварительно вычисленные матрицы вероятности пары оснований из алгоритма Маккаскилла, полученные с помощью RNAfold -p. Таким образом, метод можно также рассматривать как способ сравнения матриц вероятностей пар оснований. PMmulti - это программа-оболочка, которая выполняет последовательное множественное выравнивание путем многократного вызова pmcomp |  | Да | Да | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Метод выборки Гиббса для определения сохраняемой структуры и структурного выравнивания. | любой | Да | Да | No | исходный код | ||
| R-COFFEE | использует RNAlpfold для вычисления вторичной структуры предоставленных последовательностей. Затем используется модифицированная версия T-Coffee для вычисления множественного выравнивания последовательностей, имеющего наилучшее согласие с последовательностями и структурами. R-Coffee можно комбинировать с любым существующим методом выравнивания последовательностей. | любой | Да | Да | No | исходный код, веб-сервер | |
| Это алгоритм предсказывает консервативные структуры в любом количестве последовательностей. Он использует вероятностное выравнивание и функции разделения для сопоставления сохраняемых пар между последовательностями, а затем выполняет итерацию функций разделения для повышения точности предсказания структуры | любой | No | Да | Да | исходный код | ||
| Подтвердите сохранность вторичной структуры путем измерения коваринг-пар оснований и их статистической значимости по сравнению с чистой филогенией. Предложит наиболее консервативную («оптимизированную») структуру, если вторичная структура не указана. | любая | входная | Да | Да | home страница | ||
| Алгоритм выравнивания последовательностей на основе включенной структуры (SBSA) использует новую субоптимальную версию метода глобального выравнивания последовательностей Нидлмана-Вунша, который полностью учитывает вторичную структуру в шаблоне и запросе. Он также использует две отдельные матрицы замещения, оптимизированные для спиралей РНК и одноцепочечных областей. Алгоритм SBSA обеспечивает выравнивание последовательностей с точностью>90% даже для таких крупных структур, как бактериальная 23S рРНК: ~ 2800 нуклеотидов. | любое | Да | Да | Да | веб-сервер | ||
| Сворачивает предварительно вычисленные выравнивания, используя сочетание свободной энергии и мер ковариации. Поставляется с пакетом ViennaRNA. | любой | вход | Да | No | домашняя страница | ||
| Инструмент для прогнозирования вторичной структуры для предварительно вычисленных совмещений с использованием комбинации свободной энергии и ковариационные меры. Выходные данные могут быть проанализированы с помощью концепции абстрактных форм, чтобы сосредоточиться на основных различиях в неоптимальных результатах. | любой | вход | Да | No | исходный код, веб-сервер | ||
| перечисляет почти оптимальное пространство абстрактных форм и предсказывает в качестве консенсуса абстрактную форму, общую для всех последовательностей, и для каждой последовательности, термодинамически лучшую структуру, которая имеет эту абстрактную форму. | любой | No | Да | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Сравните и выровняйте вторичные структуры РНК с помощью подхода «выравнивания леса». | любой | Да | input | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Программа для поиска структурных мотивов из невыровненных последовательностей РНК - это программный инструмент для извлечения структурных мотивов из набора последовательностей РНК. | любой | No | Да | No | веб-сервер | ||
| Подход вероятностной выборки, который объединяет вероятности спаривания оснований внутри последовательности с вероятностями совмещения оснований пересечений. Это используется для выборки возможных основ для каждой последовательности и сравнения этих основ между всеми парами последовательностей, чтобы предсказать консенсусную структуру для двух последовательностей. Этот метод расширен для прогнозирования общей структуры, сохраняющейся среди нескольких последовательностей, с использованием оценки на основе согласованности, которая включает информацию из всех попарных структурных сопоставлений. | любое | Да | Да | Да | исходный код | ||
| Stem Candidate Aligner для РНК (Scarna) - это быстрый и удобный инструмент для структурного выравнивания пары последовательностей РНК. Он выравнивает две последовательности РНК и вычисляет их сходство на основе предполагаемых общих вторичных структур. Он работает даже для псевдоузловых вторичных структур. | 2 | Да | Да | No | веб-сервер | ||
| , одновременно определяющий структуры РНК, включая псевдоязычные узлы, выравнивания и деревья, с использованием байесовской структуры MCMC. | любой | Да | Да | Да | исходный код | ||
| Stemloc | программа для попарного структурного выравнивания РНК, основанная на вероятностных моделях структуры РНК, известная как Pair стохастические контекстно-свободные грамматики. | любые | Да | Да | No | исходный код | |
| инструмент выравнивания, предназначенный для обеспечения множественного выравнивания некодирующих РНК в соответствии с быстрой прогрессивной стратегией. Он объединяет термодинамическую информацию о спаривании оснований, полученную в результате вычислений RNAfold в виде векторов вероятности спаривания оснований, с информацией о первичной последовательности. |  | Да | No | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Инструмент для прогнозирования вторичных структур некодирующих РНК, включая псевдоузлы. Он принимает на входе выравнивание последовательностей РНК и возвращает предсказанную вторичную структуру (ы). Он сочетает в себе критерии стабильности, сохранения и ковариации для поиска основ и псевдоузлов. Пользователи могут изменять различные значения параметров, устанавливать (или нет) некоторые известные основы (если они есть), которые учитываются системой, выбирать получение нескольких возможных структур или только одной, искать псевдоузлы или нет и т. Д. | любой | Да | Да | Да | веб-сервер | ||
| веб-сервер, который позволяет одновременно использовать ряд современных методов для выполнение множественного выравнивания и предсказания вторичной структуры для некодирующих последовательностей РНК. |  | Да | Да | No | веб-сервер | ||
| Xrate | программа для анализа множественных выравниваний последовательностей с использованием филогенетических грамматик, которую можно рассматривать как гибкое обобщение программы «Pfold». | любое | Да | Да | No | исходный код | |
| |||||||
| Имя (Год) | Описание | Ссылка | Ссылки |
|---|---|---|---|
| RNAsnap2 (2020) | RNAsnap2 использует расширенный сверточный нейр al сеть с эволюционными характеристиками, созданными с помощью BLAST + INFERNAL (то же, что и RNAsol), и предсказанными вероятностями образования пар оснований с помощью LinearPartition в качестве входных данных для предсказания доступности растворителя РНК. Кроме того, однопоследовательная версия RNAsnap2 может предсказать доступность растворителя для данной входной последовательности РНК без использования информации об эволюции. | исходный код | |
| RNAsol (2019) | Предиктор RNAsol использует однонаправленный алгоритм глубокого обучения LSTM с эволюционной информацией, сгенерированной из BLASTN + INFERNAL, и предсказанной вторичной структурой из RNAfold в качестве входных данных для прогнозирования доступности растворителя РНК. | исходный код | |
| RNAsnap (2017) | Предиктор RNAsnap использует алгоритм машинного обучения SVM и информацию об эволюции, сгенерированную из BLASTN, в качестве входных данных для прогнозирования доступности растворителя РНК. | исходный код |
Многие нкРНК функционируют путем связывания с другими РНК. Например, миРНК регулируют экспрессию генов, кодирующих белок, связываясь с 3 'UTRs, малые ядрышковые РНК направляют посттранскрипционные модификации путем связывания с рРНК, сплайсосомная РНК U4 и сплайсосомная РНК U6 связываются друг с другом, образуя часть сплайсосомы, и многие малые бактериальные РНК регулируют экспрессию генов с помощью антисмысловых взаимодействий Eg GcvB, OxyS и RyhB.
| Название | Описание | Внутримолекулярная структура | Сравнительный | Ссылка | Ссылки |
|---|---|---|---|---|---|
| RNApredator | RNApredator использует подход динамического программирования для вычисления сайтов взаимодействия РНК-РНК. | Да | No | веб-сервер | |
| GUUGle | Утилита для быстрого определения совпадений РНК-РНК с идеальной гибридизацией посредством спаривания оснований AU, CG и GU. | No | No | веб-сервер | |
| IntaRNA | Эффективное прогнозирование цели с учетом доступности целевых сайтов. | Да | No | исходный код веб-сервер | |
| CopraRNA | Инструмент для прогнозирования цели мРНК. Он вычисляет прогнозы для всего генома путем сочетания отдельных прогнозов IntaRNA для всего генома. | Да | Да | исходный код веб-сервер | |
| MINT | Автоматически инструмент для анализа трехмерных структур молекул РНК и ДНК, их полноатомных молекулярных динамических траекторий или других наборов конформации (например, структур, полученных с помощью рентгеновских лучей или ЯМР). Для каждой конформации РНК или ДНК MINT определяет сеть водородных связей, разрешая паттерны спаривания оснований, идентифицирует мотивы вторичной структуры (спирали, соединения, петли и т. Д.) И псевдоузлы. Также оценивает энергию стэкинга и взаимодействий фосфатного аниона с основанием. | Да | No | исходный код веб-сервер | |
| NUPACK | Вычисляет полную статистическую сумму без псевдонимов взаимодействующих нитей в разбавленном растворе. Вычисляет концентрации, mfes и вероятности образования пары оснований упорядоченных комплексов ниже определенной сложности. Также вычисляет статистическую сумму и пары оснований для одиночных цепей, включая класс структур с псевдоузлами. Также позволяет создавать упорядоченные комплексы. | Да | No | NUPACK | |
| Предсказывает бимолекулярные вторичные структуры с внутримолекулярной структурой и без нее. Также позволяет прогнозировать сродство гибридизации короткой нуклеиновой кислоты к РНК-мишени. | Да | No | [1] | ||
| piRNA | Вычисляет статистическую сумму и термодинамику взаимодействий РНК-РНК. Он учитывает все возможные совместные вторичные структуры двух взаимодействующих нуклеиновых кислот, которые не содержат псевдоузлов, псевдоузлов взаимодействия или зигзагов. | Да | No | linuxbinary | |
| Рассчитывает статистическую сумму и термодинамику взаимодействий РНК-РНК на основе по структурным согласованиям. Также поддерживает прогнозирование взаимодействия РНК-РНК для отдельных последовательностей. Он выводит субоптимальные структуры на основе распределения Больцмана. Он учитывает все возможные совместные вторичные структуры двух взаимодействующих нуклеиновых кислот, которые не содержат псевдоузлов, псевдоузлов взаимодействия или зигзагов. | Да | No | [2] | ||
| Быстрое и точное предсказание взаимодействия РНК-РНК с использованием целочисленное программирование. | Да | No | исходный код веб-сервер | ||
| На основе RNAduplex с бонусами для коваринг-сайтов | No | Да | исходный код | ||
| Работает так же, как RNAfold, но позволяет определение двух последовательностей РНК, которые затем могут образовывать димерную структуру. | Да | No | исходный код | ||
| Вычисляет оптимальные и субоптимальные вторичные структуры для гибридизации. Расчет упрощается за счет использования только межмолекулярных пар оснований. | No | No | исходный код | ||
| Инструмент для поиска минимальной гибридизации свободной энергии длинной и короткой РНК. | No | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Рассчитывает термодинамику взаимодействий РНК-РНК. Связывание РНК-РНК распадается на два этапа. (1) Сначала вычисляется вероятность того, что интервал последовательности (например, сайт связывания) останется неспаренным. (2) Затем энергия связывания с учетом того, что сайт связывания неспарен, рассчитывается как оптимальная для всех возможных типов связывания. | Да | No | исходный код |
Приведенная ниже таблица включает взаимодействия, не ограниченные UTR.
| Имя | Описание | Межвидовая | Внутримолекулярная структура | Сравнительная | Ссылка | Ссылки |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Веб-инструмент для прогнозирования мишеней miRNA, который в основном основан на сохранении потенциальной регуляции у видов растений. | Да | No | No | Веб-инструмент | ||
| RNA22 | Первый link (предварительно вычисленные предсказания) обеспечивает предсказания RNA22 для всех транскриптов, кодирующих белок у человека, мыши, аскариды и плодовой мухи. Это позволяет визуализировать прогнозы на карте кДНК, а также находить транскрипты, в которых нацелены несколько представляющих интерес miR. Вторая ссылка на веб-сайт (интерактивные / настраиваемые последовательности) сначала находит предполагаемые сайты связывания микроРНК в интересующей последовательности, а затем идентифицирует целевую микроРНК. Оба инструмента предоставляются Центром вычислительной медицины в Университете Томаса Джефферсона. | Да | No | No | предварительно вычисленные прогнозы интерактивные / настраиваемые последовательности | |
| Инструмент для поиска минимального бесплатного энергетическая гибридизация длинной и короткой РНК. | Да | No | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Моделирует стехиометрический способ действия микроРНК, используя производную Gale- Алгоритм Шепли для поиска стабильного набора дуплексов. Он использует количественные оценки для просмотра набора пар мРНК и микроРНК и комплементарность семян для ранжирования и назначения сайтов. | Да | No | No | исходный код, веб-сервер |
МикроРНК регулируют экспрессию гена, кодирующего белок, путем связывания с 3 'UTR, существуют инструменты, специально разработанные для прогнозирования этих взаимодействий. Для оценки методов прогнозирования целей на основе высокопроизводительных экспериментальных данных см. (Baek et al., Nature 2008), (Alexiou et al., Bioinformatics 2009) или (Ritchie et al., Nature Methods 2009)
| Имя | Описание | Межвидовое соединение | Внутримолекулярная структура | Сравнительная | Ссылка | Ссылки |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Купидон | Метод одновременного прогнозирования взаимодействий миРНК-мишень и их опосредованных взаимодействий конкурирующей эндогенной РНК (цРНК). Это интегративный подход, который значительно улучшает точность прогнозирования мишени миРНК, что оценивается с помощью измерений уровня мРНК и белка в линиях клеток рака молочной железы. Cupid реализуется в 3 этапа: Этап 1: повторная оценка сайтов связывания miRNA-кандидатов в 3 ’UTR. Шаг 2: взаимодействия прогнозируются путем интеграции информации о выбранных сайтах и статистической зависимости между профилями экспрессии miRNA и предполагаемыми мишенями. Шаг 3: Cupid оценивает, конкурируют ли предполагаемые мишени за предсказанные регуляторы miRNA. | человек | No | Да | программное обеспечение (MATLAB) | |
| Версия 3.0 - это алгоритм, основанный на нескольких параметрах, рассчитываемых индивидуально для каждой микроРНК и он объединяет консервативные и неконсервативные элементы распознавания микроРНК в окончательную оценку прогноза. | человек, мышь | No | Да | веб-сервер | ||
| Инструмент для прогнозирования мишени миРНК животных, основанный на комплементарности миРНК-мишени и термодинамике данных. | Да | No | No | исходный код | ||
| прогнозирование целевого гена микроРНК с использованием машины опорных векторов. | Да | No | No | веб-сервер | ||
| Основано на понятии комбинаторной регуляции ансамбль miRNA или генов. miRror объединяет прогнозы из дюжины ресурсов miRNA, основанные на дополнительных алгоритмах, в единую статистическую структуру | Да | No | No | веб-сервер | ||
| Комбинаторные целевые прогнозы микроРНК. | 8 позвоночных | No | Да | прогнозы | ||
| Включает в себя роль доступности целевого сайта, определяемую взаимодействиями пар оснований внутри мРНК, в распознавании мишени микроРНК. | Да | Да | No | исполняемый файл, веб-сервер, предсказания | ||
| RNA22 | Первая ссылка (предварительно вычисленные предсказания) обеспечивает предсказания RNA22 для всех кодирующих транскрипты белков человека, мыши, аскариды и плодовой мухи. Это позволяет визуализировать прогнозы на карте кДНК, а также находить транскрипты, в которых нацелены несколько представляющих интерес miR. Вторая ссылка на веб-сайт (интерактивные / настраиваемые последовательности) сначала находит предполагаемые сайты связывания микроРНК в интересующей последовательности, а затем идентифицирует целевую микроРНК. Оба инструмента предоставляются Центром вычислительной медицины в Университете Томаса Джефферсона. | Да | No | No | предварительно вычисленные прогнозы интерактивные / настраиваемые последовательности | |
| Инструмент для поиска минимального бесплатного энергетическая гибридизация длинной и короткой РНК. | Да | No | No | исходный код, веб-сервер | ||
| Метод поиска значительно пере- или недостаточно представленных слов в последовательностях согласно отсортированному списку генов. Обычно используется для поиска значительного обогащения или истощения семенных последовательностей микроРНК или миРНК из данных экспрессии микрочипов. | Да | No | No | исходный код веб-сервер | ||
| TARget REFiner (TAREF) предсказывает цели микроРНК на На основе информации о множестве признаков, полученной из фланговых областей прогнозируемых целевых участков, где традиционный подход прогнозирования структуры может оказаться неэффективным для оценки открытости. Он также предоставляет возможность использовать закодированный шаблон для уточнения фильтрации. | No | No | No | сервер / исходный код | ||
| растение TARget REFiner (p-TAREF) идентифицирует мишени микроРНК растений на основе информации о множестве признаков, полученной из фланкирующих областей предсказанной цели сайты, на которых традиционный подход к прогнозированию структуры может оказаться неэффективным для оценки открытости. Он также предоставляет возможность использовать закодированный шаблон для уточнения фильтрации. Он впервые использовал мощь подхода машинного обучения со схемой скоринга через регрессию опорных векторов (SVR) при рассмотрении структурных и согласованных аспектов таргетинга на заводах с моделями для конкретных растений. p-TAREF был реализован в параллельной архитектуре в серверной и автономной формах, что сделало его одним из очень немногих доступных инструментов идентификации цели, способных одновременно работать на простых рабочих столах, выполняя при этом огромный анализ уровня транскриптома точно и быстро. Также предоставляет возможность экспериментальной проверки прогнозируемых целей на месте, используя данные выражений, которые были интегрированы в его серверную часть, чтобы обеспечить уверенность в прогнозе наряду с оценкой SVR. Сравнительный анализ производительности p-TAREF широко проводился с помощью различных тестов и по сравнению с другими инструментами идентификации мишеней миРНК растений. Было обнаружено, что p-TAREF работает лучше. | No | No | No | сервер / автономный | ||
| TargetScan | Прогнозирует биологические мишени miRNA путем поиска наличия сайтов, которые соответствуют исходной области каждой miRNA. Для мух и нематод прогнозы ранжируются на основе вероятности их эволюционного сохранения. In zebrafish, predictions are ranked based on site number, site t
Последняя правка сделана 2021-05-27 04:59:26
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное). 
|