Войти
Proteomics Standards Initiative (PSI ) - это рабочая группа Протеомная организация человека. Он направлен на определение стандартов данных для протеомики, чтобы облегчить сравнение данных, обмен и проверку.
Протеомика Standards Initiative фокусируется на следующих темах: минимум информации о протеомном эксперименте определяет метаданные, которые должны быть предоставлены вместе с протеомным экспериментом. data язык разметки для кодирования данных и метаданные онтологии для согласованных аннотаций и представления.
Минимальная информация о протеомном эксперименте (MIAPE ) - это минимальный информационный стандарт, созданный Инициативой по стандартам протеомики Human Proteome Organization, за сообщение об экспериментах по протеомике. Он предназначен для указания всей информации, необходимой для однозначной интерпретации результатов эксперимента и потенциального воспроизведения эксперимента. Хотя руководство MIAPE определяет содержимое, необходимое для совместимых отчетов, оно не определяет формат, в котором должны быть представлены эти данные (оставленный для соответствующего формата * ML, также определенного PSI), а также не определяет, как проводить эксперименты..
Несколько рабочих групп работают над несколькими документами, охватывающими различные области протеомики :
Рабочая группа гель-электрофорез определила требования к отчетности для геля. электрофорезные эксперименты. Документ находится на стадии рекомендации и опубликован. Соответствующий формат обмена данными называется GelML, и его стабильная версия была выпущена в конце 2007 года.
Рабочая группа по гель-электрофорезу также занимается анализом изображений с рекомендациями по информатике изображений гелей, которые в настоящее время находятся на стадии публичного рассмотрения, в то время как соответствующие формат обмена - это только черновик (по состоянию на апрель 2009 г.).
Рабочая группа по обработке проб определяет требования, касающиеся всех этапов предварительной обработки пробы, которые выполняются перед гель-электрофорезом или применяется масс-спектрометрия. Два документа, касающиеся колоночной хроматографии и капиллярного электрофореза, находятся на ранних стадиях разработки, а подготовка и обращение с пробами все еще находится в стадии разработки (по состоянию на апрель 2009 г.). Формат обмена данными (spML) также находится в стадии разработки.
Документы по масс-спектрометрии и масс-спектрометрии были опубликованы в качестве рекомендаций рабочей группы по масс-спектрометрии.
Рабочая группа выпустила несколько форматов обмена данными: mzML, для сбора данных, генерируемых масс-спектрометром, который представляет собой слияние предыдущих mzData (разработанных PSI) и mzXML (разработанных в Сиэтле). Центр протеома в Институте системной биологии); mzIdentML, для информационного анализа масс-спектров, который фиксирует результаты идентификации белков и пептидов по данным масс-спектрометрии; и TraML для выбранного входного файла мониторинга реакций. Наконец, они разрабатывают MS CV, управляемый словарь для использования с предыдущими форматами файлов.
Рабочая группа PSI по молекулярным взаимодействиям работает только с PSI MI XML, форматом обмена данными и соответствующими онтологиями. Они опубликовали руководящие принципы MIMIx (минимум информации об эксперименте с молекулярным взаимодействием).
План исследования, создание выборки и статистический анализ данных Планируются или разрабатываются рекомендации MIAPE.
Существует несколько совместимых со стандартами репозиториев протеомики, позволяющих исследователям публиковать свои данные при соблюдении рекомендаций MIAPE. Например: (для данных гель-электрофореза), (для данных масс-спектрометрии) и ProteoRed MIAPE Generator tool (для данных гель-электрофореза и масс-спектрометрии)
Ожидается, что редакторы журналов в конечном итоге попросят авторов опубликовать все их данные в такие репозитории перед публикацией.
Есть похожие инициативы, которые пытаются определить минимальные требования. Для микрочипов MGED Society определило минимальную информацию об эксперименте с микрочипами (MIAME). (STARD) доступен для исследований, в которых сообщается медицинский диагноз точность.
