Крупное японское поселение в Микронезия возникла в первой половине 20 века, когда Императорская Япония колонизировала большую часть Микронезии.
Между 1914 и 1945 годами современные микронезийские территории Северной Марианы Острова, Федеративные Штаты Микронезии, Палау и Маршалловы Острова были частью управляемой Японией Лиги Наций -создан Мандат Южных морей, известный в Японии как Наньо. Во время Второй мировой войны японские поселенцы численно превосходили микронезийцев на подмандатной территории и широко вступали в брак с микронезийцами, создавая семьи на местном уровне. Несколько японцев также проживали в Кирибати и Науру, где они работали по контракту или открыли свой бизнес.
После 1945 года большинство японских поселенцев были репатриированы в Японию, но потомкам японских поселенцев и микронезийцев было разрешено остаться. Эти потомки обычно называют себя микронезийцами, а не японцами, и составляют значительное меньшинство в населении каждой из территорий.
Археологические раскопки показали, что микронезийцы жили на острове Тичидзима (один из японских островов Бонин ) в прошлом.