В клетках из эукариотических организмов искусно подразделяются на функционально различных мембраносвязанных отсеков. Некоторые основные составляющие эукариотических клеток: внеклеточное пространство, цитоплазма, ядро, митохондрии, аппарат Гольджи, эндоплазматический ретикулум (ER), пероксисома, вакуоли, цитоскелет, нуклеоплазма, ядрышко, ядерный матрикс и рибосомы.
Бактерии также имеют субклеточные локализации, которые можно разделить при фракционировании клетки. Наиболее распространенные локализации включают цитоплазму, цитоплазматическую мембрану (также называемую внутренней мембраной у грамотрицательных бактерий), клеточную стенку (которая обычно толще у грамположительных бактерий) и внеклеточную среду. Цитоплазма, цитоплазматическая мембрана и клеточная стенка являются субклеточными локализациями, тогда как внеклеточная среда - нет. Большинство грамотрицательных бактерий также содержат внешнюю мембрану и периплазматическое пространство. В отличие от эукариот, большинство бактерий не содержат мембраносвязанных органелл, однако есть некоторые исключения (например, магнитосомы ).
Экспериментально определенное субклеточное расположение белков можно найти в UniProtKB, Compartments и в некоторых других специализированных ресурсах, таких как база данных секретома молочнокислых бактерий.
Есть также несколько субклеточных баз данных местоположения с вычислительными предсказаниями, такими как грибковые secretome и субклеточный протеой База знаний - версия 2 (FunSecKB2), secretome растений и субклеточные протеая База знания (PlantSecKB), MetazSecKB для расположения белка субклеточных человека и животных, и ProtSecKB для субклеточного расположения белков всех протистов.