Войти
Транскрипция - это процесс копирования ДНК в РНК, обычно мРНК.Транскрипция архей - это процесс, в котором сегмент архейной ДНК копируется во вновь синтезированную цепь РНК с использованием единственной Pol II-подобная РНК-полимераза (RNAP). Процесс происходит в три основных этапа: инициация, удлинение и терминация; конечным результатом является цепь РНК, которая комплементарна одной цепи ДНК. Ряд транскрипции n факторов управляют этим процессом с гомологами как в бактериях, так и в эукариотах, при этом основной механизм более похож на эукариотическую транскрипцию.
Поскольку археи не имеют заключенных в мембрану ядро, как и бактерии, транскрипция и трансляция могут происходить одновременно на вновь сгенерированном фрагменте мРНК. Опероны широко распространены у архей.
Инициирование у архей регулируется ТАТА-связывающим белком (TBP), фактором транскрипции архей B (TFB) и фактором транскрипции архей E (TFE), которые гомологичны эукариотическому TBP, TFIIB и TFIIE соответственно. Эти факторы распознают базовую последовательность промотора (блок TATA, элемент распознавания B ) перед кодирующей областью и привлекают RNAP для формирования закрытой транскрипции. комплекс преинициации (PIC).
PIC переводится в открытое состояние с «плавлением» локальной спирали ДНК для загрузки матричной цепи ДНК. RNAP подвергается «прерванной инициации »: он создает и высвобождает множество коротких (2-15nt) сегментов перед генерацией транскрипта значительной длины. Это продолжается до тех пор, пока он не пройдет мимо промотора (ускользание от промотора), ослабив захват TBP ДНК и не заменив TFE факторами элонгации Spt4 / 5. Как именно происходит это ускользание, еще предстоит изучить.
После выхода из области промотора, RNAP переходит в состояние элонгации, где он продолжает расти новой цепи РНК в процессивный процесс. Двухцепочечная ДНК, которая входит спереди фермента, расстегивается, чтобы использовать матричную цепь для синтеза РНК. Для каждой пары оснований ДНК, разделенных продвигающейся полимеразой, немедленно образуется одна гибридная пара оснований РНК: ДНК. Нити ДНК и возникающая цепь РНК выходят из отдельных каналов; две цепи ДНК воссоединяются на заднем конце пузыря транскрипции, в то время как однониточная РНК появляется одна.
Ряд факторов элонгации влияет на скорость и процессивность RNAP. Факторы семейства Spt4 / Spt5 (бактериальный гомолог Spt5 называется NusG) стимулируют транскрипцию путем связывания с зажимом РНКП на одной стороне канала ДНК и с петлей ворот на Другие. Результирующий DSIF блокирует зажим в закрытом состоянии, чтобы предотвратить диссоциацию комплекса удлинения (ЕС). Spt5 также имеет компонент, который помогает разделить две нити. A, вероятно, связывает RNAP с рибосомой, так что трансляция и транскрипция происходят вместе.
У некоторых архей есть гомолог, который также может действовать как фактор удлинения.
RNAP иногда останавливается и начинает движение назад, когда сталкивается с препятствием или некоторыми сложными последовательностями. Когда это происходит, ЭК застревает, потому что реактивный 3'-край РНК выходит за пределы активного сайта. Фактор расщепления транскрипта TFS (гомолог) помогает решить эту проблему, создавая разрез, так что новый 3'-конец доступен в активном сайте. У некоторых архей есть до 4 паралогов TFS с расходящимися функциями.
О прекращении архей известно немного. Эвриархейские RNAP, кажется, завершаются сами по себе, когда появляются растяжки поли-U.
