Скользкая последовательность
редактировать
Тандемное проскальзывание 2 тРНК на скользкой последовательности вируса саркомы Рауса. После сдвига рамки считывания новые пары оснований правильны в первом и втором нуклеотидах, но неверны в положении вобуляции. Указаны сайты
E,
P и
A рибосомы. Расположение растущей полипептидной цепи не указано на изображении, поскольку еще не существует единого мнения о том, происходит ли проскальзывание -1 до или после того, как полипептид переносится с тРНК P-сайта на тРНК A-сайта (в данном случае от тРНК Asn к тРНК Leu тРНК).
A скользкая последовательность представляет собой небольшой участок кодона нуклеотидных последовательностей (обычно UUUAAAC), который контролирует скорость и вероятность рибосомного сдвига рамки считывания. Скользкая последовательность вызывает более быстрый перенос рибосомы, что, в свою очередь, может вызвать «проскальзывание» считывающей рибосомы. Это позволяет тРНК сдвигаться на 1 основание (-1) после того, как она спарилась со своим антикодоном, изменяя рамку считывания. Сдвиг кадра -1, запускаемый такой последовательностью, является запрограммированным сдвигом кадра -1 рибосомой. За ним следует спейсерная область и вторичная структура РНК. Такие последовательности являются обычными для вирусных полипротеинов.
Сдвиг рамки считывания происходит из-за спаривания вобуляции. Свободная энергия Гиббса вторичных структур ниже по потоку дает намек на то, как часто происходит сдвиг рамки. Напряжение на молекуле мРНК также играет роль. Список скользких последовательностей, обнаруженных в вирусах животных, доступен у Хуанга и др.
Скользкие последовательности, которые вызывают сдвиг на 2 основания (-2 сдвига рамки), были созданы из последовательности HIV UUUUUUA.
См. Также
Ссылки
Внешние ссылки
- Псевдобаза
- Recode
- Frameshifting, + Ribosomal в Национальной медицинской библиотеке США Medical Subject Headings (MeSH)
- Wise2 - выравнивает белок с ДНК последовательность, допускающая сдвиги рамки считывания и интроны
- FastY - сравнение последовательности ДНК с базой данных последовательностей белка, разрешая пропуски и сдвиги кадров
- Путь - инструмент, сравнивающий два белка сдвига кадров (принцип обратного перевода )
- Recode2 - База данных перекодированных генов, включая те, которые требуют запрограммированного трансляционного сдвига кадров.
- Страница для Coronavirus fr смещающий элемент стимуляции в Rfam