Войти
 Инструменты анализа генома в IMG 2.9 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | интегрированные микробные геномы база данных и система сравнительного анализа. |
| Контакт | |
| Авторы | Виктор М. Марковиц |
| Первичное цитирование | Марковиц и др. (2012) |
| Доступ | |
| Веб-сайт | img.jgi.doe.gov |
Интегрированные микробные геномы (IMG ) - это платформа для просмотра и аннотации генома, разработанная Министерством энергетики США (DOE) - Объединенным институтом генома. IMG содержит все черновые и полные микробные геномы, секвенированные DOE-JGI, интегрированные с другими общедоступными геномами (включая археи, бактерии, эукарии, вирусы и плазмиды). IMG предоставляет пользователям набор инструментов для сравнительного анализа микробных геномов по трем параметрам: гены, геномы и функции. Пользователи могут выбирать и переносить их в тележки для сравнительного анализа на основе множества критериев. IMG также включает конвейер аннотации генома, который объединяет информацию из нескольких инструментов, включая KEGG, Pfam, InterPro и Gene Ontology, среди прочего. Пользователи также могут вводить или загружать свои собственные аннотации генов (называемые аннотациями генов MyIMG), и система IMG позволит им создавать файлы формата Genbank или EMBL, содержащие эти аннотации.
В последовательных выпусках IMG расширился, включив в него несколько инструментов для конкретной предметной области. Система Integrated Microbial Genomes with Microbiome Samples (IMG / M) является расширением системы IMG, обеспечивающей контекст сравнительного анализа собранных метагеномных данных с общедоступными доступные геномы изолята. Система Integrated Microbial Genomes - Expert Review (IMG / ER) предоставляет поддержку отдельным ученым или группе ученых для функциональной аннотации и обработки их интересующих микробных геномов. Пользователи могут отправить свои аннотированные геномы (или запросить автоматизированный конвейер аннотаций IMG, который будет применен в первую очередь) в IMG-ER и продолжить ручное отслеживание и сравнительный анализ в системе через безопасный (защищенный паролем) доступ. IMG-HMP ориентирован на анализ геномов, связанных с Проектом микробиома человека (HMP), в контексте всех общедоступных геномов в IMG. Система IMG-ABC - это система для анализа вторичного метаболизма бактерий и целевого обнаружения кластеров биосинтетических генов. Система IMG-VR (с последней обновленной версией IMG / VR v.2.0) является самой крупной общедоступной базой данных по вирусным геномам и метагеномам.
