Фосфатная фоссилизация имеет возник при необычных обстоятельствах, чтобы сохранить некоторые микрофоссилии с чрезвычайно высоким разрешением, при тщательной подготовке которых можно даже обнаружить сохранившиеся клеточные структуры. Такие микроскопические окаменелости видны только под растровым электронным микроскопом.
Требуются большие количества фосфата либо из морской воды, либо из тканей разлагающегося организма. В некоторых случаях микробы контролируют фосфатизацию, и остатки микробов, которые питались консервированной тканью, образуют ископаемое. В другом случае ткань сама является источником фосфата, а ее фосфатированные остатки образуют ископаемые. В промежуточном случае фосфатированная ткань сохраняет отпечатки фосфатирующих микробов.
окаменелостях мягких тканей, например, найденных в Берджессе Сланцы, встречаются редко. В некоторых случаях их внутренние органы воспроизводятся в фосфате. Фосфат в основном поступает из самой ткани и позже может быть заменен карбонатом кальция. Низкий pH снижает вероятность осаждения CaCO 3, освобождая путь для отложений фосфатов. Этому способствует отсутствие кислорода в разлагающейся ткани. Соответственно, (вторичный) фосфат обычно сохраняется только в замкнутых пространствах, таких как плотно закрытая двустворчатая раковина.
Более высокие концентрации фосфата в морской воде не усиливают фосфатизацию, что может казаться естественными; скорее, это увеличивает скорость, с которой организм распадается, возможно, потому что минерал «удобряет» разлагающиеся микроорганизмы.
Фосфатизация может происходить быстро: хитиновые структуры, поддерживающие жабры двустворчатых моллюсков, могут быть заменены фосфатом кальция с небольшой помощью сопутствующих бактерий всего за два-шесть дней. Жаберные оси и мускулатура двустворчатых моллюсков также могут сохраняться в фосфате. Структуры, которые наиболее хорошо сохранились в фосфате в сланцах Берджесс, - это железы средней кишки Leanchoilia, возможно, из-за их центрального положения и, вероятно, низкого pH?
Фосфатизация может быть опосредована микробами, особенно в устойчивых к гниению группах, таких как членистоногие ; или с преобладанием субстрата, когда богатая фосфатом ткань ведет процесс минерализации (как у рыб). Головоногие находятся где-то между этими двумя крайностями.
В фосфатных окаменелостях сохранность настолько хороша, что сохранилась даже некоторая клеточная структура. Фосфатные микрофоссилии формации Доушантуо (qv), богатого ископаемыми лагерштетте эдиакарского периода, около 590–565 млн лет назад (меганнуа; миллион лет назад)), демонстрируют одни из самых впечатляющих сохранений клеточного уровня, известные из геологических летописей. Окаменелости могут быть метазоа бластулами, возможно, эмбрионами животных на ранней стадии деления клеток.
Формация Доушантуо представляет собой классический пример фосфатного окаменения:
Для уточнения внутренней структуры окаменелых эмбрионов используется специальная микроскопическая трехмерная рентгеновская компьютерная томография, разновидность компьютерной микроскопии.