Войти
Свернуть изменение - это показатель, описывающий, насколько изменилось количество между исходным и последующим измерением. Он определяется как отношение между двумя величинами; для величин A и B кратность замены B относительно A равна B / A. Другими словами, изменение от 30 до 60 определяется как изменение в 2 раза. Это также называется «2-кратным увеличением». Аналогичным образом изменение с 30 до 15 называется «2-кратным уменьшением». Изменение кратности часто используется при анализе нескольких измерений биологической системы, сделанных в разное время, поскольку изменение, описываемое соотношением между временными точками, легче интерпретировать, чем разница ..
Изменение складки называется так, потому что оно является обычным описать увеличение кратного X как «X-кратное увеличение». Таким образом, несколько словарей, включая Oxford English Dictionary и Merriam-Webster Dictionary, а также Математический словарь Коллинза, определяют «-fold» как «раз», как в «2-fold» = «2 раза» = » двойной ». Вероятно, из-за этого определения многие ученые используют не только «кратность», но и «кратное изменение», чтобы быть синонимом «раз», например, «в 3 раза больше» = «в 3 раза больше».
Изменение кратности часто используется при анализе данных экспрессии гена из экспериментов с микрочипом и RNA-Seq для измерения изменения уровня экспрессии гена. Недостатком и серьезным риском использования кратного изменения в этом параметре является то, что оно предвзято и может неправильно классифицировать дифференциально экспрессируемые гены с большими различиями (B - A), но небольшими отношениями (B / A), что приводит к плохой идентификации изменений при высоких уровнях экспрессии.. Кроме того, когда знаменатель близок к нулю, соотношение нестабильно, и на значение кратного изменения может непропорционально влиять шум измерения.
Есть альтернативное определение смены складок, хотя обычно оно вышло из употребления. Здесь кратное изменение определяется как отношение разницы между конечным значением и начальным значением, деленное на начальное значение. Для величин A и B кратное изменение задается как (B - A) / A или, что эквивалентно, B / A - 1. Эта формулировка имеет привлекательные свойства, такие как отсутствие изменений, равных нулю, 100% увеличение равно 1., а уменьшение на 100% равно −1. Однако словесная ссылка на удвоение как на однократное изменение и утроение как на двукратное изменение противоречит интуиции, и поэтому такая формулировка используется редко.
График вулкана, показывающий метаболомные данные. Красные стрелки указывают на точки интереса, которые отображают как большие кратные изменения величины (ось x), так и высокую статистическую значимость (-log10 значения p, ось y). Пунктирная красная линия показывает, где p = 0,05, с точками над линией, имеющими p < 0.05 and points below the line having p>0,05. Этот график окрашен таким образом, что те точки, у которых кратность изменения меньше 2 (log2 = 1), показаны серым. Эта формулировка иногда называется относительным изменением и обозначается как дробная разница в программный пакет Prism.
В области геномики (и в более общем плане в биоинформатике ) современные используется для определения кратного изменения в терминах соотношений, а не альтернативного определения.
Однако логарифмические отношения часто используются для анализа и визуализации кратных изменений. Чаще всего используется логарифм с основанием 2, так как его легко интерпретировать, например удвоение исходного масштабирования равно log 2 кратному изменению на 1, учетверение равно log 2 кратному изменению на 2 и так далее. И наоборот, мера является симметричной, когда изменение уменьшается на эквивалентную величину, например. деление вдвое равно логарифмическому 2 кратному изменению -1, четвертование равно логарифмическому 2 -кратному изменению -2 и так далее. Это приводит к более эстетичным графикам, поскольку экспоненциальные изменения отображаются как линейные, и поэтому динамический диапазон увеличивается. Например, на оси графика, показывающей log 2 кратных изменений, будет отображаться 8-кратное увеличение при значении оси 3 (поскольку 2 = 8). Однако нет никаких математических причин для использования логарифма только с основанием 2, и из-за множества расхождений в описании log 2 кратных изменений в экспрессии гена / белка появился новый термин "" был предложен.
