Войти
| Сплайсосомальная РНК U6 | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности U6 | |
| Идентификаторы | |
| Символ | U6 |
| Rfam | RF00026 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Ген ; мяРНК ; сплайсинг |
| домена(s) | Eukaryota |
| GO | 0000351 0000353 0030621 0005688 0046540 |
| SO | 0000396 |
| PDB структуры | PDBe |
U6 snRNA - это некодирующий компонент малой ядерной РНК (snRNA) U6 snRNP (малый ядерный рибонуклеопротеин), комплекс РНК-белок, который объединяется с другими snRNP, немодифицированными пре-мРНК и различными другими белками для сборки сплайсосомы, большой РНК -белковый молекулярный комплекс, который катализирует удаление интронов из пре-мРНК. Сплайсинг или удаление интронов является основным аспектом посттранскрипционной модификации и происходит только в ядре эукариот.
Последовательность РНК U6 является наиболее высококонсервативной среди всех пяти snRNAs, участвующих в сплайсосоме, предполагая, что функция U6 snRNA осталась как критической, так и неизменной в ходе эволюции.
В геномах позвоночных часто можно найти множество копий гена мяРНК U6 или производных от U6 псевдогенов. Такое преобладание «резервных копий» гена мяРНК U6 у позвоночных дополнительно указывает на его эволюционное значение для жизнеспособности организма.
Ген мяРНК U6 был выделен у многих организмов, включая C. elegans. Среди них пекарские дрожжи (Saccharomyces cerevisiae ) являются широко используемым модельным организмом при изучении мяРНК.
Структура и каталитический механизм мяРНК U6 напоминает структуру домена V интронов группы II. Считается, что образование тройной спирали в мяРНК U6 важно для активности сплайсинга, где ее роль заключается в переносе каталитического сайта в сайт сплайсинга.
Специфичность пары оснований snRNA U6 позволяет snRNP U6 связываться плотно к мяРНК U4 и свободно к мяРНК U5 тройной мяРНП во время начальной фазы реакции сплайсинга. По мере развития реакции мяРНК U6 распаковывается из U4 и связывается с мяРНК U2. На каждом этапе этой реакции вторичная структура мяРНК U6 претерпевает обширные конформационные изменения.
Ассоциация мяРНК U6 с 5'-концом интрона посредством спаривания оснований во время реакции сплайсинга происходит до образования промежуточного продукта лариат (или лассо) и требуется для продолжения процесса сращивания. Ассоциация мяРНП U6 с мяРНП U2 посредством спаривания оснований образует комплекс U6-U2, структуру, которая включает активный сайт сплайсосомы.
Хотя предполагаемая вторичная структура консенсусного спаривания оснований ограничена короткой 5 'петлей, гораздо более обширные структуры были предложены для конкретных организмов, таких как дрожжи. В дополнение к 5'-стволовой петле все подтвержденные мяРНК U6 могут образовывать предложенную 3'-внутримолекулярную стволовую петлю.
Комплекс мяРНК U4 / U6 Известно, что мяРНК U6 формирует обширные взаимодействия пар оснований с U4 мяРНК. Было показано, что это взаимодействие является взаимоисключающим с взаимодействием 3 'внутримолекулярной стволовой петли.
Lsm Связывание мяРНК U6 Установлено, что свободная мяРНК U6 связана с белками Prp24 и LSms. Считается, что Prp24 образует промежуточный комплекс с мяРНК U6, чтобы способствовать обширному спариванию оснований между мяРНК U4 и U6, а Lsms может способствовать связыванию Prp24. Было определено приблизительное расположение этих связывающих белок доменов, и позже белки были визуализированы с помощью электронной микроскопии. Это исследование предполагает, что в свободной форме U6 Prp24 связывается с телестемией, а богатый урадином 3 'хвост U6 snRNA проходит через кольцо Lsms. Другой важный белок, связанный с NTC, связанный с U6, - это Cwc2, который за счет взаимодействия с важными каталитическими элементами РНК вызывает образование функционального каталитического ядра в сплайсосоме. Cwc2 и U6 достигают образования этого комплекса посредством взаимодействия с ISL и регионами, расположенными рядом с сайтом сплайсинга 5 '.
